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- PDB-5w4m: Crystal structure of Streptococcus dysgalactiae SHP pheromone rec... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w4m
タイトルCrystal structure of Streptococcus dysgalactiae SHP pheromone receptor Rgg2(C45S)
要素Transcriptional regulator
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING / PHEROMONE BINDING / REPEAT DOMAIN / QUORUM SENSING / RRNPP
機能・相同性
機能・相同性情報


: / HTH-type transcriptional regulator Rgg, C-terminal domain / Transcription activator MutR, C-terminal / Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / THIOCYANATE ION / Transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus dysgalactiae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.388 Å
データ登録者Capodagli, G.C. / Neiditch, M.B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI125452 米国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Activating mutations in quorum-sensing regulator Rgg2 and its conformational flexibility in the absence of an intermolecular disulfide bond.
著者: Wilkening, R.V. / Capodagli, G.C. / Khataokar, A. / Tylor, K.M. / Neiditch, M.B. / Federle, M.J.
履歴
登録2017年6月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22017年11月22日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 1.32017年12月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator
B: Transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,91314
ポリマ－66,1672
非ポリマー74612
水1,71195
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8140 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area26120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)174.982, 174.982, 57.630
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Transcriptional regulator


分子量: 33083.520 Da / 分子数: 2 / 変異: C45S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus dysgalactiae (バクテリア)
遺伝子: mutR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0J9X288

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非ポリマー , 6種, 107分子

#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#4: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.38 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.75
詳細: 350mM KSCN, 100mM Bis-Tris propane pH 7.75, 18% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 1.1808 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月25日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1808 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.388→50 Å / Num. obs: 34868 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 52.72 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.115 / Χ2: 1.643 / Net I/av σ(I): 20.4 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.388-2.447.40.8283.417250.8070.3270.8911.237100
2.44-2.497.50.7110.8280.280.7641.294100
2.49-2.537.50.6230.8770.2450.671.352100
2.53-2.597.50.5320.9020.2090.5721.412100
2.59-2.647.50.4510.9160.1780.4851.514100
2.64-2.77.50.3840.940.1510.4131.655100
2.7-2.777.50.3360.9480.1320.3611.677100
2.77-2.857.50.2740.960.1080.2951.784100
2.85-2.937.50.2350.9720.0920.2531.866100
2.93-3.027.50.2080.9730.0810.2231.881100
3.02-3.137.50.1870.9790.0730.2011.726100
3.13-3.267.50.1610.9830.0630.1731.958100
3.26-3.417.50.1450.9820.0570.1561.955100
3.41-3.587.50.1310.9870.0520.1411.893100
3.58-3.817.50.1150.990.0450.1231.806100
3.81-4.17.50.1090.990.0430.1171.701100
4.1-4.527.50.0940.9940.0370.1011.646100
4.52-5.177.50.0830.9950.0330.091.581100
5.17-6.517.50.0750.9960.0290.081.528100
6.51-507.20.0670.9960.0270.0721.37599.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4YV6

4yv6


解像度: 2.388→43.745 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.84
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2242 1951 5.76 %
Rwork0.1931 --
obs0.1949 33900 96.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 145.68 Å2 / Biso mean: 65.5324 Å2 / Biso min: 34.06 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.388→43.745 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4586 0 37 95 4718
Biso mean--85.81 60.25 -
残基数----550
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034739
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4456379
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.034705
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003794
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.3923979
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3875-2.44720.29381150.26221964207985
2.4472-2.51340.31821350.25222180231592
2.5134-2.58730.30321290.24512172230193
2.5873-2.67080.2711290.24212202233195
2.6708-2.76630.27861430.24592263240696
2.7663-2.8770.28071410.24292319246098
2.877-3.00790.30711400.23962269240998
3.0079-3.16650.2261420.23852332247499
3.1665-3.36480.26211420.220123422484100
3.3648-3.62450.23621460.211623642510100
3.6245-3.9890.22191420.179123412483100
3.989-4.56570.18371470.150823722519100
4.5657-5.75020.19931490.166523962545100
5.7502-43.75280.18331510.16824332584100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.75310.4633-0.86071.3478-0.31140.96480.0059-0.14860.06-0.00330.09610.19930.2696-0.18280.00020.5286-0.10150.01540.64430.0220.5043-48.3442-35.9499-13.1676
22.88110.7194-0.64371.22280.72581.7511-0.12960.46530.4032-0.22710.28110.1915-0.0386-0.1356-0.00080.4940.00430.00410.57170.08990.5246-39.0802-20.1-42.4611
32.628-0.087-0.59181.0727-0.3981.0610.1504-0.1770.5260.1748-0.0218-0.0907-0.15480.169100.4304-0.05920.00080.4821-0.05920.5707-16.5871-18.9066-34.06
41.4837-1.7082-0.58272.20210.21681.0647-0.46960.3917-0.1245-0.74950.59470.20510.30440.7350.160.687-0.3613-0.03620.9535-0.12010.4133-12.1934-28.2558-47.2643
50.72-0.80210.26341.35550.20030.59350.24730.28280.4890.4360.22660.3157-0.0696-0.33410.00010.61530.03210.12290.61910.0010.6585-50.8758-15.5027-20.2337
60.1345-0.06160.10770.2669-0.39720.2790.12280.1380.25360.4397-0.2150.1507-0.54690.29390.0240.6469-0.13-0.03990.7418-0.05250.4946-27.5342-28.119-7.85
70.76890.3497-0.38840.97820.57961.7313-0.0045-0.0686-0.18670.09830.0841-0.02030.18820.0830.00010.49510.0033-0.00960.54-0.02180.4929-24.7016-46.8988-15.6079
81.11090.20090.04061.828-0.78060.3732-0.00490.0426-0.2524-0.1151-0.259-0.3134-0.03510.0895-0.01270.4528-0.01980.03320.5569-0.02680.6078-6.9988-43.5917-28.1013
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 71 )A3 - 71
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 72 through 154 )A72 - 154
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 155 through 257 )A155 - 257
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 258 through 274 )A258 - 274
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 3 through 55 )B3 - 55
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 56 through 99 )B56 - 99
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 100 through 215 )B100 - 215
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 216 through 280 )B216 - 280

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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