PDB-5w48: Crystal Structure of Riboflavin Lyase (RcaE)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5w48

タイトル

Crystal Structure of Riboflavin Lyase (RcaE)

要素

Riboflavin Lyase

キーワード

FLAVOPROTEIN / Cannibalism / Riboflavin / Superoxide radical

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Herbiconiux (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Bhandari, D.M. / Chakrabarty, Y. / Zhao, B. / Wood, J. / Li, P. / Begley, T.P.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Cannibalism Among the Flavins: a Novel C-N Bond Cleavage in Riboflavin Catabolism Mediated by Flavin-Generated Superoxide Radical
著者: Chakrabarty, Y. / Bhandari, D.M. / Zhao, B. / Wood, J. / Li, P. / Begley, T.P.

履歴

登録	2017年6月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年6月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5w48.cif.gz	362.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5w48.ent.gz	298 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5w48.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/5w48 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/5w48	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5w4yC 5w4zC 3b9oS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5w4y-d 5v12-3 5but-2 3upy-d 5v1x-2 5v1x-1 2alw-d 4n0i-d 3ddf-d 5iic-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Riboflavin Lyase

B: Riboflavin Lyase

ヘテロ分子

101 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.970, 109.490, 126.420
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Riboflavin Lyase / RcaE 分子量: 50263.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Herbiconiux (バクテリア) / 株: YR403 / 遺伝子: RcaE / 詳細 (発現宿主): pTHT-RcaE / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3B6UEK8*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 490 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.34 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris-HCl, 1.7 M ammonium sulfate / PH範囲: 5.8-6.2 / Temp details: Room Temperature

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月25日
放射	モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→64.48 Å / Num. obs: 82558 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.7 % / B_iso Wilson estimate: 18.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.2 / Net I/σ(I): 7.3
反射シェル	解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 7.9 % / R_merge(I) obs: 2.965 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10.1-2155-000	精密化
iMOSFLM	7.2.1	データ削減
PHENIX	1.10.1-2155-000	モデル構築
iMOSFLM	7.2.1	データスケーリング
PHENIX	1.10.1-2155-000	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3B9O

3b9o

解像度: 1.9→64.48 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.02

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.21	4165	5.04 %
R_work	0.172	-	-
obs	0.174	82558	99.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→64.48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6934	0	35	490	7459

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	7132
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.845	9721
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.714	4189
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	1055
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1288

