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- PDB-5vx2: Mcl-1 in complex with Bim-h3Pc-RT -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vx2
タイトルMcl-1 in complex with Bim-h3Pc-RT
要素
  • Bcl-2-like protein 11
  • Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 homolog,Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 chimera
キーワードAPOPTOSIS / Bcl-2 Family / Pro-surivial
機能・相同性
機能・相同性情報


BIM-BCL-xl complex / BIM-BCL-2 complex / regulation of developmental pigmentation / RUNX3 regulates BCL2L11 (BIM) transcription / positive regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / positive regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / Activation of BIM and translocation to mitochondria / developmental pigmentation / positive regulation of fibroblast apoptotic process / apoptotic process involved in embryonic digit morphogenesis ...BIM-BCL-xl complex / BIM-BCL-2 complex / regulation of developmental pigmentation / RUNX3 regulates BCL2L11 (BIM) transcription / positive regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / positive regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / Activation of BIM and translocation to mitochondria / developmental pigmentation / positive regulation of fibroblast apoptotic process / apoptotic process involved in embryonic digit morphogenesis / ear development / positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / cell fate determination / meiosis I / regulation of organ growth / positive regulation of T cell apoptotic process / tube formation / mammary gland development / cellular homeostasis / mitochondrial fusion / Bcl-2 family protein complex / myeloid cell homeostasis / cellular response to glucocorticoid stimulus / NRAGE signals death through JNK / thymocyte apoptotic process / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / FOXO-mediated transcription of cell death genes / positive regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / odontogenesis of dentin-containing tooth / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / apoptotic mitochondrial changes / T cell homeostasis / B cell homeostasis / BH3 domain binding / negative regulation of anoikis / protein transmembrane transporter activity / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / spleen development / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of cell cycle / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / response to cytokine / endomembrane system / FLT3 Signaling / negative regulation of autophagy / release of cytochrome c from mitochondria / thymus development / response to endoplasmic reticulum stress / cell-matrix adhesion / post-embryonic development / kidney development / positive regulation of protein-containing complex assembly / male gonad development / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / positive regulation of neuron apoptotic process / channel activity / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / regulation of apoptotic process / spermatogenesis / microtubule binding / in utero embryonic development / mitochondrial outer membrane / cell differentiation / positive regulation of apoptotic process / mitochondrial matrix / protein heterodimerization activity / apoptotic process / DNA damage response / protein kinase binding / negative regulation of apoptotic process / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Apoptosis, Bim N-terminal / Bcl-2-like protein 11 / : / Bim protein N-terminus / Bcl-x interacting, BH3 domain / Bcl-x interacting, BH3 domain / Apoptosis regulator, Mcl-1 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site ...Apoptosis, Bim N-terminal / Bcl-2-like protein 11 / : / Bim protein N-terminus / Bcl-x interacting, BH3 domain / Bcl-x interacting, BH3 domain / Apoptosis regulator, Mcl-1 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Bcl-2-like protein 11 / Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 homolog / Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.851 Å
データ登録者Cowan, A.D. / Brouwer, J.M. / Colman, P.M. / Czabotar, P.E.
資金援助 オーストラリア, 3件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1079706 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1058331 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1113133 オーストラリア
引用ジャーナル: Mol. Cell / 年: 2017
タイトル: Conversion of Bim-BH3 from Activator to Inhibitor of Bak through Structure-Based Design.
著者: Brouwer, J.M. / Lan, P. / Cowan, A.D. / Bernardini, J.P. / Birkinshaw, R.W. / van Delft, M.F. / Sleebs, B.E. / Robin, A.Y. / Wardak, A. / Tan, I.K. / Reljic, B. / Lee, E.F. / Fairlie, W.D. / ...著者: Brouwer, J.M. / Lan, P. / Cowan, A.D. / Bernardini, J.P. / Birkinshaw, R.W. / van Delft, M.F. / Sleebs, B.E. / Robin, A.Y. / Wardak, A. / Tan, I.K. / Reljic, B. / Lee, E.F. / Fairlie, W.D. / Call, M.J. / Smith, B.J. / Dewson, G. / Lessene, G. / Colman, P.M. / Czabotar, P.E.
履歴
登録2017年5月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 homolog,Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 chimera
B: Bcl-2-like protein 11
C: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 homolog,Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 chimera
D: Bcl-2-like protein 11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,1257
ポリマ－42,9384
非ポリマー1863
水3,801211
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.031, 66.157, 76.673
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.02, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 homolog,Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 chimera / Bcl-2-related protein EAT/mcl1 / Bcl-2-like protein 3 / Bcl2-L-3 / Bcl-2-related protein EAT/mcl1 / mcl1/EAT


分子量: 18227.592 Da / 分子数: 2
断片: UNP P97287 residues 152-189, UNP Q07820 residues 209-327
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: Mcl1, MCL1, BCL2L3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P97287, UniProt: Q07820
#2: タンパク質・ペプチド Bcl-2-like protein 11 / Bcl2-L-11 / Bcl2-interacting mediator of cell death


