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- PDB-4lqd: The crystal structures of the Brucella protein TcpB and the TLR a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lqd
タイトルThe crystal structures of the Brucella protein TcpB and the TLR adaptor protein TIRAP show structural differences in microbial TIR mimicry
要素Toll/interleukin-1 receptor domain-containing adapter protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / Flavodoxin Fold / Toll-like receptor Signaling Adaptor / MyD88
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of interleukin-15 production / TIRAP-dependent toll-like receptor 4 signaling pathway / cellular response to bacterial lipopeptide / regulation of interferon-beta production / positive regulation of toll-like receptor 3 signaling pathway / positive regulation of toll-like receptor 2 signaling pathway / Toll-like receptor 4 binding / Toll-like receptor 2 binding / positive regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 1 production ...positive regulation of interleukin-15 production / TIRAP-dependent toll-like receptor 4 signaling pathway / cellular response to bacterial lipopeptide / regulation of interferon-beta production / positive regulation of toll-like receptor 3 signaling pathway / positive regulation of toll-like receptor 2 signaling pathway / Toll-like receptor 4 binding / Toll-like receptor 2 binding / positive regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 1 production / myeloid cell differentiation / MyD88 deficiency (TLR2/4) / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / positive regulation of neutrophil chemotaxis / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / toll-like receptor 4 signaling pathway / regulation of innate immune response / cellular response to lipoteichoic acid / endocytic vesicle / signaling adaptor activity / positive regulation of B cell proliferation / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / positive regulation of interleukin-12 production / protein kinase C binding / positive regulation of interleukin-8 production / positive regulation of JNK cascade / positive regulation of protein-containing complex assembly / positive regulation of interleukin-6 production / ruffle membrane / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / positive regulation of tumor necrosis factor production / ER-Phagosome pathway / protein-macromolecule adaptor activity / molecular adaptor activity / response to lipopolysaccharide / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / defense response to Gram-positive bacterium / inflammatory response / innate immune response / cell surface / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Toll-interleukin 1 receptor domain-containing adaptor protein, Tirap / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / TIR domain / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Toll/interleukin-1 receptor domain-containing adapter protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.451 Å
データ登録者Snyder, G.A. / Smith, P. / Jiang, J. / Xiao, T.S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Crystal structures of the Toll/Interleukin-1 receptor (TIR) domains from the Brucella protein TcpB and host adaptor TIRAP reveal mechanisms of molecular mimicry.
著者: Snyder, G.A. / Deredge, D. / Waldhuber, A. / Fresquez, T. / Wilkins, D.Z. / Smith, P.T. / Durr, S. / Cirl, C. / Jiang, J. / Jennings, W. / Luchetti, T. / Snyder, N. / Sundberg, E.J. / ...著者: Snyder, G.A. / Deredge, D. / Waldhuber, A. / Fresquez, T. / Wilkins, D.Z. / Smith, P.T. / Durr, S. / Cirl, C. / Jiang, J. / Jennings, W. / Luchetti, T. / Snyder, N. / Sundberg, E.J. / Wintrode, P. / Miethke, T. / Xiao, T.S.
履歴
登録2013年7月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月9日Group: Database references
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Toll/interleukin-1 receptor domain-containing adapter protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1002
ポリマ－16,0081
非ポリマー921
水1,06359
1
A: Toll/interleukin-1 receptor domain-containing adapter protein
ヘテロ分子

A: Toll/interleukin-1 receptor domain-containing adapter protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2014
ポリマ－32,0172
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area1770 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area13420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.570, 87.570, 80.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Toll/interleukin-1 receptor domain-containing adapter protein / TIR domain-containing adapter protein / Adaptor protein Wyatt / MyD88 adapter-like protein / MyD88-2


分子量: 16008.291 Da / 分子数: 1 / 断片: TIRAP TIR domain (UNP residues 81-221) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TIRAP, MAL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P58753
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.53 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 5%MPD,100mM Ches pH 9.0, 100mM NaCl and 24% glycerol cryo, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→10.96 Å / Num. obs: 12002 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHELXS位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.451→10.96 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2182 572 4.77 %random
Rwork0.2073 ---
obs0.2079 11998 99.83 %-
all-12002 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.451→10.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数980 0 6 59 1045
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061012
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9781366
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.426375
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.034148
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007175
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4505-2.69710.29541410.26872786X-RAY DIFFRACTION100
2.6971-3.08720.23571410.24672803X-RAY DIFFRACTION100
3.0872-3.8890.24051480.20382839X-RAY DIFFRACTION100
3.889-39.16750.17961420.18292998X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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