PDB-5w4p: Structure of the E28A mutant of the HIV-1 capsid protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5w4p

タイトル

Structure of the E28A mutant of the HIV-1 capsid protein

要素

Capsid protein p24

キーワード

VIRAL PROTEIN / capsid protein

機能・相同性

機能・相同性情報

viral budding via host ESCRT complex / host multivesicular body / ISG15 antiviral mechanism / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / viral translational frameshifting / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.19 Å

データ登録者

Gres, A.T. / Kirby, K.A. / Sarafianos, S.G.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM103368	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	AI120860	米国

引用

ジャーナル: MBio / 年: 2019
タイトル: Novel Intersubunit Interaction Critical for HIV-1 Core Assembly Defines a Potentially Targetable Inhibitor Binding Pocket.
著者: Craveur, P. / Gres, A.T. / Kirby, K.A. / Liu, D. / Hammond, J.A. / Deng, Y. / Forli, S. / Goodsell, D.S. / Williamson, J.R. / Sarafianos, S.G. / Olson, A.J.

履歴

登録	2017年6月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年6月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5w4p.cif.gz	107.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5w4p.ent.gz	80.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5w4p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5w4p_validation.pdf.gz	423.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5w4p_full_validation.pdf.gz	424.1 KB	表示
XML形式データ	5w4p_validation.xml.gz	11.3 KB	表示
CIF形式データ	5w4p_validation.cif.gz	15.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/5w4p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/5w4p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5w4oC 5w4qC 4xfxS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5w4o-1 6axt-1 5w4q-1 6mqa-1 6axs-1 6mqp-1 6axy-1 6b2g-1 6axv-1 6mqo-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (3) #87 - 2007年3月ジンクフィンガー (Zinc Fingers) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Capsid protein p24

ヘテロ分子

27.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Capsid protein p24

ヘテロ分子

x 6

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology
164 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_555	-y,x-y,z	1
crystal symmetry operation	3_555	-x+y,-x,z	1
crystal symmetry operation	4_555	-x,-y,z	1
crystal symmetry operation	5_555	y,-x+y,z	1
crystal symmetry operation	6_555	x-y,x,z	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.672, 92.672, 57.969
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	168
Space group name H-M	P6

#1: タンパク質	Capsid protein p24 分子量: 25572.391 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 133-363 / 変異: E28A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: gag / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B6DRA0, UniProt: P12493*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.23 % / 解説: Hexagonal plate-like crystals
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG3350, NaI, Sodium cacodylate, Glycerol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033203 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.033203 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.19→46.99 Å / Num. obs: 14722 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.6 % / B_iso Wilson estimate: 51.62 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.056 / R_pim(I) all: 0.026 / R_rim(I) all: 0.062 / Net I/σ(I): 16.2

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
2.19-2.26	5.1	0.639	6340	1236	0.779	0.308	0.711	98.6
9.03-46.99	5.3	0.035			0.994	0.018	0.04	98.9

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	5.43 Å	46.34 Å
Translation	5.43 Å	46.34 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.5.31	データスケーリング
PHASER	2.7.17	位相決定
PHENIX	(1.11.1-2575_1692)	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdbid 4XFX

4xfx

解像度: 2.19→46.336 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 27.36

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2458	854	5.8 %
R_work	0.2127	-	-
obs	0.2146	14717	99.83 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 155.37 Å² / B_iso mean: 65.9406 Å² / B_iso min: 34.95 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.19→46.336 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1694	0	18	115	1827
B_iso mean	-	-	79.56	61.74	-
残基数	-	-	-	-	219

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	1742
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.481	2373
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.039	268
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	308
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.278	1071

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.19-2.3273	0.3034	151	0.299	2268	2419	99
2.3273-2.5069	0.334	129	0.2783	2312	2441	100
2.5069-2.7592	0.2671	118	0.2682	2307	2425	100
2.7592-3.1584	0.2788	173	0.259	2278	2451	100
3.1584-3.9789	0.2214	126	0.2063	2331	2457	100
3.9789-46.3464	0.2283	157	0.1756	2367	2524	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8007	0.4388	-0.09	0.5652	-0.1556	0.0398	1.5086	-1.9736	-0.4796	1.4514	0.8967	0.9147	-1.2495	0.4297	0.0599	1.2097	-0.0558	-0.1065	1.0834	0.0182	1.0199	-1.0324	-12.2725	16.2101
2	0.9144	0.8003	0.781	1.1537	0.5673	1.8456	-0.0263	0.5869	1.061	-0.4246	-0.1468	-0.6661	-0.081	0.4823	-0.0004	0.4529	-0.0219	0.0534	0.4541	0.0899	0.8256	2.8208	-17.1335	-3.3986
3	2.1733	-1.0955	-0.3154	3.5289	-0.7551	4.681	-0.3288	0.0388	0.1048	0.2169	0.0344	-0.2888	0.4959	0.2722	0	0.461	0.0069	0.0227	0.3843	0.0144	0.5025	-3.4861	-29.4258	3.7107
4	1.2704	-0.0321	-1.7972	1.0625	0.0544	2.4919	-0.2456	-0.7182	-0.1026	0.9415	-0.0823	0.5122	-0.3752	0.0503	-0.0002	0.9844	0.0733	0.0725	0.765	-0.016	0.6105	-6.4368	-29.3847	21.1433
5	2.4406	-0.6918	-0.6968	3.864	-2.5097	2.1662	-0.3741	0.1649	-0.1582	0.1337	-0.4763	-0.8806	0.2089	0.6608	-0.0007	0.3368	0.0094	0.0344	0.5726	0.1088	0.6238	3.6678	-29.9372	2.0801
6	2.9654	0.1559	0.976	0.9874	1.7312	3.9863	-0.0971	0.8373	-0.1905	-0.3258	0.0312	-0.1049	0.3065	-0.1991	-0.0002	0.6279	0.0579	0.0566	0.5571	0.0663	0.5018	21.8007	-27.0741	-15.8516
7	0.9162	1.454	0.3054	2.7459	-0.189	1.0009	-0.3675	-0.3794	0.0378	0.5476	0.5285	-0.6899	0.1865	0.0606	-0.0008	0.7807	0.3416	0.114	0.7651	0.1178	0.6972	25.2059	-34.5913	-6.6775
8	2.6438	0.4959	-1.383	1.2849	0.2174	0.9297	-0.591	0.3225	0.3319	-0.1179	0.1355	-0.2497	0.8467	1.5688	-0.0031	0.7635	0.2146	0.0676	0.9911	0.0953	0.6438	35.8234	-25.5698	-14.7229

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 16 )	A	1 - 16
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 17 through 43 )	A	17 - 43
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 44 through 83 )	A	44 - 83
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 84 through 125 )	A	84 - 125
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 126 through 145 )	A	126 - 145
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 146 through 175 )	A	146 - 175
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 176 through 192 )	A	176 - 192
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 193 through 221 )	A	193 - 221

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関連情報:EMDBヘッダ

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