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- PDB-2ccz: Crystal structure of E. coli primosomol protein PriB bound to ssDNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ccz
タイトルCrystal structure of E. coli primosomol protein PriB bound to ssDNA
要素
  • 5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP *TP*TP*TP*TP*T)-3'
  • PRIMOSOMAL REPLICATION PROTEIN N
キーワードDNA/REPLICATION / PRIMOSOME / PRIB / DNA REPLICATION / DNA REPAIR / DNA RECOMBINATION / SSDNA / SINGLE-STRANDED DNA / DNA-PROTEIN COMPLEX / DNA-REPLICATION complex
機能・相同性
機能・相同性情報


pre-primosome complex / DnaB-DnaC-DnaT-PriA-PriB complex / plasmid maintenance / primosome complex / DNA replication, synthesis of primer / replication fork processing / DNA replication initiation / response to radiation / single-stranded DNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Primosomal replication protein PriB / Another single-strand binding protein family / Single-strand binding protein family / Single-strand binding (SSB) domain profile. / Primosome PriB/single-strand DNA-binding / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Primosome protein PriB
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Huang, C.-Y. / Hsu, C.-H. / Wu, H.-N. / Sun, Y.-J. / Hsiao, C.-D.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2006
タイトル: Complexed Crystal Structure of Replication Restart Primsome Protein Prib Reveals a Novel Single-Stranded DNA-Binding Mode.
著者: Huang, C.-Y. / Hsu, C.-H. / Sun, Y.-J. / Wu, H.-N. / Hsiao, C.-D.
履歴
登録2006年1月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PRIMOSOMAL REPLICATION PROTEIN N
B: PRIMOSOMAL REPLICATION PROTEIN N
C: 5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP *TP*TP*TP*TP*T)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8893
ポリマ－31,8893
非ポリマー00
水2,144119
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)45.537, 51.148, 99.096
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 PRIMOSOMAL REPLICATION PROTEIN N / PRIB


分子量: 13685.733 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K12 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P07013
#2: DNA鎖 5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP *TP*TP*TP*TP*T)-3'


分子量: 4517.935 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLY 103 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, GLY 103 TO VAL
Has protein modificationY
配列の詳細THE RECOMBINANT FORM OF PRIB CONTAINS PARTIAL T7 TAG IN N- TERMINAL END, AND HIS TAG IN C-TERMINAL ...THE RECOMBINANT FORM OF PRIB CONTAINS PARTIAL T7 TAG IN N- TERMINAL END, AND HIS TAG IN C-TERMINAL END. GLY-103 IS REPLACED BY VAL.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 31 %
結晶化pH: 6.5 / 詳細: pH 6.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL17B2 / 波長: 1.12714
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年4月30日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DCM WITH SAGITTAL FOCUSING / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.12714 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→20 Å / Num. obs: 6773 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 44 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 30.34
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1V1Q

1v1q


解像度: 2.7→17.6 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Data cutoff high absF: 270117.32 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HIS-116 AND HIS-117 OF CHAIN A ARE INVISIBLE. 2. MET-6, ASP-5, HIS-115, HIS-116,HIS-117 OF CHAIN B ARE INVISIBLE. 3. THOSE SIDECHAINS LISTED AS FOLLOWS ARE DISORDERED CHAIN A MET-6, ASP-5, ...詳細: 1. HIS-116 AND HIS-117 OF CHAIN A ARE INVISIBLE. 2. MET-6, ASP-5, HIS-115, HIS-116,HIS-117 OF CHAIN B ARE INVISIBLE. 3. THOSE SIDECHAINS LISTED AS FOLLOWS ARE DISORDERED CHAIN A MET-6, ASP-5, LEU-1, LEU-16, SER-20, GLN-45, ASN-59, HIS-81, MET-90, ILE-97, ILE-100, ASP-101, LEU- 106, HIS-112, HIS-114, HIS-115. CHAIN B SER-2, LEU-1, ASN-3, ILE-24, GLU-39, ILE-62, LEU-87, ASP-101, LYS-105, LEU-110.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.284 664 10.8 %RANDOM
Rwork0.25 ---
obs0.25 6121 90.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 59.3093 Å2 / ksol: 0.241866 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 41 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.67 Å20 Å20 Å2
2---6.32 Å20 Å2
3----0.35 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.4 Å0.36 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.37 Å0.4 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→17.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1763 297 0 119 2179
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d30.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.47
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.331.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.292
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.512
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.312.5
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.035 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.337 91 10.7 %
Rwork0.336 760 -
obs--76.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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