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- PDB-5vo5: Crystal structure of Lgd-Shrub complex, single chain fusion -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vo5
タイトルCrystal structure of Lgd-Shrub complex, single chain fusion
要素Coiled-coil and C2 domain-containing protein 1-like,GH13992p
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ESCRT
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of intralumenal vesicle formation / cytoplasmic side of apical plasma membrane / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / imaginal disc-derived wing vein morphogenesis / sensory organ precursor cell division / fusome / Macroautophagy / wing disc morphogenesis / contractile ring ...positive regulation of intralumenal vesicle formation / cytoplasmic side of apical plasma membrane / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / imaginal disc-derived wing vein morphogenesis / sensory organ precursor cell division / fusome / Macroautophagy / wing disc morphogenesis / contractile ring / compound eye development / female germ-line stem cell asymmetric division / phosphatidylinositol phosphate binding / ESCRT III complex / sensory organ development / endosome transport via multivesicular body sorting pathway / late endosome to vacuole transport via multivesicular body sorting pathway / apicolateral plasma membrane / vesicle budding from membrane / proximal dendrite / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / endosomal transport / neuron remodeling / dendrite morphogenesis / mitotic cytokinesis / negative regulation of Notch signaling pathway / Notch signaling pathway / multivesicular body / intracellular protein transport / autophagy / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / cytoplasmic side of plasma membrane / midbody / cell cortex / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / endosome membrane / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / symbiont entry into host cell / neuronal cell body / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Domain of unknown function DM14 / Freud, C2 domain / Coiled-coil and C2 domain-containing protein 1 / Coiled-coil and C2 domain-containing protein 1, DM14 domain / Repeats in fly CG4713, worm Y37H9A.3 and human FLJ20241. / Snf7 family / Snf7 / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain ...Domain of unknown function DM14 / Freud, C2 domain / Coiled-coil and C2 domain-containing protein 1 / Coiled-coil and C2 domain-containing protein 1, DM14 domain / Repeats in fly CG4713, worm Y37H9A.3 and human FLJ20241. / Snf7 family / Snf7 / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / C2 domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Charged multivesicular body protein 4 / Coiled-coil and C2 domain-containing protein 1-like
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.004 Å
データ登録者McMillan, B.J. / Seegar, T.C.M. / Blacklow, S.C.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2017
タイトル: Structural Basis for Regulation of ESCRT-III Complexes by Lgd.
著者: McMillan, B.J. / Tibbe, C. / Drabek, A.A. / Seegar, T.C.M. / Blacklow, S.C. / Klein, T.
履歴
登録2017年5月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Coiled-coil and C2 domain-containing protein 1-like,GH13992p


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,9071
ポリマ－20,9071
非ポリマー00
水1,22568
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Coiled-coil and C2 domain-containing protein 1-like,GH13992p

A: Coiled-coil and C2 domain-containing protein 1-like,GH13992p


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8132
ポリマ－41,8132
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_657-x+1,y,-z+21
Buried area1470 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area23290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.970, 26.990, 82.840
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 125.95, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Coiled-coil and C2 domain-containing protein 1-like,GH13992p / Lethal giant disks protein / Shrub


分子量: 20906.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: l(2)gd1, lgd, CG4713, shrb, Vps32, CG8055, Dmel_CG8055
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9VKJ9, UniProt: Q8T0Q4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.02 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 18% PEG 3350 0.1 M sodium citrate pH 5.5 Cryopreserved using 20% glycerol, 25% PEG 3350, 0.1 M sodium citrate 5.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.004→48.97 Å / Num. obs: 27084 / % possible obs: 97.36 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.06595 / Net I/σ(I): 11.44
反射 シェル解像度: 2.004→2.076 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 1.549 / Mean I/σ(I) obs: 0.95 / Num. unique obs: 1428 / CC1/2: 0.365 / Rpim(I) all: 0.9336 / % possible all: 93.85

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5VNY, 5J45

5vny

5j45


解像度: 2.004→48.967 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.44
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2688 2698 9.96 %
Rwork0.2404 --
obs0.2432 27084 95.02 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.004→48.967 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1408 0 0 68 1476
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0011420
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.3581899
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.008910
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03213
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002250
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0041-2.04060.37541310.37651192X-RAY DIFFRACTION88
2.0406-2.07980.39181360.36911262X-RAY DIFFRACTION91
2.0798-2.12230.37061440.36411313X-RAY DIFFRACTION99
2.1223-2.16840.38681420.34421284X-RAY DIFFRACTION97
2.1684-2.21880.3381450.33711277X-RAY DIFFRACTION93
2.2188-2.27430.36591440.32211272X-RAY DIFFRACTION93
2.2743-2.33580.36781370.30361261X-RAY DIFFRACTION94
2.3358-2.40460.38681490.30231306X-RAY DIFFRACTION97
2.4046-2.48220.29421420.27911287X-RAY DIFFRACTION94
2.4822-2.57090.30051450.26351275X-RAY DIFFRACTION98
2.5709-2.67380.31251490.28071344X-RAY DIFFRACTION96
2.6738-2.79550.2731410.26261258X-RAY DIFFRACTION96
2.7955-2.94280.21291380.25831293X-RAY DIFFRACTION95
2.9428-3.12720.27791380.25261256X-RAY DIFFRACTION93
3.1272-3.36860.2661460.24991319X-RAY DIFFRACTION97
3.3686-3.70750.23281430.20911300X-RAY DIFFRACTION98
3.7075-4.24370.24361360.19031284X-RAY DIFFRACTION95
4.2437-5.34560.25341470.19681323X-RAY DIFFRACTION95
5.3456-48.98150.21861450.20931280X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.29051.1448-2.42881.9548-0.91093.2323-0.1181-2.5538-0.47450.5585-0.3852-0.17540.02691.98930.45510.51750.1208-0.03431.25110.25230.531323.93382.485716.0172
27.7145-3.5559-6.79245.06916.29069.4269-0.41760.555-0.69210.2383-0.24060.32021.4399-0.59150.62630.3901-0.0174-0.03950.2186-0.00460.44016.1942-1.90299.123
31.14420.09860.06721.2662-1.45216.05610.13950.2672-0.00340.191-0.0032-0.0581-1.34460.2444-0.10510.28340.0172-0.05030.28770.00620.317511.22580.578817.8226
44.4092.71182.28334.28263.12252.9828-0.56830.4616-0.2509-0.0288-0.47760.3405-1.5806-2.11350.93970.54050.2184-0.13990.8228-0.09490.61657.8694-4.51477.8448
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 76 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 77 through 112 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 113 through 174 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 175 through 190 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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