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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 5w0w | ||||||
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| Title | Crystal structure of Protein Phosphatase 2A bound to TIPRL | ||||||
Components |
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Keywords | HYDROLASE / complex phosphotase phosphotase regulator | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationmeiotic spindle elongation / Integration of energy metabolism / PP2A-mediated dephosphorylation of key metabolic factors / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S2 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S7 phosphatase activity / MASTL Facilitates Mitotic Progression / protein phosphatase type 2A complex / protein serine/threonine phosphatase complex / regulation of meiotic cell cycle process involved in oocyte maturation / peptidyl-threonine dephosphorylation ...meiotic spindle elongation / Integration of energy metabolism / PP2A-mediated dephosphorylation of key metabolic factors / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S2 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S7 phosphatase activity / MASTL Facilitates Mitotic Progression / protein phosphatase type 2A complex / protein serine/threonine phosphatase complex / regulation of meiotic cell cycle process involved in oocyte maturation / peptidyl-threonine dephosphorylation / mitotic sister chromatid separation / meiotic sister chromatid cohesion, centromeric / INTAC complex / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S5 phosphatase activity / FAR/SIN/STRIPAK complex / Regulation of glycolysis by fructose 2,6-bisphosphate metabolism / Inhibition of replication initiation of damaged DNA by RB1/E2F1 / female meiotic nuclear division / protein phosphatase regulator activity / GABA receptor binding / APC truncation mutants have impaired AXIN binding / AXIN missense mutants destabilize the destruction complex / Truncations of AMER1 destabilize the destruction complex / protein antigen binding / ERKs are inactivated / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / Beta-catenin phosphorylation cascade / Signaling by GSK3beta mutants / CTNNB1 S33 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S37 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S45 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 T41 mutants aren't phosphorylated / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / RNA polymerase II transcription initiation surveillance / Co-stimulation by CD28 / regulation of growth / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / Co-inhibition by CTLA4 / protein phosphatase inhibitor activity / Platelet sensitization by LDL / protein-serine/threonine phosphatase / negative regulation of glycolytic process through fructose-6-phosphate / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / ERK/MAPK targets / mesoderm development / protein serine/threonine phosphatase activity / vascular endothelial cell response to oscillatory fluid shear stress / T cell homeostasis / regulation of cell differentiation / phosphoprotein phosphatase activity / regulation of microtubule polymerization / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / lateral plasma membrane / chromosome, centromeric region / DARPP-32 events / negative regulation of hippo signaling / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / protein dephosphorylation / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / spindle assembly / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / protein tyrosine phosphatase activity / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / DNA damage checkpoint signaling / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / AURKA Activation by TPX2 / meiotic cell cycle / chromosome segregation / RHO GTPases Activate Formins / RAF activation / Spry regulation of FGF signaling / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / PKR-mediated signaling / response to lead ion / tau protein binding / spindle pole / Negative regulation of MAPK pathway / Cyclin D associated events in G1 / Separation of Sister Chromatids / Regulation of TP53 Degradation / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / mitotic cell cycle / microtubule cytoskeleton / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / protein-containing complex assembly / neuron projection / intracellular signal transduction / membrane raft / protein heterodimerization activity / neuronal cell body Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Homo sapiens (human)![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 3.8 Å | ||||||
Authors | Wu, C. / Zheng, A. / Li, J. / Satyshur, K. / Xing, Y. | ||||||
| Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2017Title: Methylation-regulated decommissioning of multimeric PP2A complexes. Authors: Wu, C.G. / Zheng, A. / Jiang, L. / Rowse, M. / Stanevich, V. / Chen, H. / Li, Y. / Satyshur, K.A. / Johnson, B. / Gu, T.J. / Liu, Z. / Xing, Y. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 5w0w.cif.gz | 1.7 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb5w0w.ent.gz | 1.5 MB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 5w0w.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 5w0w_validation.pdf.gz | 526.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 5w0w_full_validation.pdf.gz | 598.9 KB | Display | |
| Data in XML | 5w0w_validation.xml.gz | 146 KB | Display | |
| Data in CIF | 5w0w_validation.cif.gz | 196.2 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w0/5w0w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w0/5w0w | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 3 | ![]()
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| 4 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 65701.609 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: PPP2R1A / Production host: ![]() #2: Protein | Mass: 29044.281 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #3: Protein | Mass: 35780.281 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: PPP2CA / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / Strain (production host): Hi5References: UniProt: P67775, protein-serine/threonine phosphatase #4: Chemical | ChemComp-MN / Has protein modification | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 2 |
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.66 Å3/Da / Density % sol: 66.43 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.2 Details: 0.1M citric acid pH 5.2, 9% PEG4000, 0.2M sodium acetate PH range: 5.0-6.0 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-G / Wavelength: 0.9787 Å |
| Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Oct 30, 2015 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9787 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 3.8→50 Å / Num. obs: 143440 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Redundancy: 11.7 % / Rmerge(I) obs: 0.875 / Rpim(I) all: 0.273 / Net I/av σ(I): 5 / Net I/σ(I): 11.3 |
| Reflection shell | Resolution: 3.8→3.88 Å / Redundancy: 11.8 % / Rmerge(I) obs: 3.29 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 4467 / Rpim(I) all: 1 / % possible all: 100 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 3.8→49.421 Å / SU ML: 0.51 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / Phase error: 27.64 / Stereochemistry target values: MLDetails: The peptide linkage error was caused by poor electron density in the region
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.8→49.421 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
United States, 1items
Citation








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Trichoplusia ni (cabbage looper)