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- PDB-5w0o: Structure of human TUT7 catalytic module (CM) in complex with dsRNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w0o
タイトルStructure of human TUT7 catalytic module (CM) in complex with dsRNA
要素
  • Terminal uridylyltransferase 7
  • double-stranded RNA
キーワードTRANSFERASE/RNA / terminal uridyltransferase / TUTase / TRANSFERASE-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


polyuridylation-dependent mRNA catabolic process / transposable element silencing by mRNA destabilization / RNA 3'-end processing / uridylyltransferase activity / RNA 3' uridylation / RNA uridylyltransferase / RNA uridylyltransferase activity / Z-decay: degradation of maternal mRNAs by zygotically expressed factors / miRNA metabolic process / Deadenylation of mRNA ...polyuridylation-dependent mRNA catabolic process / transposable element silencing by mRNA destabilization / RNA 3'-end processing / uridylyltransferase activity / RNA 3' uridylation / RNA uridylyltransferase / RNA uridylyltransferase activity / Z-decay: degradation of maternal mRNAs by zygotically expressed factors / miRNA metabolic process / Deadenylation of mRNA / pre-miRNA processing / oocyte maturation / miRNA binding / Zygotic genome activation (ZGA) / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Unstructured region 4 on terminal uridylyltransferase 7 / TUTase nucleotidyltransferase domain / TUTase nucleotidyltransferase domain / PAP/25A-associated / Cid1 family poly A polymerase / Poly(A) RNA polymerase, mitochondrial-like, central palm domain / Matrin/U1-C-like, C2H2-type zinc finger / U1-like zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Nucleotidyltransferase superfamily ...Unstructured region 4 on terminal uridylyltransferase 7 / TUTase nucleotidyltransferase domain / TUTase nucleotidyltransferase domain / PAP/25A-associated / Cid1 family poly A polymerase / Poly(A) RNA polymerase, mitochondrial-like, central palm domain / Matrin/U1-C-like, C2H2-type zinc finger / U1-like zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Nucleotidyltransferase superfamily / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / RNA / RNA (> 10) / Terminal uridylyltransferase 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.488 Å
データ登録者Faehnle, C.R. / Walleshauser, J. / Joshua-Tor, L.
引用ジャーナル: Nat. Struct. Mol. Biol. / 年: 2017
タイトル: Multi-domain utilization by TUT4 and TUT7 in control of let-7 biogenesis.
著者: Faehnle, C.R. / Walleshauser, J. / Joshua-Tor, L.
履歴
登録2017年5月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22017年8月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Terminal uridylyltransferase 7
B: Terminal uridylyltransferase 7
C: double-stranded RNA
D: double-stranded RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,0686
ポリマ－99,0994
非ポリマー9682
水90150
1
A: Terminal uridylyltransferase 7
C: double-stranded RNA
D: double-stranded RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,8184
ポリマ－54,3343
非ポリマー4841
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3630 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area20690 Å2
手法PISA
2
B: Terminal uridylyltransferase 7
C: double-stranded RNA
D: double-stranded RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,8184
ポリマ－54,3343
非ポリマー4841
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3910 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area20040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.825, 80.851, 181.830
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Terminal uridylyltransferase 7 / TUT7 / TUTase 7 / Zinc finger CCHC domain-containing protein 6


分子量: 44765.824 Da / 分子数: 2
断片: nucleotidyltransferase domain (UNP residues 983-1365)
変異: D1160A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ZCCHC6, HS2, KIAA1711, TUT7 / プラスミド: Multi-Bac, pFL
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: Q5VYS8, RNA uridylyltransferase
#2: RNA鎖 double-stranded RNA


分子量: 4783.889 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-UTP / URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / UTP


分子量: 484.141 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15N2O15P3 / コメント: UTP*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.37 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M trisodium citrate, pH 5.5, 14% PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.488→181.832 Å / Num. obs: 35240 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 61.69 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 19.4
反射 シェル解像度: 2.488→2.51 Å / Rmerge(I) obs: 0.734 / CC1/2: 0.733

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2155精密化
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 5W0M

