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- PDB-5w3x: Crystal structure of PopP2 in complex with IP6, AcCoA and the WRK... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w3x
タイトルCrystal structure of PopP2 in complex with IP6, AcCoA and the WRKY domain of RRS1-R .
要素
  • Disease resistance protein RRS1
  • PopP2 protein
キーワードTRANSCRIPTION / PopP2 / IP6 / YopJ effector / WRKY / RRS-R
機能・相同性
機能・相同性情報


acyltransferase activity / defense response / ADP binding / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / signal transduction / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
WRKY domain / Serine/Threonine acetyltransferase, YopJ / YopJ Serine/Threonine acetyltransferase / WRKY domain / WRKY domain superfamily / WRKY DNA -binding domain / WRKY domain profile. / DNA binding domain / Leucine-rich repeat 3 / Leucine Rich Repeat ...WRKY domain / Serine/Threonine acetyltransferase, YopJ / YopJ Serine/Threonine acetyltransferase / WRKY domain / WRKY domain superfamily / WRKY DNA -binding domain / WRKY domain profile. / DNA binding domain / Leucine-rich repeat 3 / Leucine Rich Repeat / Disease resistance protein Roq1-like, winged-helix domain / Disease resistance protein, plants / Apoptotic protease-activating factors, helical domain / NB-ARC / NB-ARC domain / N-terminal domain of TfIIb / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / Single Sheet / Leucine-rich repeat domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETYL COENZYME *A / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / PopP2 protein / Disease resistance protein RRS1
類似検索 - 構成要素
生物種Ralstonia solanacearum (バクテリア)
Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Zhang, Z.M. / Gao, L. / Song, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R35GM119721 米国
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2017
タイトル: Mechanism of host substrate acetylation by a YopJ family effector.
著者: Zhang, Z.M. / Ma, K.W. / Gao, L. / Hu, Z. / Schwizer, S. / Ma, W. / Song, J.
履歴
登録2017年6月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年10月14日Group: Structure summary / カテゴリ: chem_comp / Item: _chem_comp.pdbx_synonyms
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PopP2 protein
B: Disease resistance protein RRS1
C: PopP2 protein
D: Disease resistance protein RRS1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,15511
ポリマ－95,9924
非ポリマー3,1627
水9,170509
1
A: PopP2 protein
B: Disease resistance protein RRS1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,5315
ポリマ－47,9962
非ポリマー1,5353
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3980 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area17630 Å2
手法PISA
2
C: PopP2 protein
D: Disease resistance protein RRS1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,6236
ポリマ－47,9962
非ポリマー1,6274
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4190 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area17980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.539, 87.542, 87.548
Angle α, β, γ (deg.)71.54, 84.04, 84.00
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 PopP2 protein


分子量: 38701.660 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ralstonia solanacearum (バクテリア)
遺伝子: popp, RUN1985_v1_1190012 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0S4VB05
#2: タンパク質 Disease resistance protein RRS1 / Disease resistance protein RCH2 / Probable WRKY transcription factor 52 / Resistance to ...Disease resistance protein RCH2 / Probable WRKY transcription factor 52 / Resistance to Colletotrichum higginsianum 2 protein / Resistance to Ralstonia solanacearum 1 protein


分子量: 9294.553 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: RRS1, RCH2, RRS1-R, WRKY52 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C4B7M5

-
非ポリマー , 5種, 516分子

#3: 化合物 ChemComp-IHP / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / MYO-INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / INOSITOL 1,2,3,4,5,6-HEXAKISPHOSPHATE / myo-イノシト-ル六りん酸


分子量: 660.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H18O24P6
#4: 化合物 ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME *A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P2-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略)


分子量: 809.571 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H38N7O17P3S
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 509 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.2 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 25 mM Tris-HCl (pH 7.5), 250 mM NaCl, 50 mM Arg/Glu, 5% glycerol and 2 mM IP6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.91→82.81 Å / Num. obs: 80778 / % possible obs: 91.8 % / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 1.91→1.94 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 1.641 / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 90528 / % possible all: 63.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
Cootモデル構築
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5W3T

