PDB-5vwr: E.coli Aspartate aminotransferase-(1R,3S,4S)-3-amino-4-fluorocycl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5vwr

タイトル

E.coli Aspartate aminotransferase-(1R,3S,4S)-3-amino-4-fluorocyclopentane-1-carboxylic acid (FCP)-alpha-ketoglutarate

要素

Aspartate aminotransferase

キーワード

TRANSFERASE / aspartate aminotransferase / Mechanism-based inactivator / ketimine / (1R / 3S / 4S)-3-amino-4-fluorocyclopentane-1-carboxylic acid (FCP) / alpha-ketoglutarate

機能・相同性

機能・相同性情報

L-phenylalanine biosynthetic process / L-phenylalanine biosynthetic process from chorismate via phenylpyruvate / L-tyrosine-2-oxoglutarate transaminase activity / aspartate catabolic process / aspartate transaminase / L-aspartate:2-oxoglutarate aminotransferase activity / pyridoxal phosphate binding / protein homodimerization activity / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.72 Å

データ登録者

Mascarenhas, R. / Liu, D. / Le, H. / Silverman, R.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2017
タイトル: Selective Targeting by a Mechanism-Based Inactivator against Pyridoxal 5'-Phosphate-Dependent Enzymes: Mechanisms of Inactivation and Alternative Turnover.
著者: Mascarenhas, R. / Le, H.V. / Clevenger, K.D. / Lehrer, H.J. / Ringe, D. / Kelleher, N.L. / Silverman, R.B. / Liu, D.

履歴

登録	2017年5月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年9月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月20日	Group: Database references / Refinement description / カテゴリ: citation / software / Item: _citation.title
改定 1.2	2017年10月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb5vwr.ent.gz	139.7 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5vwr_validation.pdf.gz	815.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5vwr_full_validation.pdf.gz	818 KB	表示
XML形式データ	5vwr_validation.xml.gz	20.7 KB	表示
CIF形式データ	5vwr_validation.cif.gz	31.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vw/5vwr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vw/5vwr	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5vwoC 5vwqC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1ars-1 1asa-1 1ivr-1 1toj-1 2d65-1 1aia-d 1map-1 1czc-1 1ari-d 1tok-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Aspartate aminotransferase

ヘテロ分子

44.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Aspartate aminotransferase

ヘテロ分子

A: Aspartate aminotransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
88.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.400, 155.521, 77.409
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-791- HOH
2	1	A-794- HOH
3	1	A-882- HOH

#1: タンパク質	Aspartate aminotransferase / AspAT / Transaminase A 分子量: 43619.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: aspC, b0928, JW0911 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00509, aspartate transaminase
#2: 化合物	ChemComp-PL6 / (E)-N-({3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methylidene)-L-glutamic acid 分子量: 376.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₇N₂O₉P
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 366 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.76 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 25 mM potassium phosphate, 43% saturated ammonium sulfate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 273 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.98 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月25日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.98 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.72→50 Å / Num. obs: 55946 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.052 / R_pim(I) all: 0.027 / R_rim(I) all: 0.056 / Χ²: 0.873 / Net I/σ(I): 10.9 / Num. measured all: 240049

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	CC_1/2	R_pim(I) all	Χ²	% possible all	R_rim(I) all
1.72-1.75	4	0.997	0.701	0.53	0.802	99.5
1.75-1.78	4.2	0.89	0.801	0.453	0.813	99.5
1.78-1.82	4.3	0.786	0.857	0.395	0.845	99.6	0.883
1.82-1.85	4.3	0.663	0.882	0.332	0.833	99.5	0.744
1.85-1.89	4.3	0.542	0.92	0.27	0.833	99.6	0.608
1.89-1.94	4.3	0.44	0.949	0.219	0.889	99.7	0.493
1.94-1.99	4.3	0.345	0.961	0.172	0.888	99.8	0.387
1.99-2.04	4.3	0.265	0.973	0.133	0.913	99.9	0.298
2.04-2.1	4.4	0.206	0.981	0.103	0.922	99.9	0.231
2.1-2.17	4.3	0.165	0.983	0.083	0.946	100	0.185
2.17-2.24	4.3	0.132	0.986	0.068	1.047	100	0.149
2.24-2.33	4.4	0.112	0.989	0.057	1.078	100	0.126
2.33-2.44	4.4	0.09	0.993	0.046	0.995	100	0.101
2.44-2.57	4.3	0.074	0.995	0.038	0.937	100	0.083
2.57-2.73	4.3	0.062	0.993	0.032	0.907	100	0.07
2.73-2.94	4.3	0.052	0.994	0.027	0.924	100	0.059
2.94-3.24	4.3	0.045	0.992	0.024	0.94	99.9	0.051
3.24-3.71	4.3	0.036	0.995	0.019	0.93	100	0.041
3.71-4.67	4.2	0.025	0.997	0.013	0.544	99.9	0.028
4.67-50	4	0.022	0.998	0.012	0.436	96.6	0.025