5w0m


解像度: 2.488→45.458 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.75 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2542 1774 5.05 %
Rwork0.2054 33375 -
obs0.2079 35149 99.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 171.04 Å2 / Biso mean: 78.5625 Å2 / Biso min: 36.58 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.488→45.458 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5337 640 58 50 6085
Biso mean--62.53 61.76 -
残基数----685
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0066236
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.98584
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049978
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005961
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7273645
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4881-2.55540.31931250.271225292654100
2.5554-2.63060.33711600.267925112671100
2.6306-2.71550.3441410.270325432684100
2.7155-2.81250.32741320.255125282660100
2.8125-2.92510.3461240.257925982722100
2.9251-3.05820.24631220.249325572679100
3.0582-3.21940.30841210.245625842705100
3.2194-3.4210.28411190.227225672686100
3.421-3.6850.2571340.208525882722100
3.685-4.05570.2251630.186225662729100
4.0557-4.6420.22211200.160126062726100
4.642-5.84650.22221690.180926322801100
5.8465-45.46510.24431440.1992566271093
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.93091.6158-2.0883.6757-1.9582.7936-0.00770.67450.21760.0980.08620.3346-0.0906-0.2051-0.07290.3658-0.0903-0.05770.60970.02020.4752-46.365593.69.954
24.26681.0309-2.78983.683-0.68952.625-0.21890.51350.1425-0.29760.09610.0230.03850.02980.15460.2624-0.0439-0.08740.57570.07150.359-36.737294.49067.7353
34.55430.2767-1.90782.74350.56112.6948-0.4920.9291-1.0252-0.14070.03190.20770.7506-0.69590.31270.5775-0.22320.10980.5908-0.18470.736-48.269376.20829.8848
45.27120.0116-3.70242.0874-0.48196.7148-0.25570-1.4648-0.1027-0.2971-0.13220.44210.56060.46540.6146-0.0350.06860.46950.03470.9564-39.570473.422718.3325
57.5408-5.3002-0.49653.78370.8675.464-0.4444-0.90990.62440.68190.417-0.0037-0.9070.09470.18620.9134-0.09190.01520.5367-0.01690.6175-54.026588.832333.4984
62.8431-1.50090.50843.62051.42121.7301-0.0168-0.2371-0.37580.542-0.0830.41920.4354-0.23020.13030.76450.0050.0710.47470.04370.5605-15.03967.485863.6873
74.76971.18521.96426.95271.89216.71-0.00940.96260.3944-0.84410.1047-0.1945-0.0630.5316-0.16530.61420.03190.09910.4930.10860.4871-2.079369.633950.5413
83.20970.16750.41172.73730.04543.16960.0201-0.37270.40130.3944-0.20030.5195-0.4884-0.36880.18870.7280.12440.12320.4683-0.05740.5929-18.79385.000270.3375
97.7244-5.8756-3.00775.4482.82123.78390.86751.04962.6488-1.3524-0.58430.4727-1.577-0.3061-0.40681.27980.1492-0.05830.44820.04421.2456-12.7292100.693559.792
106.56051.73860.13443.46721.34882.413-0.08770.73390.5459-0.3326-0.10950.6696-0.5353-0.37240.15630.6420.2129-0.09540.45980.0030.6905-24.806385.969956.9022
112.2933-0.9644.11370.1482-1.74786.12250.10690.7052-0.05850.1657-0.1230.11920.35070.8324-0.00950.8172-0.0122-0.12191.0070.33350.7666-15.777188.199228.4932
121.5038-0.38353.68511.41-1.83186.88620.1310.825-0.0845-0.5420.0950.21960.08810.6705-0.10190.8590.0307-0.16411.0690.29890.7984-13.365588.187134.3499
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resseq 987:1074)A987 - 1074
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resseq 1075:1153)A1075 - 1153
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resseq 1154:1248)A1154 - 1248
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resseq 1249:1318)A1249 - 1318
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resseq 1319:1336)A1319 - 1336
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resseq 992:1067)B992 - 1067
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resseq 1068:1123)B1068 - 1123
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resseq 1124:1266)B1124 - 1266
9X-RAY DIFFRACTION9(chain B and resseq 1267:1273)B1267 - 1273
10X-RAY DIFFRACTION10(chain B and resseq 1276:1332)B1276 - 1332
11X-RAY DIFFRACTION11(chain C and resseq 1:15)C1 - 15
12X-RAY DIFFRACTION12(chain D and resseq 1:15)D1 - 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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