5w3t


解像度: 2→82.809 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 25.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2118 1781 2.2 %
Rwork0.1831 --
obs0.1837 80778 93.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→82.809 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6270 0 142 509 6921
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086518
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.258857
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6752393
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055986
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061148
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.05410.36251340.31286121X-RAY DIFFRACTION95
2.0541-2.11450.33931360.27666108X-RAY DIFFRACTION95
2.1145-2.18280.30121380.24496176X-RAY DIFFRACTION95
2.1828-2.26080.29471390.22416036X-RAY DIFFRACTION94
2.2608-2.35130.22621380.20615991X-RAY DIFFRACTION93
2.3513-2.45840.23271370.19566142X-RAY DIFFRACTION95
2.4584-2.5880.21321400.19076135X-RAY DIFFRACTION95
2.588-2.75010.19531380.18686062X-RAY DIFFRACTION94
2.7501-2.96250.2961370.1986023X-RAY DIFFRACTION93
2.9625-3.26060.25561440.19016203X-RAY DIFFRACTION95
3.2606-3.73240.17231310.17435922X-RAY DIFFRACTION92
3.7324-4.70240.15841320.14246138X-RAY DIFFRACTION95
4.7024-82.87970.16961370.15655940X-RAY DIFFRACTION92
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2177-0.01680.03210.0086-0.10640.2132-0.0358-0.2852-0.15880.0234-0.043-0.06390.03390.0994-00.27710.01980.01330.28650.04120.2813-36.571136.8305-66.0599
20.9823-0.3001-0.04770.6058-0.25980.38590.01610.05960.1187-0.0325-0.0188-0.02680.0151-0.0042-00.2411-0.0049-0.00720.2016-0.00180.2646-34.489553.293-82.5582
30.1516-0.05230.06320.4771-0.13830.43250.0071-0.1707-0.1356-0.0003-0.0002-0.00990.02750.0471-00.28180.0212-0.00140.26090.01440.2748-33.640339.3394-71.3581
40.0099-0.01370.00740.0128-0.00680.0059-0.37270.0003-0.0819-0.2037-0.3087-0.0381-0.2361-0.04760.00010.81550.17720.04020.5942-0.03030.562-38.222335.8049-108.3132
50.0243-0.0227-0.02450.01960.02420.02240.0046-0.07090.09120.0196-0.0076-0.03830.0180.1808-0.00020.3991-0.0025-0.03110.2798-0.02240.3174-37.355242.6636-96.6055
60.0073-0.0055-0.00570.00520.00690.00810.06620.091-0.0656-0.02750.0320.0360.10350.00170.00010.3940.0032-0.05960.3213-0.04030.3803-29.150231.0895-88.7361
70.02950.03830.02810.05980.07040.0813-0.03590.1512-0.0005-0.06130.00070.1847-0.04190.012-0.00010.41060.0658-0.12130.3604-0.08650.3826-42.655641.2172-99.3501
80.004-0.0022-0.00290.0029-0.0060.0390.13170.03-0.03620.0298-0.03650.0420.0080.03170.00010.86590.2313-0.37550.8495-0.20021.4239-28.599523.9941-95.9977
90.0145-0.01510.00570.0151-0.00560.0087-0.04280.00090.0162-0.11940.21920.25960.0164-0.0792-0.00020.56580.0955-0.13130.4231-0.14920.4872-40.575731.2995-99.759
100.0060.0020.00630.0028-0.00180.01010.07670.0112-0.1182-0.1088-0.18210.1252-0.0182-0.10250.00030.8319-0.0042-0.41620.68320.09430.7576-49.615840.7393-108.6326
110.0106-0.0533-0.00370.04720.00860.1918-0.0847-0.1252-0.1665-0.02640.07690.05530.0573-0.010200.30870.00870.02810.31380.08280.3494-30.204269.3139-97.7968
120.07160.0135-0.02740.0927-0.13170.124-0.0183-0.1818-0.13390.12950.0351-0.01070.1191-0.11-00.2977-0.00320.00780.3474-0.00390.2381-37.205880.3892-103.1221
130.7317-0.1448-0.29940.3869-0.08120.76490.0060.12650.05120.016-0.0058-0.0104-0.03360.024800.2536-0.00950.00170.282-0.01250.2269-32.596688.4301-122.6223
140.4639-0.0454-0.14690.00970.01920.1567-0.03030.096-0.08610.03680.07130.0631-0.04870.008600.269-0.0191-0.00540.3333-0.02260.302-53.268181.1043-117.7321
150.087-0.03410.05470.3073-0.06620.6171-0.0487-0.1461-0.1290.09380.00880.039-0.0117-0.042200.2540.01030.00610.26710.01560.2373-37.714880.1905-104.5367
160.1156-0.06650.00490.05960.01230.010.0570.0071-0.00190.04980.03130.06610.01370.06460.12480.7232-0.05430.04270.332-0.51320.6988-32.2396113.959-102.1505
170.00390.0021-0.00260.01860.01470.0091-0.068-0.14420.1045-0.0289-0.0573-0.1692-0.0741-0.12760.00020.897-0.08550.21830.6644-0.12740.6261-33.6952116.4926-112.082
180.0299-0.0169-0.01360.03240.0260.01960.13330.0593-0.0426-0.00690.04310.21190.01580.00170.00040.3897-0.03510.02260.234-0.00860.2756-34.3923103.4196-115.6989
190.03380.00360.04020.03060.01250.03770.0375-0.08290.1834-0.07620.07420.0438-0.12050.00860.00020.4664-0.05010.03930.3566-0.04790.3975-37.8547101.7753-107.494
200.0213-0.01120.00030.07540.04750.0319-0.1083-0.03350.1752-0.11250.026-0.13350.01870.1847-0.00010.5246-0.13280.08270.4676-0.0690.4935-27.6118107.3597-116.1013
210.00590.004-0.00650.0223-0.0090.00770.19370.00550.05820.02030.09040.00360.0242-0.0064-0.00020.7884-0.18240.32821.2206-0.24951.0311-43.099108.4663-97.5793
220.00080.0029-0.00140.0082-0.00560.0043-0.1420.05330.026-0.0277-0.04160.0184-0.06750.2837-0.00060.6304-0.11240.16640.4674-0.18040.5043-31.2216109.8858-105.8897
230.0089-0.0011-0.0070.0049-0.00060.00360.0368-0.1630.0094-0.08320.1038-0.0397-0.04460.0945-00.8793-0.34490.18260.795-0.08580.7306-21.9867115.2062-117.589
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 152 through 208 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 209 through 427 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 428 through 486 )
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18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 1215 through 1221 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 1222 through 1235 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 1236 through 1251 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 1252 through 1258 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 1259 through 1264 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 1265 through 1273 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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