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Yorodumi- PDB-5w51: Pol II elongation complex with an N6-methyladenine-containing tem... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 5w51 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Pol II elongation complex with an N6-methyladenine-containing template and a matched UMPNPP | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | DNA BINDING PROTEIN/RNA/DNA / Complex / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-RNA-DNA complex | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationRNA Polymerase I Transcription Initiation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / termination of RNA polymerase II transcription / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase II Promoter Escape ...RNA Polymerase I Transcription Initiation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / termination of RNA polymerase II transcription / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / termination of RNA polymerase III transcription / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / RNA-templated transcription / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / RNA Polymerase I Promoter Escape / termination of RNA polymerase I transcription / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / Estrogen-dependent gene expression / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / transcription by RNA polymerase III / Dual incision in TC-NER / translesion synthesis / RNA polymerase I complex / transcription elongation by RNA polymerase I / RNA polymerase III complex / RNA polymerase II, core complex / tRNA transcription by RNA polymerase III / transcription by RNA polymerase I / transcription-coupled nucleotide-excision repair / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription elongation by RNA polymerase II / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / cytoplasmic stress granule / DNA-directed RNA polymerase activity / peroxisome / ribosome biogenesis / nucleic acid binding / transcription by RNA polymerase II / protein dimerization activity / mRNA binding / nucleolus / mitochondrion / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.404 Å | ||||||
Authors | Wang, W. / Wang, D. | ||||||
Citation | Journal: J.Am.Chem.Soc. / Year: 2017Title: Epigenetic DNA Modification N6-Methyladenine Causes Site-Specific RNA Polymerase II Transcriptional Pausing. Authors: Wang, W. / Xu, L. / Hu, L. / Chong, J. / He, C. / Wang, D. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 5w51.cif.gz | 1.5 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb5w51.ent.gz | 1.2 MB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 5w51.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 5w51_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 5w51_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | |
| Data in XML | 5w51_validation.xml.gz | 118.1 KB | Display | |
| Data in CIF | 5w51_validation.cif.gz | 160.4 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w5/5w51 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w5/5w51 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 5w4uC ![]() 2nvzS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
|---|---|
| Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
| ||||||||
| Unit cell |
|
-
Components
-DNA-directed RNA polymerase II subunit ... , 5 types, 5 molecules ABCIK
| #1: Protein | Mass: 191821.578 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() Strain: ATCC 204508 / S288c / References: UniProt: P04050, DNA-directed RNA polymerase |
|---|---|
| #2: Protein | Mass: 138937.297 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() Strain: ATCC 204508 / S288c / References: UniProt: P08518, DNA-directed RNA polymerase |
| #3: Protein | Mass: 35330.457 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() Strain: ATCC 204508 / S288c / References: UniProt: P16370 |
| #7: Protein | Mass: 14308.161 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() Strain: ATCC 204508 / S288c / References: UniProt: P27999 |
| #9: Protein | Mass: 13633.493 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() Strain: ATCC 204508 / S288c / References: UniProt: P38902 |
-DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ... , 5 types, 5 molecules EFHJL
| #4: Protein | Mass: 25117.094 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() Strain: ATCC 204508 / S288c / References: UniProt: P20434 |
|---|---|
| #5: Protein | Mass: 17931.834 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() Strain: ATCC 204508 / S288c / References: UniProt: P20435 |
| #6: Protein | Mass: 16525.363 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() Strain: ATCC 204508 / S288c / References: UniProt: P20436 |
| #8: Protein | Mass: 8290.732 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() Strain: ATCC 204508 / S288c / References: UniProt: P22139 |
| #10: Protein | Mass: 7729.969 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() Strain: ATCC 204508 / S288c / References: UniProt: P40422 |
-DNA chain , 2 types, 2 molecules TN
| #11: DNA chain | Mass: 8865.777 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() |
|---|---|
| #12: DNA chain | Mass: 4286.789 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() |
-RNA chain , 1 types, 1 molecules R
| #13: RNA chain | Mass: 2974.854 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() |
|---|
-Non-polymers , 3 types, 11 molecules 




| #14: Chemical | ChemComp-ZN / #15: Chemical | #16: Chemical | ChemComp-2KH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.69 Å3/Da / Density % sol: 66.62 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 390mM (NH4)2HPO4/NaH2PO4, pH 6.5, 50mM dioxane, 10mM DTT, 10-12.5% PEG6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL7-1 / Wavelength: 1 Å |
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Dec 2, 2015 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 3.4→96.4 Å / Num. obs: 96143 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 3.7 % / Net I/σ(I): 1.3 |
-
Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 2NVZ Resolution: 3.404→82.789 Å / SU ML: 0.42 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 25.35
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.404→82.789 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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