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.9216	0.3162	131	0.3043	2604	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9216-1.9442	0.3179	125	0.2761	2560	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9442-1.9679	0.3305	138	0.2659	2583	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9679-1.9928	0.2953	130	0.2507	2589	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9928-2.0191	0.3108	154	0.249	2566	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0191-2.0467	0.2668	142	0.2334	2583	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0467-2.076	0.2993	139	0.2385	2579	X-RAY DIFFRACTION	100
2.076-2.1069	0.25	135	0.2139	2598	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1069-2.1399	0.2324	120	0.2002	2584	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1399-2.175	0.2267	135	0.2026	2559	X-RAY DIFFRACTION	100
2.175-2.2125	0.267	117	0.1933	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2125-2.2527	0.2629	125	0.2081	2559	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2527-2.296	0.2504	157	0.1948	2603	X-RAY DIFFRACTION	100
2.296-2.3429	0.226	127	0.1819	2590	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3429-2.3938	0.2454	139	0.1743	2594	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3938-2.4495	0.1936	152	0.1686	2593	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4495-2.5108	0.2083	144	0.1692	2603	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5108-2.5787	0.2216	134	0.172	2629	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5787-2.6546	0.2215	141	0.1681	2564	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6546-2.7402	0.2266	143	0.1774	2605	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7402-2.8382	0.2414	146	0.1773	2605	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8382-2.9518	0.2086	150	0.1666	2611	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9518-3.0862	0.1912	147	0.1628	2605	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0862-3.2489	0.1953	139	0.1646	2624	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2489-3.4524	0.1847	145	0.1537	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4524-3.7189	0.1722	131	0.1386	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7189-4.0931	0.1621	132	0.1262	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0931-4.6853	0.1524	150	0.1325	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6853-5.9023	0.188	145	0.1511	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9023-64.521	0.1807	152	0.1612	2832	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0694	-0.1681	0.1886	0.3449	-0.2637	0.5481	-0.0385	0.0407	0.0757	0.0131	0.0288	-0.0315	-0.0385	0.0464	0.005	0.1611	0.0023	-0.0033	0.1391	-0.0069	0.1525	-4.6771	35.9583	-21.3631
2	0.4654	0.5186	-0.6642	2.3246	-1.1341	1.4775	0.1546	-0.2604	0.1287	0.3841	-0.1103	-0.0051	-0.4034	0.2651	-0.0391	0.2441	-0.033	0.0236	0.2254	-0.0276	0.1888	-18.5897	43.9325	-9.3044
3	0.9019	-0.0465	0.1164	0.3663	-0.1	0.6314	-0.0622	-0.1675	0.099	0.0355	0.0781	0.0071	-0.0703	-0.0436	-0.004	0.1622	0.0132	0.0058	0.1219	-0.0299	0.1575	-9.1051	33.6962	-9.3637
4	1.3468	0.2334	0.2142	1.0746	-0.1084	0.383	-0.117	-0.2453	0.1416	0.2386	0.137	-0.0044	-0.0494	0.019	0.0713	0.2042	0.0426	-0.0132	0.2297	-0.0371	0.1733	7.53	30.9438	-4.9822
5	1.1471	-1.1293	0.6943	1.1477	-0.747	0.5068	0.0141	-0.0129	-0.2226	-0.1045	0.0142	0.0504	0.1009	0.1342	-0.0448	0.199	0.0051	-0.0099	0.1679	-0.055	0.2016	2.0522	15.7598	-18.2818
6	3.2531	-0.0627	-1.3507	1.6517	0.1694	2.747	0.0735	0.0868	-0.4752	0.0549	-0.1272	0.2229	0.0861	-0.3529	-0.0634	0.1955	-0.0153	0.0019	0.1635	0.017	0.2071	-24.653	22.0832	-12.0347
7	1.2142	0.3642	0.1886	0.8034	-0.2377	0.851	-0.0334	0.1471	-0.0545	-0.1147	0.0831	0.0964	0.0627	-0.1564	-0.0861	0.1612	-0.0122	-0.0222	0.1641	0.025	0.1399	-23.6437	37.7378	-37.424
8	0.157	-0.199	0.1798	1.8916	-0.7549	0.9604	-0.0394	0.3091	0.3081	0.1173	0.0889	0.1512	-0.1568	-0.1099	-0.0239	0.2211	0.0044	-0.0094	0.1291	-0.0114	0.1745	-13.5248	54.1584	-27.995
9	1.3031	-0.307	0.4329	1.1926	-0.5474	1.0843	-0.0661	0.0374	0.3048	-0.0016	0.0959	0.1495	-0.1508	-0.1698	0.008	0.1745	0.004	-0.0125	0.1603	0.0499	0.2241	-19.3826	57.8939	-38.2848
10	0.8623	0.1647	0.1594	0.9082	-0.4678	0.8173	-0.0581	0.3532	-0.0376	-0.1965	0.3002	0.2089	0.1831	-0.2867	-0.0981	0.2767	-0.0759	-0.0629	0.3834	0.0728	0.2702	-35.5951	38.9702	-49.7557
11	0.8133	-0.4625	0.6574	1.2156	-1.0602	2.5451	0.0914	0.3942	0.6324	-0.2211	-0.1544	0.6453	-0.729	-0.8155	-0.1901	0.5221	0.235	0.0543	0.8635	0.3319	0.7142	-54.8354	49.2195	-42.0148
12	0.4021	0.1035	-0.8078	0.7095	0.3193	2.0505	0.0399	0.3039	0.0422	-0.1825	0.2357	0.3414	-0.2887	-0.7095	-0.1584	0.3194	0.005	-0.048	0.5268	0.1522	0.3355	-42.0058	40.1609	-49.5518
13	1.0195	0.0696	0.3856	0.7482	-0.1736	1.0126	-0.0683	0.5514	0.0384	-0.4474	0.1232	0.1093	0.1741	-0.0099	-0.0736	0.332	-0.0689	-0.028	0.3813	0.037	0.1981	-22.5295	40.0441	-57.573
14	1.8297	-0.4202	-0.3919	4.1521	0.415	3.0329	-0.1056	0.2449	0.2514	-0.1707	0.069	-0.0979	-0.1569	0.1903	-0.053	0.1511	-0.0212	-0.0105	0.1958	0.0774	0.1988	-7.67	56.1523	-42.9432

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 4 THROUGH 136 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 137 THROUGH 174 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 175 THROUGH 337 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 338 THROUGH 397 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'A' AND (RESID 398 THROUGH 425 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'A' AND (RESID 426 THROUGH 455 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'B' AND (RESID 3 THROUGH 136 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'B' AND (RESID 137 THROUGH 195 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'B' AND (RESID 196 THROUGH 268 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'B' AND (RESID 269 THROUGH 316 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN 'B' AND (RESID 317 THROUGH 348 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN 'B' AND (RESID 349 THROUGH 369 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN 'B' AND (RESID 370 THROUGH 425 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN 'B' AND (RESID 426 THROUGH 450 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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万見 (Yorodumi)