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Yorodumi- PDB-4f5f: Structure of Aspartate Aminotransferase Conversion to Tyrosine Am... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4f5f | ||||||
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Title | Structure of Aspartate Aminotransferase Conversion to Tyrosine Aminotransferase: Chimera P1. | ||||||
Components | Aspartate aminotransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Aminotransferase | ||||||
Function / homology | Function and homology information L-phenylalanine biosynthetic process / L-phenylalanine biosynthetic process from chorismate via phenylpyruvate / L-tyrosine-2-oxoglutarate transaminase activity / aspartate catabolic process / aspartate transaminase / L-aspartate:2-oxoglutarate aminotransferase activity / pyridoxal phosphate binding / protein homodimerization activity / identical protein binding / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.25 Å | ||||||
Authors | Addington, T.A. / Fisher, A.J. / Toney, M.D. | ||||||
Citation | Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2013 Title: Janus: prediction and ranking of mutations required for functional interconversion of enzymes. Authors: Addington, T.A. / Mertz, R.W. / Siegel, J.B. / Thompson, J.M. / Fisher, A.J. / Filkov, V. / Fleischman, N.M. / Suen, A.A. / Zhang, C. / Toney, M.D. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4f5f.cif.gz | 322.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4f5f.ent.gz | 273.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4f5f.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4f5f_validation.pdf.gz | 437.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4f5f_full_validation.pdf.gz | 445.2 KB | Display | |
Data in XML | 4f5f_validation.xml.gz | 36.7 KB | Display | |
Data in CIF | 4f5f_validation.cif.gz | 55.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/4f5f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/4f5f | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4f5gC 4f5hC 4f5iC 4f5jC 4f5kC 4f5mC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 44900.461 Da / Num. of mol.: 2 Mutation: I39V, N40D, I43V, N74T, I78L, I81L, T114S, A120G, S145A, V146I, F220I, A228G, V385I Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Strain: K12 / Gene: AAT, aspC, b0928, JW0911 / Plasmid: pET45b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: P00509, aspartate transaminase #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.41 Å3/Da / Density % sol: 49.03 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5 Details: 8% PEG 4000, 0.1 M Sodium Acetate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 85 K |
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU RU300 / Wavelength: 1.54 Å |
Detector | Type: BRUKER SMART 6000 / Detector: CCD / Date: Aug 18, 2010 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: Osmic Mirrors / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.54 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.25→57.703 Å / Num. all: 42133 / Num. obs: 41556 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4.91 % / Biso Wilson estimate: 25.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.0869 / Rsym value: 0.0869 / Net I/σ(I): 12.83 |
Reflection shell | Resolution: 2.25→2.34 Å / Redundancy: 2.35 % / Rmerge(I) obs: 0.3248 / Mean I/σ(I) obs: 2.53 / Num. unique all: 4018 / Rsym value: 0.3248 / % possible all: 87.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.25→57.703 Å / SU ML: 0.59 / σ(F): 1.34 / Phase error: 19.06 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.95 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 35.441 Å2 / ksol: 0.335 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refine analyze | Luzzati sigma a obs: 0.59 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.25→57.703 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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