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万見
- PDB-6kjb: wild-type apo-form E. coli ATCase holoenzyme with an unusual open... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kjb
タイトルwild-type apo-form E. coli ATCase holoenzyme with an unusual open conformation of R167
要素
  • Aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit
  • Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain
キーワードTRANSFERASE / aspartate transcarbamoylase holoenzyme / de novo pyrimidine biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


aspartate carbamoyltransferase complex / pyrimidine nucleotide biosynthetic process / aspartate carbamoyltransferase / aspartate carbamoyltransferase activity / glutamine metabolic process / amino acid binding / protein homotrimerization / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / zinc ion binding ...aspartate carbamoyltransferase complex / pyrimidine nucleotide biosynthetic process / aspartate carbamoyltransferase / aspartate carbamoyltransferase activity / glutamine metabolic process / amino acid binding / protein homotrimerization / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / zinc ion binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Aspartate transcarbamylase regulatory subunit / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, C-terminal / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, N-terminal / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, C-terminal domain superfamily / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, N-terminal domain superfamily / Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain, allosteric domain / Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain, metal binding domain / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, N-terminal domain / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, C-terminal domain / Aspartate carbamoyltransferase ...Aspartate transcarbamylase regulatory subunit / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, C-terminal / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, N-terminal / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, C-terminal domain superfamily / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, N-terminal domain superfamily / Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain, allosteric domain / Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain, metal binding domain / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, N-terminal domain / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, C-terminal domain / Aspartate carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate and ornithine carbamoyltransferases signature. / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn-binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase superfamily / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding domain / SH3 type barrels. / Roll / Alpha-Beta Plaits / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit / Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.06 Å
データ登録者Wang, N. / Lei, Z. / Zheng, J. / Jia, Z.C.
資金援助 中国, カナダ, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China21773014 中国
Natural Sciences and Engineering Research Council (Canada)RGPIN-2018-04427 カナダ
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2020
タイトル: Conformational Plasticity of the Active Site Entrance inE. coliAspartate Transcarbamoylase and Its Implication in Feedback Regulation.
著者: Lei, Z. / Wang, N. / Tan, H. / Zheng, J. / Jia, Z.
履歴
登録2019年7月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2020年6月3日ID: 4WTO
改定 1.02020年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit
B: Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,5463
ポリマ－51,4812
非ポリマー651
水6,395355
1
A: Aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit
B: Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)309,27718
ポリマ－308,88412
非ポリマー3926
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
crystal symmetry operation10_455y-1/3,x+1/3,-z+1/31
crystal symmetry operation11_565x-y+2/3,-y+4/3,-z+1/31
crystal symmetry operation12_555-x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/31
Buried area26160 Å2
ΔGint-86 kcal/mol
Surface area102730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.680, 129.680, 197.980
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Space group name HallR32"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x-y,-y,-z
#5: -x,-x+y,-z
#6: y,x,-z
#7: x+1/3,y+2/3,z+2/3
#8: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3
#9: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3
#10: x-y+1/3,-y+2/3,-z+2/3
#11: -x+1/3,-x+y+2/3,-z+2/3
#12: y+1/3,x+2/3,-z+2/3
#13: x+2/3,y+1/3,z+1/3
#14: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3
#15: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3
#16: x-y+2/3,-y+1/3,-z+1/3
#17: -x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/3
#18: y+2/3,x+1/3,-z+1/3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-346-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit / Aspartate transcarbamylase / ATCase


分子量: 34337.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: pyrB, b4245, JW4204 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A786, aspartate carbamoyltransferase
#2: タンパク質 Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain


分子量: 17143.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: pyrI, b4244, JW4203 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7F3
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 355 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M MES pH 6.0 10% Glycerol and 10% PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.06→50 Å / Num. obs: 39940 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 25.6
反射 シェル解像度: 2.06→2.1 Å / Num. unique obs: 1979 / CC1/2: 0.75

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14-3260精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ZA1

1za1


解像度: 2.06→32.56 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2231 3590 5.09 %
Rwork0.1998 --
obs0.2009 39475 91.29 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.06→32.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3387 0 1 355 3743
LS精密化 シェル解像度: 2.06→2.08 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3072 73 -
Rwork0.266 1449 -
obs--52 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.27130.0874-0.17090.13810.06540.42180.14490.2081-0.0599-0.16020.1120.09930.0702-0.10580.68510.1932-0.0312-0.10270.1099-0.02560.098-13.700861.69446.1253
20.00710.0067-0.00840.0345-0.02390.02170.0675-0.0333-0.1480.02720.0252-0.02190.1108-0.04830.14790.2163-0.1448-0.18540.17430.02070.2459-15.425241.317817.4972
30.06160.0239-0.0170.06490.03740.04750.04510.024-0.1329-0.05620.0211-0.0536-0.01760.03710.08210.2177-0.0189-0.19860.1433-0.07510.2006-3.095146.858111.6768
40.00130-0.00030.0015-0.00180.00210.0003-0.0022-0.0048-0.004-0.00010.0031-0.0039-0.0036-00.94930.0077-0.07421.02920.01621.0711-62.424371.126621.3199
50.00820.00260.00480.00120.00150.0032-0.01330.0092-0.0155-0.007-0.04510.06370.0002-0.0456-0.00030.3099-0.043-0.0660.6323-0.02751.0679-53.203470.634925.185
60.00460.0038-0.00050.01470.00010-0.02240.0153-0.0361-0.0332-0.0467-0.0261-0.0427-0.04450.00020.4397-0.114-0.08310.6054-0.04550.8437-57.156362.896519.0441
70.0135-0.0012-0.00810.0004-00.0078-0.0124-0.0494-0.06440.04170.04350.15480.021-0.01120.00010.2382-0.05430.01650.22050.08740.3596-32.711660.827222.707
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 166 )A1 - 166
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 167 through 236 )A167 - 236
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 237 through 309 )A237 - 309
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 11 through 19 )B11 - 19
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 20 through 74 )B20 - 74
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 75 through 101 )B75 - 101
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 102 through 153 )B102 - 153

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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