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- PDB-1ivr: STRUCTURE OF ASPARTATE AMINOTRANSFERASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ivr
タイトルSTRUCTURE OF ASPARTATE AMINOTRANSFERASE
要素ASPARTATE AMINOTRANSFERASE
キーワードAMINOTRANSFERASE / ASPARTATE AMINOTRANSFERASE / ERYTHRO-BETA-HYDROXYASPARTATE / CARBINOLAMINE
機能・相同性
機能・相同性情報


Amino acid metabolism / Gluconeogenesis / L-aspartate catabolic process / kynurenine-oxoglutarate transaminase / kynurenine-oxoglutarate transaminase activity / aspartate metabolic process / glutamate metabolic process / aspartate transaminase / L-aspartate:2-oxoglutarate aminotransferase activity / 2-oxoglutarate metabolic process ...Amino acid metabolism / Gluconeogenesis / L-aspartate catabolic process / kynurenine-oxoglutarate transaminase / kynurenine-oxoglutarate transaminase activity / aspartate metabolic process / glutamate metabolic process / aspartate transaminase / L-aspartate:2-oxoglutarate aminotransferase activity / 2-oxoglutarate metabolic process / biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / mitochondrial matrix / protein homodimerization activity / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Aspartate/other aminotransferase / Aminotransferases, class-I, pyridoxal-phosphate-binding site / Aminotransferases class-I pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain ...Aspartate/other aminotransferase / Aminotransferases, class-I, pyridoxal-phosphate-binding site / Aminotransferases class-I pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CBA / Aspartate aminotransferase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Graf Von Stosch, A.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996
タイトル: Aspartate aminotransferase complexed with erythro-beta-hydroxyaspartate: crystallographic and spectroscopic identification of the carbinolamine intermediate.
著者: von Stosch, A.G.
#1: ジャーナル: Biological Macromolecules and Assemblies / 年: 1987
タイトル: Structural Basis for Catalysis by Aspartate Aminotransferase
著者: Jansonius, J.N. / Vincent, M.G.
履歴
登録1996年10月11日処理サイト: BNL
改定 1.01997年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32018年4月18日Group: Data collection / Other / カテゴリ: diffrn_detector / pdbx_database_status
Item: _diffrn_detector.detector / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.52019年8月14日Group: Data collection / カテゴリ: computing
改定 1.62024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ASPARTATE AMINOTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3892
ポリマ－44,9921
非ポリマー3961
水5,531307
1
A: ASPARTATE AMINOTRANSFERASE
ヘテロ分子

A: ASPARTATE AMINOTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,7774
ポリマ－89,9852
非ポリマー7922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area8640 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area29430 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)69.700, 91.400, 128.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT CONTAINS A DIMER. THIS ENTRY CONTAINS ONLY ONE HALF OF THE ASYMMETRIC UNIT.

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要素

#1: タンパク質 ASPARTATE AMINOTRANSFERASE


分子量: 44992.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA / 発現宿主: unidentified (未定義) / 参照: UniProt: P00508, aspartate transaminase
#2: 化合物 ChemComp-CBA / N-PYRIDOXYL-2,3-DIHYDROXYASPARTIC ACID-5-MONOPHOSPHATE


分子量: 396.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H17N2O11P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 307 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細THE ERYTHRO-BETA-HYDROXYASPARTATE MOLECULE THAT IS BOUND TO THE ACTIVE SITES A AND B HAS BEEN ...THE ERYTHRO-BETA-HYDROXYASPARTATE MOLECULE THAT IS BOUND TO THE ACTIVE SITES A AND B HAS BEEN INCLUDED IN THE MODEL.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.9 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
15 mg/mlprotein1drop
250 mMmaleate1drop
310 mMsodium phosphate1drop
48.5-9.5 %(w/v)PEG40001drop
50.04 Msodium chloride1drop
617-19 %(w/v)PEG40001reservoir
70.75 Msodium chloride1reservoir
820 mMsodium phosphate1reservoir

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データ収集

検出器タイプ: ENRAF-NONIUS FAST / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1991年6月30日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射Rmerge(I) obs: 0.081

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解析

ソフトウェア
名称分類
TNT精密化
PROLSQ精密化
精密化解像度: 2.4→10 Å / σ(F): 1
詳細: PROLSQ (KONNERT,HENDRICKSON) ALSO WAS USED. ATOMS OF SIDE CHAINS THAT ARE NOT WELL DEFINED BY THE ELECTRON DENSITY HAVE BEEN ASSIGNED AN OCCUPANCY OF 0.0. ATOMS OF SIDE CHAINS THAT ARE NOT ...詳細: PROLSQ (KONNERT,HENDRICKSON) ALSO WAS USED. ATOMS OF SIDE CHAINS THAT ARE NOT WELL DEFINED BY THE ELECTRON DENSITY HAVE BEEN ASSIGNED AN OCCUPANCY OF 0.0. ATOMS OF SIDE CHAINS THAT ARE NOT WELL DEFINED BY THE ELECTRON DENSITY HAVE BEEN ASSIGNED AN OCCUPANCY OF 0.0. AS SHOWN BY MCPHALIN ET AL. J. MOL. BIOL. 225, 495-517, 1992, RESIDUES SER 104, SER 123, TYR 255, AND SER 288 LIE WITHIN DISTORTED REGIONS.
Rfactor反射数
Rwork0.153 -
obs-13631
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3161 0 26 307 3494
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.024
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3.2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.016
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.153
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal targetDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONt_planar_d0.050.078
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr0.020.016

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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