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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5w1n | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the human astrovirus 2 Oxford serotype capsid protein spike at 1.35-A resolution | ||||||
要素 | Capsid polyprotein VP90 | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / capsid protein / icosahedral virus | ||||||
生物種 | Human astrovirus 2 (ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.348 Å | ||||||
データ登録者 | Bogdanoff, W.A. / Perez, E.I. / DuBois, R.M. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: J. Virol. / 年: 2018 タイトル: Structural Basis for Escape of Human Astrovirus from Antibody Neutralization: Broad Implications for Rational Vaccine Design. 著者: Bogdanoff, W.A. / Perez, E.I. / Lopez, T. / Arias, C.F. / DuBois, R.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5w1n.cif.gz | 489.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5w1n.ent.gz | 407.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5w1n.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w1/5w1n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w1/5w1n | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 5kouS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27731.449 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Human astrovirus 2 (ウイルス) / 遺伝子: ORF2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.12 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20% PEG 3350, 0.2M Magnesium Acetate, 0.1M HEPES buffer. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033029 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月22日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.033029 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.348→86.517 Å / Num. all: 177824 / Num. obs: 177824 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 10.29 Å2 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.112 / Rsym value: 0.098 / Net I/av σ(I): 4 / Net I/σ(I): 10.4 / Num. measured all: 816628 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5KOU 解像度: 1.348→43.974 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 15.83 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 52.5 Å2 / Biso mean: 16.0348 Å2 / Biso min: 4.71 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.348→43.974 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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