分子量: 3241.641 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 141-166 / Mutation: W147R, Y163T / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43521
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.7 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 20 % PEG 3000, 100 mM trisodium citrate buffered with citric acid pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.851→32.25 Å / Num. obs: 34486 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.7 % / Net I/σ(I): 15.79

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
XDSdata processing
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.851→32.25 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.58
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2104 1998 5.8 %
Rwork0.1693 --
obs0.1717 34460 99.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.851→32.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2827 0 12 211 3050
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062959
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7613985
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.9141798
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046431
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.014526
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.851-1.89730.36541380.3212227X-RAY DIFFRACTION96
1.8973-1.94860.27291450.26312308X-RAY DIFFRACTION100
1.9486-2.00590.28621470.23352342X-RAY DIFFRACTION100
2.0059-2.07060.28191400.20812298X-RAY DIFFRACTION100
2.0706-2.14460.23771440.19182302X-RAY DIFFRACTION100
2.1446-2.23050.23981470.17752338X-RAY DIFFRACTION100
2.2305-2.3320.22591390.17562321X-RAY DIFFRACTION100
2.332-2.45490.23941440.18422335X-RAY DIFFRACTION100
2.4549-2.60860.21831420.18232336X-RAY DIFFRACTION100
2.6086-2.80990.23781470.18372326X-RAY DIFFRACTION100
2.8099-3.09250.22141390.18512331X-RAY DIFFRACTION100
3.0925-3.53950.20121410.16262335X-RAY DIFFRACTION100
3.5395-4.45750.18421490.13572337X-RAY DIFFRACTION100
4.4575-32.3160.171360.14972326X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.0412-5.0899-4.1796.245.08484.2437-0.4094-0.2204-0.03140.62230.3624-0.09990.56880.17160.13120.32890.01060.01910.29130.02160.2294-5.9556-13.863131.3235
22.4158-1.75612.00462.2214-3.00594.25370.15630.509-0.3328-0.1243-0.1185-0.58650.530.1679-0.10870.58620.01720.02570.4738-0.06220.4335-2.9763-12.829939.5648
34.5982-2.91092.22057.1366-2.37857.7405-0.3733-0.37990.09420.44170.2225-0.1303-0.78480.06530.16670.2618-0.04970.00820.2783-0.02770.2086-5.9016-0.982426.0395
42.393-0.4093-1.73386.5410.89418.01180.0558-0.3234-0.4490.3718-0.13751.1410.4522-0.6140.08280.4602-0.12970.06020.39490.02720.4411-14.7529-11.002916.1346
56.9759-1.0278-3.70093.79031.30996.85480.0722-0.0730.4033-0.12580.2412-0.0067-0.38370.1087-0.30260.2705-0.0528-0.01980.1920.0230.2163-7.4067-5.255422.4915
65.1867-5.3187-4.99155.58694.67057.2704-0.2924-0.1166-1.09370.0002-0.11970.84190.2122-0.43340.4070.3666-0.03430.01290.35590.00760.382-12.5904-14.285625.1817
75.77081.45730.28587.9330.54827.8426-0.2785-0.2950.0005-0.06740.1839-1.11510.10860.98870.07680.1817-0.0357-0.00120.3793-0.05330.39547.5458-11.429823.1779
89.5355-1.06010.96283.13260.56213.7171-0.3210.21670.2585-0.50970.2566-0.2823-0.63690.35640.20570.3851-0.10810.03240.2779-0.00060.26-3.9245-1.063813.2024
92.98331.77762.35964.10915.0676.4803-0.20250.31060.0539-1.04190.5653-0.3212-0.77730.4098-0.34770.5309-0.04640.09260.36430.01230.26980.333828.75196.7023
106.95-0.31381.53352.8134-2.22317.09320.1662-0.94171.10381.40670.19370.4232-0.10490.0111-0.23070.78160.03170.16720.6199-0.19170.41835.860826.44070.0458
117.83582.678-1.18946.07750.31524.5422-0.31350.3677-0.4339-0.45210.2707-0.47780.35720.44720.10370.32610.07940.03590.30640.0020.2113-1.512116.178711.2026
123.75651.0832-1.0453.11883.21017.4673-0.13130.23710.1793-0.43470.02790.1632-0.311-0.26980.14040.32330.046-0.00280.18160.0510.2369-10.018922.847614.6561
138.25895.29355.64048.39395.05114.269-0.20880.1380.7263-0.7634-0.29950.3823-0.8781-0.67930.49970.48870.06630.04310.3654-0.0030.3292-8.723929.44758.93
147.0381-4.027-4.58017.36593.18037.41160.1597-0.022-0.0355-0.05740.3827-0.9753-0.23921.3876-0.46420.24780.079-0.02950.5161-0.13560.39477.763727.013920.4625
158.4319-0.09451.92386.58620.01828.43760.0714-0.3397-0.20950.23850.08380.09050.6836-0.0043-0.12210.3820.10130.02030.17540.01890.1805-8.100416.399523.4705
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 172 through 191 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 192 through 204 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 205 through 235 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 236 through 256 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 257 through 280 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 281 through 301 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 302 through 322 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 53 through 75 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 172 through 191 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 192 through 202 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 203 through 235 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 236 through 280 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 281 through 301 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 302 through 321 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 51 through 75 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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