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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5vtg | ||||||
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タイトル | The structure of TamB963-1138 from Escherichia coli reveals a novel hydrophobic Beta-taco fold | ||||||
要素 | Translocation and assembly module subunit TamB | ||||||
キーワード | CHAPERONE / Beta-sheet / Periplasm | ||||||
機能・相同性 | Translocation and assembly module TamB / TamB, inner membrane protein subunit of TAM complex / TAM protein secretion complex / protein localization to outer membrane / plasma membrane => GO:0005886 / protein secretion / Translocation and assembly module subunit TamB 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.859 Å | ||||||
データ登録者 | Grinter, R. / Josts, I. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2017 タイトル: The Structure of a Conserved Domain of TamB Reveals a Hydrophobic beta Taco Fold. 著者: Josts, I. / Stubenrauch, C.J. / Vadlamani, G. / Mosbahi, K. / Walker, D. / Lithgow, T. / Grinter, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5vtg.cif.gz | 123.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5vtg.ent.gz | 97.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5vtg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5vtg_validation.pdf.gz | 439.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5vtg_full_validation.pdf.gz | 441.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5vtg_validation.xml.gz | 13.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5vtg_validation.cif.gz | 18 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vt/5vtg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vt/5vtg | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20118.525 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 963-1138 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: tamB, ytfN, ytfO, b4221, JW4180 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P39321 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.09 % / 解説: Squat boxes with one square side and bowed edges |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M HEPES, 15%(v/v) PEG 400, 0.2 M CaCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9763 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月18日 |
放射 | モノクロメーター: SILICON CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→49.57 Å / Num. obs: 35019 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 9.2 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rpim(I) all: 0.041 / Net I/σ(I): 11.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.89 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 2.887 / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 2208 / CC1/2: 0.586 / Rpim(I) all: 1.324 / % possible all: 99.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.859→49.571 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.86 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.859→49.571 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 28.715 Å / Origin y: -24.2539 Å / Origin z: 249.4874 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |