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- PDB-5vt4: Sco GlgEI-V279S in complex with a pyrolidene-based methyl-phospho... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vt4
タイトルSco GlgEI-V279S in complex with a pyrolidene-based methyl-phosphonate compound
要素Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase 1
キーワードTRANSFERASE / Streptomyces coelicolor / Maltosyltransferase / transition state analogue / Alpha-1 / 4-glucan
機能・相同性
機能・相同性情報


starch synthase (maltosyl-transferring) / alpha-glucan biosynthetic process / hexosyltransferase activity / alpha-amylase activity / oligosaccharide catabolic process
類似検索 - 分子機能
Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase, domain N/S / Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase / : / Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase, domain N/S / GLGE, C-terminal / Phosphotransferase system, lactose/cellobiose-type IIA subunit / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Glycosyl hydrolase, all-beta / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 ...Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase, domain N/S / Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase / : / Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase, domain N/S / GLGE, C-terminal / Phosphotransferase system, lactose/cellobiose-type IIA subunit / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Glycosyl hydrolase, all-beta / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9KJ / Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces coelicolor (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.205 Å
データ登録者Petit, C. / Ronning, D.R. / Lindenberger, J.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI105084 米国
引用ジャーナル: Org. Biomol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Zwitterionic pyrrolidene-phosphonates: inhibitors of the glycoside hydrolase-like phosphorylase Streptomyces coelicolor GlgEI-V279S.
著者: Veleti, S.K. / Petit, C. / Ronning, D.R. / Sucheck, S.J.
履歴
登録2017年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月4日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_audit_support / software / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月4日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase 1
B: Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase 1
C: Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase 1
D: Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)298,3948
ポリマ－296,7174
非ポリマー1,6774
水1,04558
1
A: Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase 1
B: Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,1974
ポリマ－148,3582
非ポリマー8392
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4280 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area50950 Å2
手法PISA
2
C: Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase 1
D: Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,1974
ポリマ－148,3582
非ポリマー8392
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4100 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area50810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.851, 113.851, 312.490
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質
Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase 1 / GMPMT 1 / (1->4)-alpha-D-glucan:maltose-1-phosphate alpha-D-maltosyltransferase 1


分子量: 74179.133 Da / 分子数: 4 / 変異: V279S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor (strain ATCC BAA-471 / A3(2) / M145) (バクテリア)
株: ATCC BAA-471 / A3(2) / M145 / 遺伝子: glgE1, pep1, pep1A, pep1I, SCO5443, SC6A11.19c / プラスミド: pET32 / Cell (発現宿主): BL21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9L1K2, starch synthase (maltosyl-transferring)
#2: 糖
ChemComp-9KJ / {[(2R,3R,4R,5R)-3-(alpha-D-glucopyranosyloxy)-4-hydroxy-2,5-bis(hydroxymethyl)pyrrolidin-1-yl]methyl}phosphonic acid / {[(2R,3R,4R,5R)-3-(alpha-D-glucosyloxy)-4-hydroxy-2,5-bis(hydroxymethyl)pyrrolidin-1-yl]methyl}phosphonic acid / {[(2R,3R,4R,5R)-3-(D-glucosyloxy)-4-hydroxy-2,5-bis(hydroxymethyl)pyrrolidin-1-yl]methyl}phosphonic acid / {[(2R,3R,4R,5R)-3-(glucosyloxy)-4-hydroxy-2,5-bis(hydroxymethyl)pyrrolidin-1-yl]methyl}phosphonic acid / [4α-(α-D-グルコピラノシルオキシ)-3β-ヒドロキシ-2α,5β-ビス(ヒドロキシメチル)ピロリジノ]メチルホ(以下略)


タイプ: D-saccharide / 分子量: 419.319 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H26NO12P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 64 % / 解説: Diamond
結晶化温度: 293.16 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.2 M sodium citrate pH 7.0 and 10 % PEG 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→39.061 Å / Num. obs: 64431 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.3 % / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル最高解像度: 3.2 Å / 冗長度: 4.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
PHENIXモデル構築
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4cn1

4cn1


解像度: 3.205→39.061 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.48
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2394 1998 3.1 %
Rwork0.2069 --
obs0.2079 64431 99.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.205→39.061 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20292 0 108 58 20458
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00521006
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.03928761
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.9627590
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0443153
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0063780
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2049-3.2850.30721410.28094353X-RAY DIFFRACTION96
3.285-3.37380.35041420.27024444X-RAY DIFFRACTION100
3.3738-3.4730.3031480.26154478X-RAY DIFFRACTION100
3.473-3.5850.28771460.24694493X-RAY DIFFRACTION100
3.585-3.7130.27851400.24084432X-RAY DIFFRACTION100
3.713-3.86160.29481440.24124466X-RAY DIFFRACTION100
3.8616-4.03710.23161400.22344483X-RAY DIFFRACTION99
4.0371-4.24970.24331390.21444499X-RAY DIFFRACTION100
4.2497-4.51560.22121420.19844449X-RAY DIFFRACTION100
4.5156-4.86370.21831420.19194480X-RAY DIFFRACTION100
4.8637-5.35210.2221440.1864489X-RAY DIFFRACTION100
5.3521-6.12390.21971450.20414457X-RAY DIFFRACTION99
6.1239-7.70580.22551430.19354495X-RAY DIFFRACTION100
7.7058-39.06410.18961420.15164415X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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