PDB-5vxm: 2.05 A resolution structure of IpaD from Shigella flexneri in com...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5vxm

タイトル

2.05 A resolution structure of IpaD from Shigella flexneri in complex with single-domain antibody 20ipaD

要素

Invasin IpaD
Single-domain antibody 20ipaD

キーワード

IMMUNE SYSTEM / tip protein / VHH / T3SS

機能・相同性

機能・相同性情報

effector-mediated activation of programmed cell death in host / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)

Vicugna pacos (アルパカ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Barta, M.L. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Picking, W.D. / Picking, W.L.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: 2.05 A resolution structure of IpaD from Shigella flexneri in complex with single-domain antibody 20ipaD
著者: Barta, M.L. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Picking, W.D. / Picking, W.L.

履歴

登録	2017年5月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年8月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5vxm.cif.gz	208.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5vxm.ent.gz	167.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5vxm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5vxm_validation.pdf.gz	441.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5vxm_full_validation.pdf.gz	443.2 KB	表示
XML形式データ	5vxm_validation.xml.gz	14.6 KB	表示
CIF形式データ	5vxm_validation.cif.gz	19.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vx/5vxm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vx/5vxm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2j0oS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3wvz-d 1rg0-d 6ggv-d 1gzh-1 5bq9-2 6kjb-d 3kye-d 2pjy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Invasin IpaD

B: Single-domain antibody 20ipaD

48.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.642, 83.507, 181.609
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Invasin IpaD / 36 kDa membrane antigen 分子量: 31904.623 Da / 分子数: 1 / 変異: C322S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌) 遺伝子: ipaD, CP0126 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P18013
#2: 抗体	Single-domain antibody 20ipaD 分子量: 16253.950 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.72 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.5 / 詳細: 0.1 M Citric acid (pH 3.5), 25 % (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年8月14日

放射

モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.05→47.99 Å / Num. obs: 28469 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.4 % / B_iso Wilson estimate: 38.31 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.078 / R_pim(I) all: 0.033 / R_rim(I) all: 0.085 / Net I/σ(I): 13 / Num. measured all: 182091 / Scaling rejects: 16

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.05-2.11	6.5	1.036	14325	2191	0.637	0.439	1.127	1.9	100
8.94-47.99	5.6	0.038	2210	398	0.998	0.017	0.042	36.3	98.3

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_2846	精密化
Aimless	0.5.27	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2J0O

2j0o

解像度: 2.05→34.371 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.43 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2463	1356	4.77 %
R_work	0.2099	27059	-
obs	0.2117	28415	99.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 194.82 Å² / B_iso mean: 62.941 Å² / B_iso min: 23.99 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.05→34.371 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2690	0	0	68	2758
B_iso mean	-	-	-	49.86	-
残基数	-	-	-	-	368

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	2728
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.457	3705
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.036	437
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	479
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.377	1629

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 10 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
2.05-2.1233	0.3486	151	0.2859	2673	2824
2.1233-2.2083	0.2701	122	0.2603	2656	2778
2.2083-2.3087	0.2404	124	0.2444	2685	2809
2.3087-2.4304	0.2835	130	0.228	2698	2828
2.4304-2.5827	0.272	150	0.2281	2643	2793
2.5827-2.782	0.252	111	0.2261	2728	2839
2.782-3.0618	0.2888	130	0.2228	2697	2827
3.0618-3.5045	0.245	144	0.2027	2702	2846
3.5045-4.4138	0.1994	161	0.1827	2718	2879
4.4138-34.3757	0.2509	133	0.1993	2859	2992

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1872	-0.0658	-0.2904	0.3658	0.0296	0.2279	-0.1358	-0.2427	-0.0356	0.0347	-0.1322	0.1931	-0.1761	-0.0063	-0.4339	0.613	0.1401	-0.0577	0.6845	-0.2121	0.3014	-10.5319	6.2985	-6.4541
2	0.934	-0.3291	0.082	0.6202	-0.2124	0.5502	-0.0238	-0.0127	0.0671	0.0287	-0.003	-0.192	-0.0758	-0.1209	-0	0.2834	-0.0353	-0.0204	0.2508	-0.0011	0.2823	2.0243	-3.7483	-28.5622
3	0.2462	0.0414	0.1858	0.2145	-0.1364	0.245	-0.3901	-0.1235	-0.0753	0.2121	-0.326	0.152	0.1664	-0.131	-0.0105	0.376	-0.1045	0.0437	0.3939	-0.0063	0.4378	-13.0553	-37.8903	-30.3725
4	0.0084	-0.0128	-0.0123	0.0069	0.0092	0.0125	-0.1658	-0.0928	-0.4728	0.0989	-0.1851	0.2844	0.0244	0.1028	-0.0005	0.4284	-0.1046	0.0159	0.4711	0.011	0.3601	-5.4557	-23.6673	-20.9276
5	0.0211	0.0293	-0.0538	-0.0056	0.0133	0.1345	-0.0391	-0.0924	-0.7398	-0.0817	-0.3348	-0.853	-0.0805	0.0788	-0.0092	0.3561	-0.0685	0.0023	0.298	0.0822	0.6986	-1.3386	-38.0021	-34.5515
6	0.0093	0.0826	-0.0867	0.0349	-0.0161	-0.0459	0.0875	-0.1189	0.1285	-0.1839	-0.16	-0.0994	-0.1585	0.0711	-0.0001	0.2875	-0.0259	-0.015	0.3333	-0.0265	0.3503	-5.6224	-23.9276	-34.4255
7	0.3085	0.1049	0.0749	0.2344	-0.1048	0.0623	-0.0187	0.0507	0.0135	0.0901	0.0115	0.2173	-0.6177	-0.1255	-0.0007	0.3077	-0.0148	-0.0073	0.374	-0.0005	0.2668	-11.7909	-28.9943	-34.23
8	0.1647	0.0973	-0.056	-0.0042	-0.0564	0.0441	-0.2595	0.0243	-0.3013	-0.1048	-0.1086	-0.3297	-0.1214	0.1696	-0.0019	0.2992	-0.0582	0.0353	0.296	-0.0014	0.3236	-7.3217	-37.9335	-37.4278
9	0.0103	0.0178	0.0309	0.0335	0.0113	0.0144	0.2419	-0.2146	-0.5395	0.2618	-0.4737	-0.0682	0.04	-0.1747	-0	0.3677	-0.0623	-0.0935	0.277	-0.0003	0.3774	2.0267	-22.8328	-31.3311
10	0.017	-0.0308	-0.1653	0.6242	0.1351	0.4479	0.0132	-0.1593	-0.4808	0.1043	-0.234	-0.8732	0.0805	-0.2132	-0.0609	0.3041	-0.0979	-0.0119	0.3023	0.0576	0.5408	-3.4878	-38.4948	-32.3806

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 42 through 149 )	A	42 - 149
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 150 through 320 )	A	150 - 320
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 2 through 25 )	B	2 - 25
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 26 through 33 )	B	26 - 33
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 34 through 45 )	B	34 - 45
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 46 through 60 )	B	46 - 60
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 61 through 83 )	B	61 - 83
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 84 through 99 )	B	84 - 99
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 100 through 108 )	B	100 - 108
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 109 through 126 )	B	109 - 126

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関連情報:EMDBヘッダ

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