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- PDB-5vw1: Crystal structure of SpyCas9-sgRNA-AcrIIA4 ternary complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vw1
タイトルCrystal structure of SpyCas9-sgRNA-AcrIIA4 ternary complex
要素
  • CRISPR-associated endonuclease Cas9/Csn1
  • anti-CRISPR protein AcrIIA4
  • sgRNA
キーワードHYDROLASE / Type II CRISPR-Cas endonculease: Cas9: Structure: Endonuclease: anti-CRISPR protein: Inhibition of Cas9: RuvC catalytic pocket: Sequence-specific PAM recognition: Genome editing tool
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of CRISPR repeat elements / 3'-5' exonuclease activity / DNA endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
CRISPR-associated endonuclease Cas9, bridge helix / Bridge helix of CRISPR-associated endonuclease Cas9 / CRISPR-associated endonuclease Cas9, PAM-interacting domain / CRISPR-associated endonuclease Cas9, REC lobe / REC lobe of CRISPR-associated endonuclease Cas9 / PAM-interacting domain of CRISPR-associated endonuclease Cas9 / : / Cas9 RuvC domain / HNH endonuclease / CRISPR-associated endonuclease Cas9 ...CRISPR-associated endonuclease Cas9, bridge helix / Bridge helix of CRISPR-associated endonuclease Cas9 / CRISPR-associated endonuclease Cas9, PAM-interacting domain / CRISPR-associated endonuclease Cas9, REC lobe / REC lobe of CRISPR-associated endonuclease Cas9 / PAM-interacting domain of CRISPR-associated endonuclease Cas9 / : / Cas9 RuvC domain / HNH endonuclease / CRISPR-associated endonuclease Cas9 / Cas9-type HNH domain / Cas9-type HNH domain profile. / HNH nuclease / Ribonuclease H superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / RNA / RNA (> 10) / AcrIIA4 family anti-CRISPR protein / CRISPR-associated endonuclease Cas9/Csn1
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pyogenes serotype M1 (化膿レンサ球菌)
Listeria monocytogenes serotype 4a
Listeria monocytogenes (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.598 Å
データ登録者Yang, H. / Patel, D.J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM104962 米国
Memorial Sloan Kettering Cancer Center Core GrantP30CA008748 米国
引用ジャーナル: Mol. Cell / 年: 2017
タイトル: Inhibition Mechanism of an Anti-CRISPR Suppressor AcrIIA4 Targeting SpyCas9.
著者: Yang, H. / Patel, D.J.
履歴
登録2017年5月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CRISPR-associated endonuclease Cas9/Csn1
C: sgRNA
B: anti-CRISPR protein AcrIIA4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)197,1469
ポリマ－196,4593
非ポリマー6876
水3,423190
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16090 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area73910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.194, 101.242, 303.563
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 CRISPR-associated endonuclease Cas9/Csn1 / SpCas9 / SpyCas9


分子量: 158732.891 Da / 分子数: 1 / 変異: D10A/H840A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes serotype M1 (化膿レンサ球菌)
遺伝子: cas9, csn1, SPy_1046 / プラスミド: pRSFDuet-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q99ZW2, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#3: タンパク質 anti-CRISPR protein AcrIIA4


分子量: 10326.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria monocytogenes serotype 4a (strain M7) (バクテリア)
株: M7 / 遺伝子: LMM7_0114 / プラスミド: pRSF-Duet-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0E0UT28

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RNA鎖 , 1種, 1分子 C

#2: RNA鎖 sgRNA


分子量: 27400.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: sgRNA was prepared by in vitro transcription / 由来: (合成) Listeria monocytogenes (バクテリア)

-
非ポリマー , 5種, 196分子

#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細hypothetical protein LMOG_02993 [Listeria monocytogenes J0161] GenBank: AEO04689.1

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.66 % / Mosaicity: 0.305 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.2 / 詳細: 0.1 M HEPES (pH 7.5), and 15% PEG3350 (v/v)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月23日 / 詳細: LR-Design detector positioner
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.598→50 Å / Num. obs: 65656 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 48.71 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.104 / Χ2: 0.875 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.6-2.693.40.4970.8050.2760.5740.60372.1
2.69-2.83.70.4280.8440.2340.4910.61685.8
2.8-2.933.90.380.8890.2090.4370.62395.6
2.93-3.084.20.3240.9290.1740.370.65898.9
3.08-3.283.90.2260.9620.1250.260.72598.3
3.28-3.534.70.1450.9870.0730.1630.82199.7
3.53-3.884.80.10.9930.050.1120.95999.4
3.88-4.454.60.0690.9960.0350.0781.0298.9
4.45-5.64.60.0550.9970.0280.0621.07298.5
5.6-504.80.0420.9990.0210.0481.25997.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ZT0

4zt0


解像度: 2.598→48.021 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2261 3300 5.03 %
Rwork0.1781 --
obs0.1805 65587 94.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.598→48.021 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11613 1562 45 190 13410
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00913603
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.05318684
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.4635355
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0642146
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052128
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5979-2.6350.3474940.28291514X-RAY DIFFRACTION57
2.635-2.67440.3333980.27122004X-RAY DIFFRACTION73
2.6744-2.71620.33611010.25552184X-RAY DIFFRACTION81
2.7162-2.76070.31461160.25932359X-RAY DIFFRACTION85
2.7607-2.80830.29141220.24882461X-RAY DIFFRACTION91
2.8083-2.85930.33591340.2452557X-RAY DIFFRACTION94
2.8593-2.91430.32651520.24982618X-RAY DIFFRACTION97
2.9143-2.97380.30531440.2362714X-RAY DIFFRACTION99
2.9738-3.03850.25921250.2332717X-RAY DIFFRACTION99
3.0385-3.10910.30491440.22412690X-RAY DIFFRACTION99
3.1091-3.18690.26361430.21942707X-RAY DIFFRACTION99
3.1869-3.2730.25221470.21622678X-RAY DIFFRACTION98
3.273-3.36930.23441440.20792714X-RAY DIFFRACTION100
3.3693-3.4780.26911360.19442739X-RAY DIFFRACTION100
3.478-3.60230.24641490.18242743X-RAY DIFFRACTION100
3.6023-3.74650.2581400.16722733X-RAY DIFFRACTION100
3.7465-3.91690.19121470.15882726X-RAY DIFFRACTION99
3.9169-4.12330.20641620.16012715X-RAY DIFFRACTION99
4.1233-4.38150.19971340.14342750X-RAY DIFFRACTION99
4.3815-4.71950.18191460.13822729X-RAY DIFFRACTION98
4.7195-5.19390.18851560.13722753X-RAY DIFFRACTION98
5.1939-5.94430.21121510.15842797X-RAY DIFFRACTION100
5.9443-7.48470.20121520.1692800X-RAY DIFFRACTION99
7.4847-48.02890.15941630.14042885X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -22.2824 Å / Origin y: -27.0876 Å / Origin z: 42.5557 Å
111213212223313233
T0.4521 Å2-0.0135 Å20.0253 Å2-0.2385 Å20.0128 Å2--0.284 Å2
L0.4085 °2-0.1538 °20.1809 °2-0.9566 °20.1396 °2--0.4267 °2
S-0.0017 Å °-0.0649 Å °0.0053 Å °-0.0025 Å °-0.0265 Å °0.0271 Å °-0.0167 Å °-0.0668 Å °0.028 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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