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- PDB-5vx6: Structure of Bacillus subtilis Inhibitor of motility (MotI/DgrA) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vx6
タイトルStructure of Bacillus subtilis Inhibitor of motility (MotI/DgrA)
要素Uncharacterized protein YpfA
キーワードGMP BINDING PROTEIN / c-di-GMP / YcgR / MotI / PilZ / DgrA / YpfA / motility
機能・相同性Flagellar protein YcgR / Type III secretion system flagellar brake protein YcgR, PilZN domain / PilZ domain / PilZ domain / cyclic-di-GMP binding / Chem-C2E / Uncharacterized protein YpfA
機能・相同性情報
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.197 Å
データ登録者Subramanian, S. / Dann III, C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM093030 米国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: MotI (DgrA) acts as a molecular clutch on the flagellar stator protein MotA inBacillus subtilis.
著者: Subramanian, S. / Gao, X. / Dann 3rd., C.E. / Kearns, D.B.
履歴
登録2017年5月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月17日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
改定 1.22018年12月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / pdbx_audit_support
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein YpfA
B: Uncharacterized protein YpfA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,4956
ポリマ－49,7332
非ポリマー2,7624
水00
1
A: Uncharacterized protein YpfA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2483
ポリマ－24,8671
非ポリマー1,3812
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Uncharacterized protein YpfA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2483
ポリマ－24,8671
非ポリマー1,3812
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.410, 75.410, 402.470
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein YpfA


分子量: 24866.725 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: ypfA, jofA, BSU22910 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P38491
#2: 化合物
ChemComp-C2E / 9,9'-[(2R,3R,3aS,5S,7aR,9R,10R,10aS,12S,14aR)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecine-2,9-diyl]bis(2-amino-1,9-dihydro-6H-purin-6-one) / c-di-GMP / Cyclic diguanosine monophosphate / c-di-GMP


分子量: 690.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N10O14P2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.96 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 23- 24 % PEG3350 0.1M Bis-Tris Propane pH-6.5 0.2M Na-K tartarate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2015年7月18日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock Si(111) sagitally focused monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.197→50 Å / Num. obs: 11077 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 15.4 % / Rmerge(I) obs: 0.138 / Rpim(I) all: 0.036 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 3.197→3.26 Å / 冗長度: 5.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 559 / CC1/2: 0.925 / Rpim(I) all: 0.152 / Rsym value: 0.378 / Χ2: 0.833 / % possible all: 93.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.197→46.793 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.81
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2774 1111 10.03 %Random selection
Rwork0.236 ---
obs0.2402 11077 90.76 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.197→46.793 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3379 0 0 0 3379
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043438
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8614702
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.5842094
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054558
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003577
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1967-3.34220.4044780.349696X-RAY DIFFRACTION53
3.3422-3.51830.33861260.29681129X-RAY DIFFRACTION85
3.5183-3.73870.32081430.28391297X-RAY DIFFRACTION97
3.7387-4.02720.3011450.26271283X-RAY DIFFRACTION97
4.0272-4.43220.28071470.22891338X-RAY DIFFRACTION98
4.4322-5.07290.23491500.19031333X-RAY DIFFRACTION98
5.0729-6.38870.26421550.23141391X-RAY DIFFRACTION99
6.3887-46.79770.23811670.20171499X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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