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- PDB-5vok: Crystal structure of the C7orf59-HBXIP dimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vok
タイトルCrystal structure of the C7orf59-HBXIP dimer
要素
  • Ragulator complex protein LAMTOR4
  • Ragulator complex protein LAMTOR5
キーワードSIGNALING PROTEIN / C7orf59 / Ragulator / Roadblock / mTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of RNA polymerase II regulatory region sequence-specific DNA binding / FNIP-folliculin RagC/D GAP / Ragulator complex / protein localization to lysosome / TORC1 signaling / Amino acids regulate mTORC1 / MTOR signalling / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / regulation of cell size / Macroautophagy ...positive regulation of RNA polymerase II regulatory region sequence-specific DNA binding / FNIP-folliculin RagC/D GAP / Ragulator complex / protein localization to lysosome / TORC1 signaling / Amino acids regulate mTORC1 / MTOR signalling / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / regulation of cell size / Macroautophagy / mTORC1-mediated signalling / positive regulation of TOR signaling / positive regulation of TORC1 signaling / viral genome replication / : / Regulation of PTEN gene transcription / positive regulation of interleukin-8 production / cellular response to amino acid stimulus / TP53 Regulates Metabolic Genes / response to virus / positive regulation of protein localization to nucleus / late endosome membrane / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / lysosome / lysosomal membrane / intracellular membrane-bounded organelle / positive regulation of gene expression / protein-containing complex / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ragulator complex protein LAMTOR4 / Ragulator complex protein LAMTOR5 / Ragulator complex protein LAMTOR5 / Dynein light chain 2a, cytoplasmic / Beta-Lactamase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ragulator complex protein LAMTOR5 / Ragulator complex protein LAMTOR4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.89 Å
データ登録者Rasheed, N. / Nascimento, A.F.Z. / Bar-Peled, L. / Shen, K. / Sabatini, D.M. / Aparicio, R. / Smetana, J.H.C.
資金援助 ブラジル, 2件
組織認可番号国
Conselho Nacional de Desenvolvimento Cientifico e Tecnologico (CNPq-Brazil)190174/2012-9 ブラジル
Fundacao de Amparo a Pesquisa do Estado de Sao Paulo (FAPESP-Brazil)2014/12445-0 ブラジル
引用ジャーナル: Febs Open Bio / 年: 2019
タイトル: C7orf59/Lamtor4 phosphorylation and structural flexibility modulate Ragulator assembly.
著者: Rasheed, N. / Lima, T.B. / Mercaldi, G.F. / Nascimento, A.F.Z. / Silva, A.L.S. / Righetto, G.L. / Bar-Peled, L. / Shen, K. / Sabatini Shen, D.M. / Gozzo, F.C. / Aparicio, R. / Smetana, J.H.C.
履歴
登録2017年5月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22023年10月4日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ragulator complex protein LAMTOR5
B: Ragulator complex protein LAMTOR4
C: Ragulator complex protein LAMTOR5
D: Ragulator complex protein LAMTOR4
E: Ragulator complex protein LAMTOR5
F: Ragulator complex protein LAMTOR4
G: Ragulator complex protein LAMTOR5
H: Ragulator complex protein LAMTOR4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,6988
ポリマ－82,6988
非ポリマー00
水362
1
A: Ragulator complex protein LAMTOR5
B: Ragulator complex protein LAMTOR4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,6742
ポリマ－20,6742
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1800 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area10680 Å2
手法PISA
2
C: Ragulator complex protein LAMTOR5
D: Ragulator complex protein LAMTOR4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,6742
ポリマ－20,6742
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1720 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area10280 Å2
手法PISA
3
E: Ragulator complex protein LAMTOR5
F: Ragulator complex protein LAMTOR4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,6742
ポリマ－20,6742
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1810 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area10630 Å2
手法PISA
4
G: Ragulator complex protein LAMTOR5
H: Ragulator complex protein LAMTOR4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,6742
ポリマ－20,6742
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1680 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area9890 Å2
手法PISA
5
A: Ragulator complex protein LAMTOR5
B: Ragulator complex protein LAMTOR4

C: Ragulator complex protein LAMTOR5
D: Ragulator complex protein LAMTOR4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,3494
ポリマ－41,3494
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_546-x+1/2,y-1/2,-z+11
Buried area6970 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area17510 Å2
手法PISA
6
E: Ragulator complex protein LAMTOR5
F: Ragulator complex protein LAMTOR4

G: Ragulator complex protein LAMTOR5
H: Ragulator complex protein LAMTOR4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,3494
ポリマ－41,3494
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555-x+1/2,y+1/2,-z1
Buried area7010 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area17000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)180.884, 64.763, 79.231
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.18, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
Ragulator complex protein LAMTOR5 / Hepatitis B virus X-interacting protein / HBX-interacting protein / Late endosomal/lysosomal ...Hepatitis B virus X-interacting protein / HBX-interacting protein / Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator 5


分子量: 9622.900 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LAMTOR5, HBXIP, XIP / プラスミド: pACYC-Duet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O43504
#2: タンパク質
Ragulator complex protein LAMTOR4 / Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator 4


分子量: 11051.531 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LAMTOR4, C7orf59 / プラスミド: pACYC-Duet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q0VGL1
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.56 %
解説: Crystals were 2D, small, plate-like and very fragile. Most of them forming clusters.
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 4M sodium formate, 5%(v/v) glycerol and 0.01M barium chloride (as additive).