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

解像度: 1.72→34.744 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.87

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1904	2043	3.79 %
R_work	0.1669	-	-
obs	0.1678	53898	49.13 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 77.76 Å² / B_iso mean: 25.2882 Å² / B_iso min: 7.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.72→34.744 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3056	0	55	366	3477
B_iso mean	-	-	35.92	38.87	-
残基数	-	-	-	-	396

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3224
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.138	4372
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	479
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	573
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.287	1194

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.72-1.7322	0.3267	75	0.221	1825	1900	26
1.7322-1.7755	0.2764	101	0.2	2626	2727	38
1.7755-1.8235	0.206	117	0.1915	3089	3206	44
1.8235-1.8771	0.2017	152	0.1876	3482	3634	49
1.8771-1.9377	0.2241	130	0.1826	3592	3722	51
1.9377-2.007	0.2055	145	0.1779	3625	3770	51
2.007-2.0873	0.2218	139	0.1638	3625	3764	52
2.0873-2.1823	0.1925	147	0.1653	3626	3773	52
2.1823-2.2973	0.1888	150	0.1598	3629	3779	52
2.2973-2.4412	0.1865	142	0.1665	3669	3811	52
2.4412-2.6297	0.2028	143	0.1696	3630	3773	52
2.6297-2.8942	0.1629	139	0.1634	3677	3816	52
2.8942-3.3127	0.1761	153	0.1665	3691	3844	53
3.3127-4.1725	0.1649	149	0.1449	3838	3987	54
4.1725-34.7512	0.1934	161	0.1726	4231	4392	60

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0812	-0.0533	-0.0367	0.0126	0.0063	0.0104	-0.0185	-0.0782	-0.0298	0.0696	0.1337	-0.0375	-0.1018	0.1424	0	0.2128	0.0052	0.0358	0.211	-0.0186	0.2043	-20.5988	-26.2117	15.0881
2	0.4914	-0.0812	-0.1352	0.1957	0.1143	0.3269	0.0431	0.124	0.1056	-0.0177	-0.0009	0.0464	-0.0246	-0.0739	0.0044	0.0876	0.0066	-0.0057	0.0989	0.0251	0.129	-47.8322	-17.5028	10.0705
3	0.1744	-0.1647	-0.0601	0.1663	0.0646	0.0379	-0.0304	0.1565	-0.2353	-0.083	-0.0371	-0.097	0.1911	0.007	-0.0017	0.2021	-0.0042	0.0348	0.1728	-0.0518	0.1441	-37.8428	-38.6055	-1.5319
4	0.9425	-0.159	-0.1971	0.4592	-0.0642	0.1008	0.0366	0.2576	0.0311	-0.0418	-0.0321	0.0738	0.0394	-0.1038	0.0296	0.0896	-0.0149	-0.0207	0.1428	0.0066	0.0643	-47.5748	-25.5657	2.5304
5	0.3347	0.4147	0.0157	0.5942	0.3028	0.556	0.1351	0.2613	0.1411	-0.2688	0.1259	-0.2119	-0.0088	0.0445	0.2742	0.1313	0.0023	0.0699	0.1369	0.0072	0.1026	-23.7624	-17.3198	-5.0007

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 13 through 44 )	A	13 - 44
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 45 through 129 )	A	45 - 129
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 130 through 190 )	A	130 - 190
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 191 through 312 )	A	191 - 312
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 313 through 408 )	A	313 - 408

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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