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- PDB-5w3t: Crystal structure of PopP2 in complex with IP6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w3t
タイトルCrystal structure of PopP2 in complex with IP6
要素PopP2 protein
キーワードTRANSCRIPTION / YopJ effector / PopP2 / IP6
機能・相同性Serine/Threonine acetyltransferase, YopJ / YopJ Serine/Threonine acetyltransferase / acyltransferase activity / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / PopP2 protein
機能・相同性情報
生物種Ralstonia solanacearum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Song, J. / Zhang, Z.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R35GM119721 米国
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2017
タイトル: Mechanism of host substrate acetylation by a YopJ family effector.
著者: Zhang, Z.M. / Ma, K.W. / Gao, L. / Hu, Z. / Schwizer, S. / Ma, W. / Song, J.
履歴
登録2017年6月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年10月14日Group: Structure summary / カテゴリ: chem_comp / Item: _chem_comp.pdbx_synonyms
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PopP2 protein
B: PopP2 protein
C: PopP2 protein
D: PopP2 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,61910
ポリマ－154,7954
非ポリマー2,8246
水7,026390
1
A: PopP2 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,4513
ポリマ－38,6991
非ポリマー7522
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: PopP2 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,4513
ポリマ－38,6991
非ポリマー7522
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: PopP2 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,3592
ポリマ－38,6991
非ポリマー6601
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: PopP2 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,3592
ポリマ－38,6991
非ポリマー6601
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.987, 78.956, 79.902
Angle α, β, γ (deg.)103.36, 112.12, 111.54
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
PopP2 protein


分子量: 38698.660 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ralstonia solanacearum (バクテリア)
遺伝子: popp, RUN1985_v1_1190012 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0S4VB05
#2: 化合物
ChemComp-IHP / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / MYO-INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / INOSITOL 1,2,3,4,5,6-HEXAKISPHOSPHATE / myo-イノシト-ル六りん酸


分子量: 660.035 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H18O24P6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 390 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.29 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES (pH 7.5), 20% (v/v) PEG4000 and 10% (v/v) glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9774 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.06→66.87 Å / Num. obs: 75480 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 2.06→2.1 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 1.159 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / % possible all: 94.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータスケーリング
Cootモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.15→66.349 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 26.48
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2427 1856 2.46 %
Rwork0.1885 --
obs0.1897 75480 93.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→66.349 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9974 0 156 390 10520
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00610287
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.96913982
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.9043780
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0461609
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051835
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.15-2.20810.34251430.30285654X-RAY DIFFRACTION94
2.2081-2.27310.33641370.29345616X-RAY DIFFRACTION93
2.2731-2.34650.35531550.27195559X-RAY DIFFRACTION92
2.3465-2.43040.32181410.26215734X-RAY DIFFRACTION95
2.4304-2.52770.28351480.24265741X-RAY DIFFRACTION94
2.5277-2.64270.26061360.21815676X-RAY DIFFRACTION94
2.6427-2.78210.25171430.20985641X-RAY DIFFRACTION93
2.7821-2.95640.23821470.20345604X-RAY DIFFRACTION93
2.9564-3.18460.24071390.19865788X-RAY DIFFRACTION95
3.1846-3.50510.26021480.18795681X-RAY DIFFRACTION94
3.5051-4.01220.19711480.16465590X-RAY DIFFRACTION92
4.0122-5.05470.20331440.1495697X-RAY DIFFRACTION94
5.0547-66.38010.23651270.16415643X-RAY DIFFRACTION93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.42942.5451-0.85644.2031-1.52372.5588-0.57080.5858-0.3689-0.90330.4257-0.21040.5682-0.5152-0.00790.5272-0.1074-0.00830.3651-0.06710.373436.96720.016716.8894
22.88381.1222-1.74912.73851.41933.9910.0031-0.01110.4275-0.1735-0.13580.6743-0.045-0.74930.08640.28670.0033-0.05940.5325-0.010.538823.772829.738932.0721
