PDB-5vp5: Crystal structure of a 3-oxoacyl-acyl-carrier protein reductase F...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5vp5

タイトル

Crystal structure of a 3-oxoacyl-acyl-carrier protein reductase FabG4 from Mycobacterium smegmatis bound to NAD

要素

3-oxoacyl-acyl-carrier protein reductase FabG4

キーワード

OXIDOREDUCTASE / NIAID / structural genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium smegmatis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2024
タイトル: Structural and functional characterization of FabG4 from Mycolicibacterium smegmatis.
著者: Ran, X. / Parikh, P. / Abendroth, J. / Arakaki, T.L. / Clifton, M.C. / Edwards, T.E. / Lorimer, D.D. / Mayclin, S. / Staker, B.L. / Myler, P. / McLaughlin, K.J.

履歴

登録	2017年5月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年5月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年7月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb5vp5.ent.gz	136.1 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	5vp5_full_validation.pdf.gz	750.2 KB	表示
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CIF形式データ	5vp5_validation.cif.gz	32 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vp/5vp5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vp/5vp5	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3u0bSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3u0b-1 6jbn-d 7bxf-d 4nch-d 2xn2-d 3o72-1 1zhh-d 5kf9-1 2yfn-d 3v1t-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-MysmA.00010.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (3) #188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (2)

登録構造単位

A: 3-oxoacyl-acyl-carrier protein reductase FabG4

ヘテロ分子

49.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 3-oxoacyl-acyl-carrier protein reductase FabG4

ヘテロ分子

A: 3-oxoacyl-acyl-carrier protein reductase FabG4

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
99.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.580, 60.610, 76.270
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 126.690, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1045- HOH

#1: タンパク質	3-oxoacyl-acyl-carrier protein reductase FabG4 / Oxidoreductase / short chain dehydrogenase/reductase family protein 分子量: 48933.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: fabG4, MSMEG_0372, MSMEI_0365 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0QPE7, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 450 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.06 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: MysmA.00010.a.A1.PW28467 at 19.87 mg/mL with 4 mM NAD against MCSG1 screen condition E3 50 mM MgCl2, 0.1 M Hepes pH 7.5, 30% PEG 550 MME soaked overnight with 10 mM NAD, crystal tracking ID ...詳細: MysmA.00010.a.A1.PW28467 at 19.87 mg/mL with 4 mM NAD against MCSG1 screen condition E3 50 mM MgCl2, 0.1 M Hepes pH 7.5, 30% PEG 550 MME soaked overnight with 10 mM NAD, crystal tracking ID 271652e3, unique puck ID hnk3-3

結晶

マシュー密度: 1.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.06 %

結晶化

温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: MysmA.00010.a.A1.PW28467 at 19.87 mg/mL with 4 mM NAD against MCSG1 screen condition E3 50 mM MgCl2, 0.1 M Hepes pH 7.5, 30% PEG 550 MME soaked overnight with 10 mM NAD, crystal tracking ID ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月29日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→48.625 Å / Num. obs: 34407 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.336 % / B_iso Wilson estimate: 14.97 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.035 / R_rim(I) all: 0.042 / Χ²: 1.008 / Net I/σ(I): 22.99

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.8-1.85	2.955	0.127	7.42	2513	0.975	0.155	98.4
1.85-1.9	3.44	0.101	10.47	2471	0.986	0.12	99.8
1.9-1.95	3.476	0.089	12.12	2409	0.99	0.105	99.7
1.95-2.01	3.42	0.076	13.83	2330	0.992	0.09	99.5
2.01-2.08	3.296	0.067	15.61	2272	0.993	0.081	99.5
2.08-2.15	3.22	0.057	17.81	2174	0.995	0.068	99.5
2.15-2.23	3.487	0.054	19.45	2122	0.996	0.064	99.3
2.23-2.32	3.46	0.047	21.71	2032	0.997	0.056	99.4
2.32-2.43	3.393	0.045	22.78	1964	0.997	0.054	99.4
2.43-2.55	3.206	0.042	24.02	1866	0.997	0.051	99.1
2.55-2.68	3.352	0.038	26.9	1781	0.997	0.045	98.9
2.68-2.85	3.455	0.034	29.41	1674	0.998	0.041	99.3
2.85-3.04	3.417	0.031	32.32	1586	0.998	0.037	98.9
3.04-3.29	3.202	0.029	33.74	1476	0.998	0.035	98.7
3.29-3.6	3.32	0.025	39.15	1366	0.999	0.03	99.2
3.6-4.02	3.449	0.023	41.15	1226	0.999	0.027	98.5
4.02-4.65	3.303	0.022	42.5	1093	0.999	0.026	98.9
4.65-5.69	3.236	0.023	41.01	920	0.999	0.028	98.3
5.69-8.05	3.372	0.025	42.4	717	0.998	0.03	97.6
8.05-48.625	3.113	0.025	46.01	415	0.999	0.03	96.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	(dev_2744)	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3U0B

