PDB-5vxv: Peroxisomal membrane protein PEX15

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5vxv

タイトル

Peroxisomal membrane protein PEX15

要素

Peroxisomal membrane protein PEX15

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / alpha helical

機能・相同性

: / protein import into peroxisome matrix, receptor recycling / peroxisomal membrane / protein-membrane adaptor activity / endoplasmic reticulum membrane / Peroxisomal membrane protein PEX15

機能・相同性情報

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Gardner, B.M. / Castanzo, D.T.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: The peroxisomal AAA-ATPase Pex1/Pex6 unfolds substrates by processive threading.
著者: Brooke M Gardner / Dominic T Castanzo / Saikat Chowdhury / Goran Stjepanovic / Matthew S Stefely / James H Hurley / Gabriel C Lander / Andreas Martin /

要旨: Pex1 and Pex6 form a heterohexameric motor essential for peroxisome biogenesis and function, and mutations in these AAA-ATPases cause most peroxisome-biogenesis disorders in humans. The tail-anchored ...

履歴

登録	2017年5月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年1月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2018年4月18日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.3	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5vxv.cif.gz	142.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5vxv.ent.gz	120.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5vxv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5vxv_validation.pdf.gz	400.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5vxv_full_validation.pdf.gz	400.6 KB	表示
XML形式データ	5vxv_validation.xml.gz	12.2 KB	表示
CIF形式データ	5vxv_validation.cif.gz	18.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vx/5vxv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vx/5vxv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7005C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3gh3-1 4aon-d 1pqh-d 2fgk-4 3df6-1 6p7f-d 5aii-4 1r0x-1 2fgj-3 6ufs-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Peroxisomal membrane protein PEX15

25.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.690, 58.840, 85.780
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Peroxisomal membrane protein PEX15 / Peroxin-15 / Peroxisome biosynthesis protein PAS21 分子量: 25567.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: PEX15, PAS21, YOL044W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q08215
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 261 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Peroxisomal membrane protein PEX15 / Peroxin-15 / Peroxisome biosynthesis protein PAS21

分子量: 25567.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: PEX15, PAS21, YOL044W / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q08215

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 261 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.74 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: PEG 6000, MES pH 6.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 0.97956 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月27日
放射	プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97956 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→48.522 Å / Num. obs: 35744 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.1333 / Net I/σ(I): 18.08

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.55→48.522 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 18.5

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1881	1444	4.04 %
R_work	0.1734	-	-
obs	0.174	35737	99.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→48.522 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1704	0	0	262	1966

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	1815
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.554	2475
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.981	1125
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.038	306
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	309

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.55-1.6054	0.304	142	0.2706	3367	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6054-1.6697	0.2438	141	0.2365	3356	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6697-1.7457	0.2153	143	0.2213	3382	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7457-1.8377	0.2478	143	0.2051	3410	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8377-1.9529	0.2073	142	0.1902	3375	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9529-2.1037	0.1748	145	0.1671	3429	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1037-2.3154	0.1814	143	0.155	3411	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3154-2.6504	0.1608	146	0.1522	3458	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6504-3.3391	0.1627	146	0.1659	3468	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3391-48.5457	0.1866	153	0.164	3637	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1575	0.1248	0.0977	0.1109	0.0647	0.074	0.3038	-0.2586	0.1352	0.1316	-0.121	-0.2133	0.1052	-0.0443	0.0013	0.2395	0.0152	0.0367	0.1973	-0.0187	0.1691	40.6748	20.9938	84.6804
2	0.2244	0.0318	-0.0589	0.248	-0.0093	0.2125	0.1061	0.0434	0.2451	0.0524	-0.0314	-0.0603	-0.0499	-0.1376	0.0001	0.3134	0.025	0.0284	0.2451	0.0149	0.2276	35.6387	15.7728	80.4519
3	1.6431	-0.9621	-0.1177	1.15	-0.286	2.5793	0.0223	-0.0856	-0.0752	0.106	0.0317	0.0149	0.0504	-0.0908	-0	0.1805	0.0424	0.0317	0.152	0.0069	0.155	32.105	21.1019	71.9781
4	0.0799	-0.0465	0.0422	0.2258	-0.0608	0.3727	0.047	-0.0551	0.087	0.147	0.025	0.125	-0.3239	-0.2637	0.0006	0.2044	0.0293	0.004	0.1705	-0.0102	0.1792	35.4839	30.6307	64.326
5	0.7427	-0.7428	-0.0155	1.1157	-0.5402	1.3757	-0.0454	0.0356	-0.1694	0.0296	0.1234	0.1125	0.1477	-0.0395	-0.0002	0.1526	0.0025	0.0088	0.1442	-0.006	0.1564	35.0166	17.3211	61.9416
6	1.1555	-0.246	0.0741	1.5259	-0.0426	1.8401	0.0287	-0.0668	-0.0018	-0.0604	-0.0358	0.0691	-0.0152	-0.0501	0	0.1381	0.013	-0.0056	0.132	-0.0071	0.1214	40.4412	24.0109	53.553
7	0.4542	-0.2648	-0.0524	0.1657	0.0595	0.1397	-0.0242	0.1801	-0.2046	0.0491	-0.0197	0.1588	0.2465	-0.1995	-0.0001	0.1648	-0.016	0.0001	0.1841	-0.023	0.1674	40.0605	14.9782	45.6475
8	0.3616	0.4045	0.24	0.5983	0.4725	0.5389	-0.105	0.4068	0.5298	-0.1176	-0.0441	-0.2928	-0.1677	0.3531	-0.0007	0.1601	0.0134	-0.0062	0.1985	0.0226	0.2058	54.1151	25.7686	47.2067
9	0.3871	-0.3976	0.071	0.4082	-0.0733	0.3254	-0.0149	-0.0223	-0.1729	0.0831	0.0533	-0.0048	0.0902	-0.1193	-0	0.1584	0.0082	-0.0051	0.1685	-0.0012	0.1839	49.4861	6.1618	49.4993

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 43 through 54 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 55 through 68 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 69 through 115 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 116 through 131 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 132 through 152 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 153 through 197 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 198 through 218 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 219 through 236 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 237 through 259 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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