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年8月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.89→81.846 Å / Num. obs: 18719 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 86.24 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.171 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 2.89→3.07 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 3.5 / Num. unique obs: 3004 / CC1/2: 0.337 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
DIALS1.2データ削減
Aimless0.5.31データスケーリング
MrBUMP00.9.00位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3MSH, 3MS6

3msh

3ms6


解像度: 2.89→81.846 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 131.26 / 位相誤差: 45.01 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3124 968 5.19 %Random selection
Rwork0.2802 ---
obs0.2854 18656 98.94 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.89→81.846 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5250 0 0 2 5252
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085300
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3957168
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.1543236
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065882
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007932
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8909-3.04320.36041360.36042461X-RAY DIFFRACTION92
3.0432-3.23380.38491500.34832485X-RAY DIFFRACTION93
3.2338-3.48340.35961240.33482508X-RAY DIFFRACTION95
3.4834-3.83380.33381240.33022529X-RAY DIFFRACTION95
3.8338-4.38820.3431490.30042524X-RAY DIFFRACTION94
4.3882-5.5270.28681400.2632534X-RAY DIFFRACTION94
5.527-44.65490.27681270.24282640X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.714.1099-1.58684.66343.78847.0934-0.20910.6968-1.8635-1.48620.92330.66930.5535-1.6437-0.52761.0238-0.2132-0.52061.1261-0.03161.69135.5682-17.448434.927
28.39371.8582-1.72510.4605-0.11288.0980.08850.3930.7406-0.64110.14971.1483-0.2043-1.3749-0.61220.58170.0887-0.35771.001-0.12731.255410.861-10.011742.8482
31.5773-0.2299-3.04126.8772-1.81388.66740.07190.1462-0.7456-0.247-0.7813-1.1886-1.0115-0.33070.44390.660.0576-0.3830.8359-0.0691.339822.8952-6.354841.2992
47.5578-6.17954.77545.1203-4.08273.29340.83360.2454-0.7522-0.4375-0.15520.0615-0.02430.9192-0.04750.57090.1212-0.19810.8337-0.1910.904717.0607-13.290740.6636
57.5865-3.67674.54379.40865.19279.8656-0.4193-5.0031-2.4254.1180.22162.6612.4451-3.2474-0.20461.0852-0.35780.12141.5492-0.03061.085849.725-37.186542.3032
64.0437-3.292-1.51082.87551.10830.62340.23150.97320.63990.18770.7231-0.72740.25610.464-0.61370.65110.2118-0.11061.25050.15820.817542.8884-12.358643.1298
75.51140.35434.06168.5173-0.36055.3361-0.4376-0.04470.28840.01910.5685-0.7347-0.7611-0.1227-0.38750.5677-0.3090.05760.850.04491.346943.2862.038550.8803
86.9471-0.914-8.14393.38150.6549.60830.10961.29860.239-2.04120.63871.5504-1.185-0.7815-0.82731.0125-0.2293-0.58171.35810.24910.838141.26372.524241.1406
96.42585.3307-6.24154.4227-5.11288.99180.41340.23552.45610.6360.00310.9343-3.3399-0.8838-0.42861.28820.0439-0.39790.45280.09471.447428.66050.649448.2235
105.8216-1.1394-6.83245.77744.60989.9189-0.2929-5.58710.82683.26080.11450.6123-0.6463-0.4748-0.12174.9472.09411.88684.0976-2.34943.694921.439-8.348855.4532
118.25211.38888.24023.5006-0.71689.5781-0.13482.73830.3638-0.6169-0.8358-0.3783-0.06921.20380.98080.45210.2427-0.07640.88950.01180.968332.4562-9.788937.7402
121.67680.041-0.96420.42430.09580.5941-0.0604-0.1135-0.26710.2798-0.0151-0.21480.10450.197-0.06320.2023-0.1885-0.20491.05180.39041.78434.9526-8.564848.199
131.5684-1.4925-2.7041.41872.3615.9171-0.4226-1.13151.24460.43670.0495-0.2211-0.3185-0.59010.68690.2527-0.0788-0.71141.31450.16691.28937.968-4.143852.8911
142.0453.82262.81977.1835.02885.0756-0.29560.9869-0.67970.62950.0041-1.008-0.27-0.09560.29850.52370.05310.02941.1123-0.12380.962538.9003-15.036637.5673
153.5348-2.42293.76165.6481-1.12584.5495-0.0101-0.5074-0.92270.02140.11361.72650.2241-1.2020.38170.55240.0013-0.03060.98740.29231.2683-3.5807-8.004133.9456
166.00476.1597-4.637.247-5.41574.0423-1.18910.84171.0834-1.36530.73941.44990.4022-1.14590.68311.08720.023-0.86580.9623-0.74352.3213-11.683-2.396221.6594
171.17050.39731.95854.12520.11143.7057-0.3883-1.39870.3919-0.05670.21840.34010.2268-0.2689-0.06770.47040.1026-0.49091.22210.08511.0652-2.44514.711422.5376
189.55.94946.56014.27183.79524.7227-0.0504-0.67280.91340.70971.2066-0.50340.21230.1866-0.80020.71570.297-0.17481.01020.23641.3414-0.32892.002929.1643
195.8922-4.22646.55422.7514-4.45437.068-0.40011.6802-0.87780.24840.04260.366-0.11860.79560.47720.5018-0.0033-0.08711.0373-0.13510.957522.517416.603725.928
202.9442-0.44281.67562.8218-0.85226.00680.5357-0.1348-1.0447-0.25540.08630.51910.4603-0.2333-0.31351.6473-0.0313-1.15010.97570.35021.126.342226.964713.9466
212.00284.0726-1.48092.61250.27360.5861-1.11693.65282.5768-3.92450.22363.8345-1.0751-1.29330.38521.42110.0253-1.02131.11010.26121.31739.366518.63599.3047
