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Yorodumi- PDB-3s2d: RNA Polymerase II Initiation Complex with a 5-nt RNA containing a... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3s2d | ||||||
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Title | RNA Polymerase II Initiation Complex with a 5-nt RNA containing a 5Br-U | ||||||
Components |
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Keywords | TRANSCRIPTION/RNA/DNA / RNA polymerase II / initiation complex / TRANSCRIPTION-RNA-DNA complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information RNA Polymerase I Transcription Initiation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / termination of RNA polymerase II transcription / RNA Polymerase II Promoter Escape ...RNA Polymerase I Transcription Initiation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / termination of RNA polymerase II transcription / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA-templated transcription / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / termination of RNA polymerase III transcription / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / termination of RNA polymerase I transcription / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / RNA Polymerase I Promoter Escape / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / transcription by RNA polymerase I / Estrogen-dependent gene expression / transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase II activity / Dual incision in TC-NER / transcription elongation by RNA polymerase I / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I activity / RNA polymerase I complex / RNA polymerase III complex / transcription-coupled nucleotide-excision repair / RNA polymerase II, core complex / translesion synthesis / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription elongation by RNA polymerase II / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / cytoplasmic stress granule / ribosome biogenesis / peroxisome / nucleic acid binding / transcription by RNA polymerase II / protein dimerization activity / mRNA binding / nucleolus / mitochondrion / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Saccharomyces cerevisiae S288c (yeast) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.2 Å | ||||||
Authors | Liu, X. / Bushnell, D.A. / Silva, D.A. / Huang, X. / Kornberg, R.D. | ||||||
Citation | Journal: Science / Year: 2011 Title: Initiation complex structure and promoter proofreading. Authors: Liu, X. / Bushnell, D.A. / Silva, D.A. / Huang, X. / Kornberg, R.D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3s2d.cif.gz | 1.4 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3s2d.ent.gz | 1.2 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3s2d.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3s2d_validation.pdf.gz | 558.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3s2d_full_validation.pdf.gz | 632.3 KB | Display | |
Data in XML | 3s2d_validation.xml.gz | 118.8 KB | Display | |
Data in CIF | 3s2d_validation.cif.gz | 166 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s2/3s2d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s2/3s2d | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3rzdC 3rzoC 3s14C 3s15C 3s16C 3s17C 3s1mC 3s1nC 3s1qC 3s1rC 3s2hC 2nvqS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-DNA-directed RNA polymerase II subunit ... , 5 types, 5 molecules ABCIK
#1: Protein | Mass: 191821.578 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Saccharomyces cerevisiae S288c (yeast) / Strain: CB010 / References: UniProt: P04050, DNA-directed RNA polymerase |
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#2: Protein | Mass: 138937.297 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Saccharomyces cerevisiae S288c (yeast) / Strain: CB010 / References: UniProt: P08518, DNA-directed RNA polymerase |
#3: Protein | Mass: 35330.457 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Saccharomyces cerevisiae S288c (yeast) / Strain: CB010 / References: UniProt: P16370 |
#7: Protein | Mass: 14308.161 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Saccharomyces cerevisiae S288c (yeast) / Strain: CB010 / References: UniProt: P27999 |
#9: Protein | Mass: 13633.493 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Saccharomyces cerevisiae S288c (yeast) / Strain: CB010 / References: UniProt: P38902 |
-DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ... , 5 types, 5 molecules EFHJL
#4: Protein | Mass: 25117.094 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Saccharomyces cerevisiae S288c (yeast) / Strain: CB010 / References: UniProt: P20434 |
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#5: Protein | Mass: 17931.834 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Saccharomyces cerevisiae S288c (yeast) / Strain: CB010 / References: UniProt: P20435 |
#6: Protein | Mass: 16525.363 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Saccharomyces cerevisiae S288c (yeast) / Strain: CB010 / References: UniProt: P20436 |
#8: Protein | Mass: 8290.732 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Saccharomyces cerevisiae S288c (yeast) / Strain: CB010 / References: UniProt: P22139 |
#10: Protein | Mass: 7729.969 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Saccharomyces cerevisiae S288c (yeast) / Strain: CB010 / References: UniProt: P40422 |
-RNA chain / DNA chain , 2 types, 2 molecules RT
#11: RNA chain | Mass: 1704.928 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Details: 5-nt RNA containing a 5Br-U |
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#12: DNA chain | Mass: 8872.737 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Details: Template DNA |
-Non-polymers , 2 types, 9 molecules
#13: Chemical | ChemComp-ZN / #14: Chemical | ChemComp-MG / | |
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-Details
Compound details | AN ADDITIONAL DNA CHAIN (14-NT) IN THE CRYSTAL BUT THE WHOLE CHAIN IS DISORDERED AND THUS NOT ...AN ADDITIONAL |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.47 Å3/Da / Density % sol: 64.51 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion / pH: 6 Details: 390mM (NH4)2HPO4/NaH2PO4, pH 6.0, 50mM dioxane, 9-11% PEG 6,000, 15mM DTT, vapor diffusion, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL11-1 / Wavelength: 0.979 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 325 mm CCD / Detector: CCD / Date: Feb 26, 2010 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3.2→50 Å / Num. obs: 107380 / % possible obs: 98.8 % / Redundancy: 7 % / Biso Wilson estimate: 70.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.153 / Net I/σ(I): 5.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: pdb entry 2NVQ Resolution: 3.2→47.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9107 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8789 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0
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Displacement parameters | Biso mean: 94.09 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.654 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.2→47.76 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 3.19→3.27 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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