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- PDB-5vtg: The structure of TamB963-1138 from Escherichia coli reveals a nov... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vtg
タイトルThe structure of TamB963-1138 from Escherichia coli reveals a novel hydrophobic Beta-taco fold
要素Translocation and assembly module subunit TamB
キーワードCHAPERONE (シャペロン) / Beta-sheet (Βシート) / Periplasm (ペリプラズム)
機能・相同性Translocation and assembly module TamB / TamB, inner membrane protein subunit of TAM complex / TAM protein secretion complex / protein localization to outer membrane / plasma membrane => GO:0005886 / protein secretion / Translocation and assembly module subunit TamB
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.859 Å
データ登録者Grinter, R. / Josts, I.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: The Structure of a Conserved Domain of TamB Reveals a Hydrophobic beta Taco Fold.
著者: Josts, I. / Stubenrauch, C.J. / Vadlamani, G. / Mosbahi, K. / Walker, D. / Lithgow, T. / Grinter, R.
履歴
登録2017年5月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22017年12月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Translocation and assembly module subunit TamB
B: Translocation and assembly module subunit TamB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,2372
ポリマ－40,2372
非ポリマー00
水2,360131
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1740 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area15820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.240, 57.240, 220.710
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Translocation and assembly module subunit TamB / Autotransporter assembly factor TamB


分子量: 20118.525 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 963-1138 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: tamB, ytfN, ytfO, b4221, JW4180 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P39321
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.09 % / 解説: Squat boxes with one square side and bowed edges
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M HEPES, 15%(v/v) PEG 400, 0.2 M CaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月18日
放射モノクロメーター: SILICON CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→49.57 Å / Num. obs: 35019 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 9.2 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rpim(I) all: 0.041 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 1.85→1.89 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 2.887 / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 2208 / CC1/2: 0.586 / Rpim(I) all: 1.324 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.859→49.571 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2507 1218 5.04 %
Rwork0.2078 --
obs0.21 24176 66.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.859→49.571 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2056 0 0 131 2187
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0112135
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3172909
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.5251525
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076329
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008394
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8586-1.9330.3925140.2138232X-RAY DIFFRACTION6
1.933-2.02090.1891320.1904721X-RAY DIFFRACTION19
2.0209-2.12750.2614710.21631429X-RAY DIFFRACTION37
2.1275-2.26080.2384860.25641945X-RAY DIFFRACTION68
2.2608-2.43530.2951840.24623347X-RAY DIFFRACTION99
2.4353-2.68040.30422350.23323812X-RAY DIFFRACTION100
2.6804-3.06820.28382150.21573835X-RAY DIFFRACTION100
3.0682-3.86540.25011620.18643728X-RAY DIFFRACTION94
3.8654-49.58890.21132190.19553909X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 28.715 Å / Origin y: -24.2539 Å / Origin z: 249.4874 Å
111213212223313233
T0.0509 Å2-0.0255 Å2-0.0058 Å2-0.2889 Å20.0073 Å2--0.1554 Å2
L0.79 °2-0.1127 °2-1.0488 °2-0.5602 °2-0.1192 °2--2.8054 °2
S0.0074 Å °-0.0262 Å °-0.0164 Å °-0.0591 Å °-0.0126 Å °-0.0193 Å °-0.0249 Å °-0.0547 Å °-0.0054 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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