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- PDB-5vpr: Crystal Structure of Cysteine desulfurase from Elizabethkingia an... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vpr
タイトルCrystal Structure of Cysteine desulfurase from Elizabethkingia anophelis with covalently bound pyridoxal phosphate
要素Cysteine desulfurase
キーワードTRANSFERASE / SSGCID / Cysteine desulfurase / Elizabethkingia anophelis / pyridoxal phosphate / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine desulfurase / cysteine desulfurase activity / cysteine metabolic process / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
Cysteine desulfurase, SufS / Cysteine desulfurase / Aminotransferase class-V, pyridoxal-phosphate binding site / Aminotransferases class-V pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class V domain / Aminotransferase class-V / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain ...Cysteine desulfurase, SufS / Cysteine desulfurase / Aminotransferase class-V, pyridoxal-phosphate binding site / Aminotransferases class-V pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class V domain / Aminotransferase class-V / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cysteine desulfurase
類似検索 - 構成要素
生物種Elizabethkingia anophelis NUHP1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Cysteine desulfurase from Elizabethkingia anophelis with covalently bound pyridoxal phosphate
著者: Dranow, D.M. / Horanyi, P.S. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2017年5月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月11日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cysteine desulfurase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4681
ポリマ－46,4681
非ポリマー00
水2,198122
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)84.180, 82.040, 70.120
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.440, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Cysteine desulfurase


分子量: 46467.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Elizabethkingia anophelis NUHP1 (バクテリア)
遺伝子: BD94_3973 / プラスミド: ElanA.01104.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A077EMQ8, cysteine desulfurase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.14 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: ElanA.01104.a.B1.PW37984 at 18.07 mg/ml mixed 1:1 with Morpheus(a7): 10% (w/v) PEG-4000, 20% (v/v) glycerol, 0.1 M MOPS/HEPES-Na, pH = 7.5, 0.03 M each magnesium chloride and calcium chloride, harvested directly.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年5月3日
放射モノクロメーター: Double-crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→35.282 Å / Num. obs: 29282 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.62 % / Biso Wilson estimate: 40.56 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Rrim(I) all: 0.048 / Χ2: 1.009 / Net I/σ(I): 18.22 / Num. measured all: 106003 / Scaling rejects: 31
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.05-2.13.7480.5233.218234220421970.8350.61199.7
2.1-2.163.7580.3684.637921210421080.9020.43100
2.16-2.223.7570.3175.577634204020320.9370.3799.6
2.22-2.293.7290.2217.447487201420080.960.25899.7
2.29-2.373.7270.188.877246195119440.9710.21199.6
2.37-2.453.7210.14410.797033188818900.9810.168100
2.45-2.543.6870.10313.436604180017910.9890.1299.5
2.54-2.653.6610.08116.766403176317490.9920.09599.2
2.65-2.763.6210.06719.045986166716530.9940.07999.2
2.76-2.93.6020.05522.195716160115870.9960.06599.1
2.9-3.063.5380.04426.065374153715190.9970.05298.8
3.06-3.243.5160.03928.165070145814420.9970.04698.9
3.24-3.473.4550.03730.574654136013470.9970.04499
3.47-3.743.460.03332.714290125712400.9980.0498.6
3.74-4.13.3390.0333.93840116711500.9980.03598.5
4.1-4.583.4570.02935.93619107110470.9980.03497.8
4.58-5.293.5340.02836.7332449359180.9980.03398.2
5.29-6.483.5120.02736.8527647987870.9980.03198.6
6.48-9.173.4730.02337.2520566165920.9990.02796.1
9.17-35.2822.9470.02433.618283582810.9970.02978.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
MoRDa位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5J8Q

5j8q


解像度: 2.05→35.282 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2039 1935 6.61 %
Rwork0.1701 --
obs0.1724 29272 98.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 131.69 Å2 / Biso mean: 54.4928 Å2 / Biso min: 26.27 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.05→35.282 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2758 0 0 126 2884
Biso mean---52.29 -
残基数----366
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062810
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8133816
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051447
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004492
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9841670
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0501-2.10130.2581220.234520052127100
2.1013-2.15810.27361310.205719412072100
2.1581-2.22160.23911360.200819412077100
2.2216-2.29330.27861460.198519492095100
2.2933-2.37530.25421390.200819592098100
2.3753-2.47030.24031470.188119522099100
2.4703-2.58270.24441560.1841946210299
2.5827-2.71890.22691450.18771947209299
2.7189-2.88910.25531500.19231938208899
2.8891-3.11210.24111330.18611962209599
3.1121-3.4250.21521350.18041963209899
3.425-3.92010.18221160.15851982209899
3.9201-4.93670.16771340.13641947208198
4.9367-35.28760.15981450.15851905205095
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.81810.27120.78571.76110.2273.7636-0.089-0.3502-0.50190.13360.2524-0.02390.6348-0.1133-0.14130.39620.06560.08450.20870.07180.43370.4978-60.18068.6015
21.5620.58070.00034.10792.5123.3033-0.163-0.16620.1393-0.57470.2371-0.1109-0.7179-0.39-0.05790.42290.14550.0480.32180.04950.3514-6.7953-35.54558.5309
31.5738-0.6956-0.09334.41722.30692.6115-0.2103-0.50490.25720.05930.2156-0.145-0.2599-0.1565-0.0550.37980.2060.02290.4845-0.00610.3348-4.2763-35.144920.1925
43.4167-0.67630.91741.35110.31572.9234-0.4252-0.81850.01010.45180.4096-0.23790.1280.06650.01190.49220.2086-0.00790.44480.01230.37748.6368-51.941921.9817
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 58 )A1 - 58
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 59 through 142 )A59 - 142
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 143 through 244 )A143 - 244
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 245 through 406 )A245 - 406

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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