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Yorodumi- PDB-5vp5: Crystal structure of a 3-oxoacyl-acyl-carrier protein reductase F... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5vp5 | ||||||
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Title | Crystal structure of a 3-oxoacyl-acyl-carrier protein reductase FabG4 from Mycobacterium smegmatis bound to NAD | ||||||
Components | 3-oxoacyl-acyl-carrier protein reductase FabG4 | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / NIAID / structural genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Mycobacterium smegmatis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.8 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr.,Sect.F / Year: 2024 Title: Structural and functional characterization of FabG4 from Mycolicibacterium smegmatis. Authors: Ran, X. / Parikh, P. / Abendroth, J. / Arakaki, T.L. / Clifton, M.C. / Edwards, T.E. / Lorimer, D.D. / Mayclin, S. / Staker, B.L. / Myler, P. / McLaughlin, K.J. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5vp5.cif.gz | 177.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5vp5.ent.gz | 136.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5vp5.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5vp5_validation.pdf.gz | 749.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 5vp5_full_validation.pdf.gz | 750.2 KB | Display | |
Data in XML | 5vp5_validation.xml.gz | 20.5 KB | Display | |
Data in CIF | 5vp5_validation.cif.gz | 32 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vp/5vp5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vp/5vp5 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3u0bSC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 48933.328 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium smegmatis (bacteria) / Strain: ATCC 700084 / mc(2)155 / Gene: fabG4, MSMEG_0372, MSMEI_0365 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: A0QPE7, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase | ||
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#2: Chemical | ChemComp-NAD / | ||
#3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.92 Å3/Da / Density % sol: 36.06 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: MysmA.00010.a.A1.PW28467 at 19.87 mg/mL with 4 mM NAD against MCSG1 screen condition E3 50 mM MgCl2, 0.1 M Hepes pH 7.5, 30% PEG 550 MME soaked overnight with 10 mM NAD, crystal tracking ID ...Details: MysmA.00010.a.A1.PW28467 at 19.87 mg/mL with 4 mM NAD against MCSG1 screen condition E3 50 mM MgCl2, 0.1 M Hepes pH 7.5, 30% PEG 550 MME soaked overnight with 10 mM NAD, crystal tracking ID 271652e3, unique puck ID hnk3-3 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 5.0.2 / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Apr 29, 2017 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.8→48.625 Å / Num. obs: 34407 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.336 % / Biso Wilson estimate: 14.97 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.035 / Rrim(I) all: 0.042 / Χ2: 1.008 / Net I/σ(I): 22.99 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3U0B Resolution: 1.8→48.625 Å / SU ML: 0.16 / Cross valid method: NONE / σ(F): 1.35 / Phase error: 15.82
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 72.58 Å2 / Biso mean: 18.2766 Å2 / Biso min: 6.31 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.8→48.625 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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