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万見
- PDB-5w0x: Crystal structure of mouse TOR signaling pathway regulator-like (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w0x
タイトルCrystal structure of mouse TOR signaling pathway regulator-like (TIPRL) delta 94-103
要素TIP41-like protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / Butterfly-like fold Protein phosphotase 2A regulator
機能・相同性TIP41-like protein / TIP41-like family / : / protein phosphatase inhibitor activity / TOR signaling / protein phosphatase activator activity / DNA damage checkpoint signaling / cytosol / TIP41-like protein
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.717 Å
データ登録者Wu, C. / Zheng, A. / Li, J. / Satyshur, K. / Xing, Y.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM096060-01 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Methylation-regulated decommissioning of multimeric PP2A complexes.
著者: Wu, C.G. / Zheng, A. / Jiang, L. / Rowse, M. / Stanevich, V. / Chen, H. / Li, Y. / Satyshur, K.A. / Johnson, B. / Gu, T.J. / Liu, Z. / Xing, Y.
履歴
登録2017年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TIP41-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1911
ポリマ－28,1911
非ポリマー00
水57632
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.642, 63.642, 102.053
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 TIP41-like protein


分子量: 28190.967 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 12-259 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tiprl / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8BH58
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.87 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M Cacodylate pH6.5 15% PEG1000(v/v) 0.2M Magnesium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月14日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.717→48.495 Å / Num. obs: 12335 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 10.5 % / Rmerge(I) obs: 0.128 / Rpim(I) all: 0.041 / Net I/σ(I): 31.94
反射 シェル解像度: 2.717→2.78 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.692 / Mean I/σ(I) obs: 1.39 / Num. unique obs: 296 / Rpim(I) all: 0.266 / % possible all: 45.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2621: ???)精密化
APEXデータ収集
HKL-2000712data processing
CRANK21.9.95位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.717→48.495 Å / SU ML: 0.57 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 34.79 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2732 318 5.05 %10%
Rwork0.2076 ---
obs0.2111 12335 98.7 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.717→48.495 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1741 0 0 32 1773
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011782
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1852407
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.51074
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059268
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007305
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7166-2.98990.41891520.3462804X-RAY DIFFRACTION95
2.9899-3.42250.31851600.26412953X-RAY DIFFRACTION100
3.4225-4.31160.28371580.19882970X-RAY DIFFRACTION100
4.3116-48.50280.23481530.17512985X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.26050.742-0.65635.20291.96467.93650.1626-0.1925-0.07240.519-0.37771.1178-0.4128-1.22450.07040.53090.05750.15470.89580.08410.93254.425622.4491-2.6757
23.9106-0.05720.2535.75821.60017.67840.3277-0.0161-0.38920.00710.1968-0.00490.3798-0.4338-0.44210.4838-0.0048-0.05980.60630.14770.627913.031116.0479-7.0032
35.36420.18110.91064.52992.80315.27420.0130.41520.4707-0.71980.02940.0703-0.9195-0.2432-0.01340.48610.09240.06210.48720.19240.561818.178929.8495-12.9021
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 11 through 57 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 58 through 129 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 130 through 238 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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