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- PDB-5vyp: Crystal structure of the Plant Defensin NsD7 bound to PIP2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vyp
タイトルCrystal structure of the Plant Defensin NsD7 bound to PIP2
要素Defensin NsD7
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / antimicrobial / antifungal / defensin
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatidic acid binding / vacuole / defense response / killing of cells of another organism
類似検索 - 分子機能
Defensin, plant / Gamma-thionins family signature. / Gamma-thionin family / Knottins / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / Defensin A-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PIO / Defensin NsD7
類似検索 - 構成要素
生物種Nicotiana suaveolens (ナス科)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Jarva, M. / Lay, F.T. / Hulett, M. / Kvansakul, M.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)FT130101349 オーストラリア
引用ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2017
タイトル: Structure of the defensin NsD7 in complex with PIP2 reveals that defensin : lipid oligomer topologies are dependent on lipid type.
著者: Jarva, M. / Lay, F.T. / Hulett, M.D. / Kvansakul, M.
履歴
登録2017年5月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Defensin NsD7
B: Defensin NsD7
C: Defensin NsD7
D: Defensin NsD7
E: Defensin NsD7
F: Defensin NsD7
G: Defensin NsD7
H: Defensin NsD7
I: Defensin NsD7
J: Defensin NsD7
K: Defensin NsD7
L: Defensin NsD7
M: Defensin NsD7
N: Defensin NsD7
O: Defensin NsD7
P: Defensin NsD7
Q: Defensin NsD7
R: Defensin NsD7
S: Defensin NsD7
T: Defensin NsD7
U: Defensin NsD7
V: Defensin NsD7
W: Defensin NsD7
X: Defensin NsD7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,08668
ポリマ－131,29524
非ポリマー19,79144
水2,594144
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: cross-linking
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area70040 Å2
ΔGint-270 kcal/mol
Surface area44840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.605, 83.489, 105.194
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.990, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質・ペプチド ...
Defensin NsD7


分子量: 5470.621 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nicotiana suaveolens (ナス科) / プラスミド: pPIC9 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: C0HK49
#2: 化合物...
ChemComp-PIO / [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate / dioctanoyl l-alpha-phosphatidyl-d-myo-inositol 4,5-diphosphate / 1-O-(1-O,2-O-ジオクタノイル-L-グリセロ-3-ホスホ)-D-myo-イノシト-ル4,5-ビスりん酸


分子量: 746.566 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H49O19P3
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.24 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.4 / 詳細: 20.4% PEG 3350, 0.2M Na-formate, 0.1M CAPS, pH 9.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→48.36 Å / Num. obs: 38659 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 51.69 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rpim(I) all: 0.071 / Rrim(I) all: 0.121 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 2.6→2.72 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.975 / Num. unique obs: 4760 / CC1/2: 0.51 / Rpim(I) all: 0.725 / Rrim(I) all: 1.222 / % possible all: 97.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
Aimless0.5.32データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5KK4

5kk4


解像度: 2.6→38.788 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.21
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 1866 4.83 %
Rwork0.2145 --
obs0.2172 38604 95.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 127.42 Å2 / Biso mean: 55.0017 Å2 / Biso min: 23.91 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→38.788 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8957 0 1240 144 10341
Biso mean--58.47 45.17 -
残基数----1145
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00310417
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.63813989
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0391505
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061599
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.1436661
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6-2.67030.431380.36642861299997
2.6703-2.74880.40151680.34422814298297
2.7488-2.83750.3941390.31032851299097
2.8375-2.93890.34821410.28732840298197
2.9389-3.05660.35081290.28012883301297
3.0566-3.19560.36541480.27162834298297
3.1956-3.3640.28061570.23962810296796
3.364-3.57460.25241370.20342850298796
3.5746-3.85040.28351320.19242820295295
3.8504-4.23740.22491490.17632798294795
4.2374-4.84960.22051380.15552819295795
4.8496-6.10610.26061310.2012804293594
6.1061-38.79250.20411590.18242754291391

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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