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- PDB-6h8n: Structure of peptidoglycan deacetylase PdaC from Bacillus subtili... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6h8n
タイトルStructure of peptidoglycan deacetylase PdaC from Bacillus subtilis - mutant D285S
要素Peptidoglycan-N-acetylmuramic acid deacetylase PdaC
キーワードHYDROLASE / Deacetylase
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / carbohydrate metabolic process / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidoglycan GlcNAc deacetylase / Deacetylase PdaC / Deacetylase PdaC / Domain of unknown function DUF3298 / PdaC/RsiV-like superfamily / Protein of unknown function (DUF3298) / : / Glycoside hydrolase/deacetylase / NodB homology domain profile. / NodB homology domain ...Peptidoglycan GlcNAc deacetylase / Deacetylase PdaC / Deacetylase PdaC / Domain of unknown function DUF3298 / PdaC/RsiV-like superfamily / Protein of unknown function (DUF3298) / : / Glycoside hydrolase/deacetylase / NodB homology domain profile. / NodB homology domain / Polysaccharide deacetylase / Glycoside hydrolase/deacetylase, beta/alpha-barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Peptidoglycan-N-acetylmuramic acid deacetylase PdaC
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.26 Å
データ登録者Sainz-Polo, M.A. / Grifoll-Romero, L. / Albesa-Jove, D. / Planas, A. / Guerin, M.E.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Structure-function relationships underlying the dualN-acetylmuramic andN-acetylglucosamine specificities of the bacterial peptidoglycan deacetylase PdaC.
著者: Grifoll-Romero, L. / Sainz-Polo, M.A. / Albesa-Jove, D. / Guerin, M.E. / Biarnes, X. / Planas, A.
履歴
登録2018年8月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年4月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidoglycan-N-acetylmuramic acid deacetylase PdaC
B: Peptidoglycan-N-acetylmuramic acid deacetylase PdaC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,5739
ポリマ－48,9732
非ポリマー6007
水8,413467
1
A: Peptidoglycan-N-acetylmuramic acid deacetylase PdaC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8345
ポリマ－24,4871
非ポリマー3474
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Peptidoglycan-N-acetylmuramic acid deacetylase PdaC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7394
ポリマ－24,4871
非ポリマー2523
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.420, 61.800, 130.990
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Peptidoglycan-N-acetylmuramic acid deacetylase PdaC / Peptidoglycan MurNAc deacetylase / Polysaccharide deacetylase PdaC


分子量: 24486.746 Da / 分子数: 2 / 変異: D285S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
遺伝子: pdaC, yjeA, BSU12100 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: O34798, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 467 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.29 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.4 M Ammonium phosphate monobasic

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.26→22.11 Å / Num. obs: 120462 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 12.29 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.06804 / Rrim(I) all: 0.07441 / Net I/σ(I): 11.01
反射 シェル解像度: 1.26→1.3 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.4831 / Mean I/σ(I) obs: 1.74 / Num. unique obs: 10846 / CC1/2: 0.707 / Rrim(I) all: 0.595 / % possible all: 89

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2219: ???)精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6H8L

6h8l


解像度: 1.26→22.116 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.04 / 位相誤差: 17.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1745 11264 4.92 %Random selection
Rwork0.16 ---
obs0.1607 114541 97.59 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.26→22.116 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3254 0 29 467 3750
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073431
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9774668
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.6591329
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074522
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006604
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.26-1.27430.31962950.32445574X-RAY DIFFRACTION76
1.2743-1.28930.31713430.31516230X-RAY DIFFRACTION83
1.2893-1.3050.29773350.30826589X-RAY DIFFRACTION89
1.305-1.32160.30113570.28936913X-RAY DIFFRACTION93
1.3216-1.33890.30193750.27527150X-RAY DIFFRACTION96
1.3389-1.35730.25653630.25747246X-RAY DIFFRACTION98
1.3573-1.37670.25273940.2477370X-RAY DIFFRACTION99
1.3767-1.39720.25074090.23087402X-RAY DIFFRACTION100
1.3972-1.4190.22773620.21947477X-RAY DIFFRACTION100
1.419-1.44230.23224000.2047408X-RAY DIFFRACTION100
1.4423-1.46720.21453960.1927408X-RAY DIFFRACTION100
1.4672-1.49380.20433680.1887480X-RAY DIFFRACTION100
1.4938-1.52260.19643890.18217392X-RAY DIFFRACTION100
1.5226-1.55360.19274460.17047332X-RAY DIFFRACTION100
1.5536-1.58740.18833980.16717464X-RAY DIFFRACTION100
1.5874-1.62430.16793950.15467403X-RAY DIFFRACTION100
1.6243-1.66490.16793440.15317478X-RAY DIFFRACTION100
1.6649-1.70990.14573540.14847423X-RAY DIFFRACTION100
1.7099-1.76020.15454020.14217468X-RAY DIFFRACTION100
1.7602-1.8170.1734150.14367349X-RAY DIFFRACTION100
1.817-1.88190.15173860.14347423X-RAY DIFFRACTION100
1.8819-1.95720.17193960.13867405X-RAY DIFFRACTION100
1.9572-2.04630.14363700.1377462X-RAY DIFFRACTION100
2.0463-2.15410.15713850.13317402X-RAY DIFFRACTION100
2.1541-2.28890.13053710.12897417X-RAY DIFFRACTION100
2.2889-2.46540.16553340.13577473X-RAY DIFFRACTION100
2.4654-2.71310.16183910.14367393X-RAY DIFFRACTION100
2.7131-3.10480.16383970.14897454X-RAY DIFFRACTION100
3.1048-3.90820.14973470.14977403X-RAY DIFFRACTION99
3.9082-22.11980.17063470.15357430X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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