32.95310.642-1.93232.45420.87073.70280.0866-0.18080.50530.0335-0.160.2949-0.4157-0.49890.0290.33440.0708-0.05740.4741-0.04320.434231.449238.129939.5685
43.03440.096-0.27923.39062.00857.0989-0.14490.04730.2407-0.2472-0.0192-0.0618-0.5159-0.05510.14230.2909-0.0452-0.04690.2623-0.00680.410350.743836.367831.5465
52.95641.88760.39585.7982-0.12941.6741-0.14310.0173-0.0726-0.46030.15580.42270.3737-0.4569-0.00030.4806-0.1031-0.03170.4074-0.00430.292534.114317.975120.8173
67.02833.76360.4832.9930.43212.7189-0.04690.0165-0.1216-0.11650.2856-1.1196-0.52830.3612-0.24490.4063-0.01050.00860.4947-0.05670.435882.78272.5773-8.1116
72.25862.07260.31326.64952.66311.68090.2065-0.1054-0.4450.73280.2368-0.28530.3640.061-0.38610.4112-0.005-0.05830.44090.01340.330571.7488-6.1982-2.0291
85.3485-0.5118-0.45622.68390.87512.63950.1948-1.13990.44330.4804-0.144-0.17-0.2061-0.1134-0.02430.5382-0.02560.03460.6751-0.10670.354363.51636.48829.0325
93.8084-0.8639-0.66322.55811.63273.4256-0.041-0.78260.11950.4913-0.00440.2769-0.0752-0.71020.02320.48950.05380.04380.78670.00740.351249.99282.5755.719
106.0302-1.48060.01035.21210.36852.770.05-0.3954-0.350.20980.00960.02990.2004-0.239-0.08110.2637-0.0808-0.04820.36880.03970.228153.8461-11.718-9.8003
115.30632.97670.73214.4219-0.73492.8887-0.0284-0.01540.08930.1201-0.0133-0.2526-0.36160.05470.03160.31310.0223-0.01690.3309-0.01840.324875.50843.3369-4.3409
128.0207-3.50845.78845.4512-4.79428.75820.4020.96070.2599-0.5751-0.29810.43330.01450.3391-0.02010.5680.0150.05120.50120.00440.387248.522522.2264-54.3362
132.9779-3.7191.20064.5038-1.57141.9792-0.02640.16220.78390.1807-0.2795-0.8301-0.36540.25030.31750.451-0.0401-0.0530.3813-0.00310.410452.936521.5791-38.8951
147.83791.21880.5754.28440.56745.34310.1086-0.44211.18720.8025-0.155-0.1009-1.055-0.0505-0.01140.7280.0647-0.11330.3608-0.07660.472742.66833.0505-33.2663
154.6835-1.4399-0.77793.988-0.41612.82370.09010.29540.54830.08560.04190.1457-0.8154-0.4412-0.19880.63080.2164-0.01240.4166-0.0460.382334.863730.6238-31.5917
164.0729-1.273-1.04552.8827-0.43073.6608-0.211-0.79260.39320.48720.3433-0.0408-0.6848-0.3707-0.13120.53280.1454-0.04040.5434-0.07830.335836.534522.7982-21.0567
174.87870.3741-1.39643.4137-1.20275.83060.1466-0.3865-0.07690.0753-0.0816-0.2367-0.27540.1251-0.08420.32730.0141-0.05820.27420.01120.295150.01856.27-25.4621
183.513-0.26711.6340.9908-0.99355.626-0.09010.43150.4919-0.2941-0.151-0.1567-0.252-0.020.12830.35690.01940.03130.27430.00990.339945.523822.8619-46.4698
192.54310.3007-0.91587.0759-1.74633.03760.4361-0.34810.15641.58760.03570.963-0.4917-0.3285-0.06490.6963-0.07110.29030.4217-0.00970.440682.357938.4922-1.7772
201.58181.4816-1.39920.9535-0.83450.95970.3973-0.12631.46421.36570.1651.3561-0.4167-0.4039-0.57890.85950.06810.54180.61480.01281.175775.695255.7025-4.6874
212.0089-0.03960.37.71051.54054.77530.00770.2120.0272-0.1055-0.07221.00960.1374-0.60130.0040.2576-0.0251-0.01510.47480.13430.465983.892349.5086-21.2779
223.9488-0.4170.85556.5205-3.08824.60710.1064-0.4773-0.30970.9787-0.2052-0.42990.08430.17640.12180.5721-0.054-0.08870.29650.00310.348694.001230.441-3.976
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 144 through 208 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 209 through 279 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 280 through 378 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 379 through 448 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 449 through 486 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 144 through 178 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 179 through 208 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 209 through 268 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 269 through 378 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 379 through 448 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 449 through 486 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 143 through 178 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 179 through 208 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 209 through 238 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 239 through 260 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 261 through 378 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 379 through 448 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 449 through 486 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 143 through 348 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 349 through 387 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 388 through 448 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 449 through 486 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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