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Yorodumi- PDB-5vu3: Crystal structure of the competence-damaged protein (CinA) superf... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5vu3 | ||||||
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Title | Crystal structure of the competence-damaged protein (CinA) superfamily protein ECL_02051 from Enterobacter cloacae | ||||||
Components | Competence damage-inducible protein A | ||||||
Keywords | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / OUTER MEMBRANE BIOGENESIS / CSGID / NIAID / NATIONAL INSTITUTE OF ALLERGY AND INFECTIOUS DISEASE / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases | ||||||
Function / homology | Function and homology information CinA-like / CinA, C-terminal / CinA-like, C-terminal / : / Competence-damaged protein / Maf protein / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta Similarity search - Domain/homology | ||||||
Biological species | Enterobacter cloacae subsp. cloacae (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.868 Å | ||||||
Authors | Stogios, P.J. / Skarina, T. / McChesney, C. / Sandoval, J. / Di Leo, R. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structure of the competence-damaged protein (CinA) superfamily protein ECL_02051 from Enterobacter cloacae Authors: Stogios, P.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5vu3.cif.gz | 547.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5vu3.ent.gz | 456.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5vu3.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5vu3_validation.pdf.gz | 499.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5vu3_full_validation.pdf.gz | 506.7 KB | Display | |
Data in XML | 5vu3_validation.xml.gz | 68.4 KB | Display | |
Data in CIF | 5vu3_validation.cif.gz | 101.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vu/5vu3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vu/5vu3 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5kvkS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 17805.939 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Enterobacter cloacae subsp. cloacae (strain ATCC 13047 / DSM 30054 / NBRC 13535 / NCDC 279-56) (bacteria) Strain: ATCC 13047 / DSM 30054 / NBRC 13535 / NCDC 279-56 / Gene: cinA, ECL_02051 / Plasmid: pMCSG53 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: A0A0H3CM13 #2: Chemical | ChemComp-ACT / | #3: Chemical | ChemComp-PG4 / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.03 Å3/Da / Density % sol: 39.52 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5 Details: PEG 2K MME, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate pH 4.6, 10 mM nicotinamide mononucleotide |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU MICROMAX-007 HF / Wavelength: 1.5418 Å |
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV++ / Detector: IMAGE PLATE / Date: Feb 28, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.87→30 Å / Num. obs: 96710 / % possible obs: 93 % / Redundancy: 2.7 % / Rpim(I) all: 0.04 / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 26.33 |
Reflection shell | Resolution: 1.87→1.9 Å / Redundancy: 2.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.63 / Num. unique obs: 4175 / CC1/2: 0.668 / Rpim(I) all: 0.379 / Rsym value: 0.486 / % possible all: 90.4 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5kvk Resolution: 1.868→29.867 Å / SU ML: 0.19 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / Phase error: 20.76 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.868→29.867 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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