3u0b

解像度: 1.8→48.625 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 15.82

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.177	2086	6.06 %
R_work	0.1355	-	-
obs	0.1379	34404	99.54 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 72.58 Å² / B_iso mean: 18.2766 Å² / B_iso min: 6.31 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.8→48.625 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2954	0	46	451	3451
B_iso mean	-	-	17.56	29.23	-
残基数	-	-	-	-	411

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3111
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.791	4266
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	513
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	582
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.775	1888

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.7999-1.8418	0.2068	157	0.1619	2105	2262	98
1.8418-1.8879	0.2301	152	0.1535	2120	2272	100
1.8879-1.9389	0.2035	145	0.1445	2127	2272	100
1.9389-1.996	0.1866	117	0.1446	2176	2293	100
1.996-2.0604	0.2009	136	0.141	2152	2288	100
2.0604-2.1341	0.2036	130	0.1432	2179	2309	100
2.1341-2.2195	0.1886	131	0.1401	2151	2282	100
2.2195-2.3205	0.1606	130	0.135	2156	2286	100
2.3205-2.4428	0.2027	175	0.1368	2120	2295	100
2.4428-2.5959	0.172	149	0.1367	2131	2280	100
2.5959-2.7963	0.1543	139	0.1342	2162	2301	100
2.7963-3.0777	0.1785	166	0.1318	2124	2290	100
3.0777-3.5229	0.154	122	0.1283	2185	2307	100
3.5229-4.438	0.1541	108	0.1155	2210	2318	99
4.438-48.6424	0.1669	129	0.1431	2220	2349	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4072	-0.7226	0.086	2.4764	-0.9766	0.9573	0.0372	0.1475	0.0173	-0.1674	-0.0759	-0.1231	0.0055	0.0572	0.0445	0.1407	-0.0188	0.0247	0.142	-0.0232	0.0768	19.0271	10.1608	-22.4505
2	0.6581	0.0066	0.2643	0.7928	-0.1847	1.4296	0.0045	-0.0092	0.0008	0.0122	0.0025	-0.0296	-0.0381	0.1113	-0.0056	0.0684	-0.0064	0.0165	0.0931	-0.0068	0.0732	14.1876	5.6075	-10.8026
3	5.6914	-1.7525	0.2143	2.1122	0.0002	1.2362	-0.0138	0.2259	0.1235	-0.0515	0.0183	-0.0719	-0.0884	0.0374	-0.0275	0.1039	-0.0271	-0.0035	0.0816	0.014	0.046	-8.0311	8.205	-28.215
4	1.5875	1.4423	-2.5313	2.8988	-3.3033	4.9893	-0.023	0.1507	0.2971	0.0068	0.2475	0.2	-0.1233	-0.3244	-0.2443	0.0848	-0.0001	-0.0307	0.1406	0.0186	0.1148	-21.0463	10.3885	-28.5682
5	0.6069	-0.0427	-0.1106	1.3026	1.6719	3.5898	0.0223	-0.0528	0.0565	-0.0465	-0.033	0.0749	-0.1757	-0.2514	0.0797	0.0857	0.0149	-0.0125	0.0828	0.0215	0.1028	-20.6518	7.3353	-16.0718
6	0.7072	0.3693	0.2238	1.3601	1.4701	3.0296	-0.0026	-0.0372	0.0071	0.0402	0.0617	-0.036	-0.0122	0.0373	-0.0695	0.0805	0.0153	-0.0098	0.0791	0.0186	0.0945	-12.8927	3.1079	-13.6758
7	1.9806	0.0165	-0.2333	0.1434	0.1211	2.119	0.0356	0.0503	0.2326	0.0052	-0.0382	-0.0871	-0.2493	0.033	-0.0558	0.1127	0.0028	-0.0124	0.0974	0.0116	0.1172	-6.753	8.9136	-11.2618
8	2.459	0.2427	0.2752	3.3102	-0.1503	1.6766	-0.0148	-0.1815	0.1426	0.2188	-0.0294	0.0061	-0.1384	0.088	0.0175	0.0772	-0.0247	0.0004	0.1036	-0.0123	0.0708	-0.101	7.9097	-15.2742

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 26 through 78 )	A	26 - 78
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 79 through 202 )	A	79 - 202
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 203 through 241 )	A	203 - 241
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 242 through 268 )	A	242 - 268
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 269 through 316 )	A	269 - 316
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 317 through 353 )	A	317 - 353
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 354 through 416 )	A	354 - 416
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 417 through 450 )	A	417 - 450

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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万見について

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見 (Yorodumi)