226.7988-2.73890.57082.37672.93728.4469-0.6165-0.15480.11730.05850.00620.18120.0772-1.28440.32230.6591-0.1098-0.57690.98190.28251.2443-1.994915.868118.151
233.3921-0.4377-0.27772.8566-0.13281.53210.02080.97890.6276-0.35790.51310.1665-0.3654-0.7446-0.20160.4574-0.0593-0.03960.78890.08920.94762.857212.082926.1397
243.9721-0.2768-2.25482.37640.68592.95550.3273-0.66091.79470.70680.2-0.2984-0.1351-0.4990.7009-0.12540.1019-0.8581.566-0.62621.84365.326421.083323.8647
255.90914.58441.06034.21522.10652.7874-0.4182-0.1461-0.5084-0.55680.560.1453-0.48291.5954-0.27750.5331-0.1411-0.09690.88060.12961.150312.765215.608121.5647
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428.7527-4.06837.78794.0576-4.29357.505-1.78060.95190.02511.5010.4579-0.9584-1.43160.61941.19561.01280.0245-0.26660.6503-0.02991.137961.6904-26.9914-0.8066
431.1755-1.0089-0.75250.89050.54230.99330.6952-0.697-3.2097-1.8571-1.65271.05872.78012.03410.61825.33711.1042-4.45.3788-0.23566.174878.0435-26.4632-3.9911
445.1471-1.783-4.6951.57211.85644.3387-0.2409-0.4944-0.1247-0.25570.6284-0.42720.36211.1663-0.49610.5012-0.1336-0.62761.00730.18821.965778.8831-24.175810.3185
453.105-0.49180.44432.3086-0.57272.1019-0.3876-0.68770.22260.63610.2875-1.0145-0.1661-0.44880.09770.49320.0884-0.43690.7938-0.11611.664569.0137-20.009510.2066
467.5129-3.14352.50414.5984-4.29434.07260.0781-0.06570.9780.50570.537-1.24590.2752-0.5128-0.12040.54890.0106-0.2330.9996-0.07991.004167.0042-25.94344.7335
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 14 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 15 through 38 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 39 through 79 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 80 through 90 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 0 through 9 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 10 through 22 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 23 through 30 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 31 through 41 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 42 through 50 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 51 through 65 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 66 through 73 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 74 through 80 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 81 through 87 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 88 through 92 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 3 through 22 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 23 through 32 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 33 through 69 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 70 through 90 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 4 through 22 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 23 through 30 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 31 through 40 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 41 through 50 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 51 through 73 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 74 through 83 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 84 through 91 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'E' and (resid 1 through 32 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'E' and (resid 33 through 40 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'E' and (resid 41 through 90 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'F' and (resid 0 through 14 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'F' and (resid 15 through 29 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'F' and (resid 30 through 40 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'F' and (resid 41 through 52 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'F' and (resid 53 through 74 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'F' and (resid 75 through 82 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'F' and (resid 83 through 92 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'G' and (resid 3 through 14 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'G' and (resid 15 through 38 )
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'G' and (resid 39 through 55 )
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'G' and (resid 56 through 64 )
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'G' and (resid 65 through 79 )
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'G' and (resid 80 through 90 )
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'H' and (resid 4 through 30 )
43X-RAY DIFFRACTION43chain 'H' and (resid 31 through 38 )
44X-RAY DIFFRACTION44chain 'H' and (resid 39 through 50 )
45X-RAY DIFFRACTION45chain 'H' and (resid 51 through 79 )
46X-RAY DIFFRACTION46chain 'H' and (resid 80 through 92 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る