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- PDB-5vzp: Sperm whale myoglobin H64Q with nitric oxide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vzp
タイトルSperm whale myoglobin H64Q with nitric oxide
要素Myoglobin
キーワードOXYGEN TRANSPORT / Heme / Myoglobin / nitrosyl / nitric oxide
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / extracellular exosome / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Myoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / NITRIC OXIDE / NITRITE ION / Myoglobin
類似検索 - 構成要素
生物種Physeter catodon (マッコウクジラ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.78 Å
Model detailsThis stable porphyrin-Fe(?Ea)-nitrosoalkane complex was obtained from the reaction of sperm whale ...This stable porphyrin-Fe(?Ea)-nitrosoalkane complex was obtained from the reaction of sperm whale myoglobin ferric H64A and N-hydroxyamphetamine.
データ登録者Wang, B. / Thomas, L.M. / Richter-Addo, G.B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-1213674 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: Nitrosyl Myoglobins and Their Nitrite Precursors: Crystal Structural and Quantum Mechanics and Molecular Mechanics Theoretical Investigations of Preferred Fe -NO Ligand Orientations in ...タイトル: Nitrosyl Myoglobins and Their Nitrite Precursors: Crystal Structural and Quantum Mechanics and Molecular Mechanics Theoretical Investigations of Preferred Fe -NO Ligand Orientations in Myoglobin Distal Pockets.
著者: Wang, B. / Shi, Y. / Tejero, J. / Powell, S.M. / Thomas, L.M. / Gladwin, M.T. / Shiva, S. / Zhang, Y. / Richter-Addo, G.B.
履歴
登録2017年5月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myoglobin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,88816
ポリマ－17,3551
非ポリマー1,53315
水2,630146
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3340 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area8040 Å2
2
A: Myoglobin
ヘテロ分子

A: Myoglobin
ヘテロ分子

A: Myoglobin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,66448
ポリマ－52,0653
非ポリマー4,59945
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_775-y+2,x-y+2,z1
crystal symmetry operation3_575-x+y,-x+2,z1
Buried area12050 Å2
ΔGint-164 kcal/mol
Surface area22090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.132, 90.132, 45.248
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number168
Space group name H-MP6
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-211-

SO4

21A-211-

SO4

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Myoglobin


分子量: 17355.145 Da / 分子数: 1 / 変異: H64Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Physeter catodon (マッコウクジラ)
遺伝子: MB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02185

-
非ポリマー , 6種, 161分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-NO / NITRIC OXIDE / Nitrogen monoxide / ニトロキシル


分子量: 30.006 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO
#5: 化合物
ChemComp-NO2 / NITRITE ION / 二酸化窒素


分子量: 46.005 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO2
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Tris-HCl, 1 mM EDTA, pH 9 2.5 M Ammonium Sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→50 Å / Num. obs: 20200 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.058 / Χ2: 3.361 / Net I/av σ(I): 68.241 / Net I/σ(I): 32.6 / Num. measured all: 140393
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.78-1.814.30.0840.9890.0440.0962.16186.9
1.81-1.8450.0790.9920.0390.0892.358100
1.84-1.885.70.0780.9950.0350.0862.418100
1.88-1.926.60.0760.9950.0320.0832.613100
1.92-1.966.80.0720.9950.030.0792.534100
1.96-26.90.0680.9960.0280.0742.797100
2-2.057.10.0680.9960.0270.0743.124100
2.05-2.117.20.0630.9970.0250.0683.172100
2.11-2.177.40.0620.9970.0240.0663.193100
2.17-2.247.60.0620.9970.0240.0673.355100
2.24-2.327.60.0580.9970.0230.0633.392100
2.32-2.427.60.0590.9970.0220.0633.456100
2.42-2.537.60.0570.9980.0220.0623.606100
2.53-2.667.50.0570.9970.0220.0613.75100
2.66-2.837.60.0560.9970.0220.0613.782100
2.83-3.047.60.0540.9970.0210.0583.83100
3.04-3.357.60.0510.9980.020.0553.949100
3.35-3.837.30.0510.9980.020.0554.025100
3.83-4.837.20.050.9980.020.0544.1399.9
4.83-506.50.0480.9970.020.0524.07798.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2MBW

2mbw


解像度: 1.78→31.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 1.687 / SU ML: 0.055 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.092 / ESU R Free: 0.097
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1928 1026 5.1 %RANDOM
Rwork0.1525 ---
obs0.1546 19105 99.52 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 80.55 Å2 / Biso mean: 18.933 Å2 / Biso min: 9.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.04 Å20.04 Å20 Å2
2--0.04 Å20 Å2
3----0.12 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.78→31.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1216 0 99 146 1461
Biso mean--27.33 27.21 -
残基数----153
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0191341
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021295
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4432.0231802
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.99532984
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1855154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.5824.54555
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.92415238
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.217154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.150.2191
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.021449
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.02301
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9061.5614
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7821.497612
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3362.239765
LS精密化 シェル解像度: 1.783→1.829 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.239 68 -
Rwork0.177 1395 -
all-1463 -
obs--98.99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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