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Yorodumi- PDB-4fyx: E. coli Aspartate Transcarbamoylase complexed with dCTP, UTP, and Mg2+ -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4fyx | ||||||
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Title | E. coli Aspartate Transcarbamoylase complexed with dCTP, UTP, and Mg2+ | ||||||
Components | (Aspartate carbamoyltransferase ...) x 2 | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / pyrimidine nucleotide biosynthesis / feedback inhibition / allostery | ||||||
Function / homology | Function and homology information aspartate carbamoyltransferase complex / pyrimidine nucleotide biosynthetic process / aspartate carbamoyltransferase / aspartate carbamoyltransferase activity / amino acid binding / glutamine metabolic process / protein homotrimerization / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / zinc ion binding ...aspartate carbamoyltransferase complex / pyrimidine nucleotide biosynthetic process / aspartate carbamoyltransferase / aspartate carbamoyltransferase activity / amino acid binding / glutamine metabolic process / protein homotrimerization / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / zinc ion binding / identical protein binding / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.0889 Å | ||||||
Authors | Cockrell, G.M. / Kantrowitz, E.R. | ||||||
Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2012 Title: Metal Ion Involvement in the Allosteric Mechanism of Escherichia coli Aspartate Transcarbamoylase. Authors: Cockrell, G.M. / Kantrowitz, E.R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4fyx.cif.gz | 211.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4fyx.ent.gz | 167.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4fyx.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4fyx_validation.pdf.gz | 1.7 MB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 4fyx_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | Display | |
Data in XML | 4fyx_validation.xml.gz | 40.4 KB | Display | |
Data in CIF | 4fyx_validation.cif.gz | 59 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fy/4fyx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fy/4fyx | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4fyvC 4fywC 4fyyC 1za1S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Aspartate carbamoyltransferase ... , 2 types, 4 molecules ACBD
#1: Protein | Mass: 34337.105 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Escherichia coli (E. coli) / Strain: K12 / References: UniProt: P0A786, aspartate carbamoyltransferase #2: Protein | Mass: 17143.625 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Escherichia coli (E. coli) / Strain: K12 / References: UniProt: P0A7F3 |
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-Non-polymers , 5 types, 642 molecules
#3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.92 Å3/Da / Density % sol: 57.87 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: microdialysis / pH: 5.7 Details: 40 mM sodium citrate, 1 mM 2-mercaptoethanol, 0.2 mM EDTA, 1.0 mM dCTP, pH 5.7 (crystals soaked in 5 mM UTP and 5 mM Mg2+), MICRODIALYSIS, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X29A / Wavelength: 1.075 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jan 19, 2012 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Rosenbaum-Rock double crystal sagittal focusing monochromator Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.075 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Redundancy: 22.3 % / Av σ(I) over netI: 27.12 / Number: 1599046 / Rmerge(I) obs: 0.145 / Χ2: 1.18 / D res high: 2.1 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 71745 / % possible obs: 100 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 2.0889→50 Å / Num. all: 71745 / Num. obs: 71745 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 22.3 % / Rmerge(I) obs: 0.145 / Χ2: 1.178 / Net I/σ(I): 8.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 1ZA1 Resolution: 2.0889→49.22 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.94 / SU ML: 0.26 / σ(F): 0 / Phase error: 19.74 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.98 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 33.269 Å2 / ksol: 0.297 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 206.07 Å2 / Biso mean: 39.2654 Å2 / Biso min: 12.14 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.0889→49.22 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 26
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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