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- PDB-5vlp: PCSK9 complex with LDLR antagonist peptide and Fab7G7 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vlp
タイトルPCSK9 complex with LDLR antagonist peptide and Fab7G7
要素
  • Fab7G7 heavy chain
  • Fab7G7 light chain
  • LDLR antagonist peptide
  • Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9
キーワードHYDROLASE / immunoglobulin / proprotein convertase / antagonist
機能・相同性
機能・相同性情報


low-density lipoprotein particle receptor catabolic process / : / negative regulation of receptor-mediated endocytosis involved in cholesterol transport / extrinsic component of external side of plasma membrane / PCSK9-LDLR complex / PCSK9-AnxA2 complex / : / negative regulation of receptor recycling / apolipoprotein receptor binding / very-low-density lipoprotein particle binding ...low-density lipoprotein particle receptor catabolic process / : / negative regulation of receptor-mediated endocytosis involved in cholesterol transport / extrinsic component of external side of plasma membrane / PCSK9-LDLR complex / PCSK9-AnxA2 complex / : / negative regulation of receptor recycling / apolipoprotein receptor binding / very-low-density lipoprotein particle binding / negative regulation of low-density lipoprotein particle clearance / low-density lipoprotein particle binding / positive regulation of low-density lipoprotein particle receptor catabolic process / LDL clearance / lipoprotein metabolic process / very-low-density lipoprotein particle receptor binding / negative regulation of receptor internalization / : / regulation of signaling receptor activity / endolysosome membrane / sodium channel inhibitor activity / signaling receptor inhibitor activity / lysosomal transport / triglyceride metabolic process / low-density lipoprotein particle receptor binding / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / protein autoprocessing / positive regulation of receptor internalization / apolipoprotein binding / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / regulation of neuron apoptotic process / phospholipid metabolic process / neurogenesis / cholesterol metabolic process / VLDLR internalisation and degradation / cholesterol homeostasis / liver development / cellular response to starvation / kidney development / Post-translational protein phosphorylation / cellular response to insulin stimulus / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / neuron differentiation / positive regulation of neuron apoptotic process / late endosome / early endosome / lysosome / endoplasmic reticulum lumen / lysosomal membrane / serine-type endopeptidase activity / apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / cell surface / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / extracellular space / RNA binding / extracellular region / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9 / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9, C-terminal domain 3 / Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9, C-terminal domain 2 / Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9, C-terminal domain 1 / Proprotein convertase subtilisin-like/kexin type 9 C-terminal domain / Proprotein convertase subtilisin-like/kexin type 9 C-terminal domain / Proprotein convertase subtilisin-like/kexin type 9 C-terminal domain / Proteinase K-like catalytic domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 ...Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9 / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9, C-terminal domain 3 / Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9, C-terminal domain 2 / Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9, C-terminal domain 1 / Proprotein convertase subtilisin-like/kexin type 9 C-terminal domain / Proprotein convertase subtilisin-like/kexin type 9 C-terminal domain / Proprotein convertase subtilisin-like/kexin type 9 C-terminal domain / Proteinase K-like catalytic domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase inhibitor I9 / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / Peptidase S8/S53 domain / : / : / Peptidase S8, subtilisin-related / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Subtilase family / Peptidase S8/S53 domain / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Alpha-Beta Plaits / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Jelly Rolls / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MAb 6H10 light chain / Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Eigenbrot, C. / Ultsch, M.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-05CH11231 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-06CH11357 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM103393 米国
引用ジャーナル: Nat. Struct. Mol. Biol. / 年: 2017
タイトル: Discovery of a cryptic peptide-binding site on PCSK9 and design of antagonists.
著者: Zhang, Y. / Ultsch, M. / Skelton, N.J. / Burdick, D.J. / Beresini, M.H. / Li, W. / Kong-Beltran, M. / Peterson, A. / Quinn, J. / Chiu, C. / Wu, Y. / Shia, S. / Moran, P. / Di Lello, P. / ...著者: Zhang, Y. / Ultsch, M. / Skelton, N.J. / Burdick, D.J. / Beresini, M.H. / Li, W. / Kong-Beltran, M. / Peterson, A. / Quinn, J. / Chiu, C. / Wu, Y. / Shia, S. / Moran, P. / Di Lello, P. / Eigenbrot, C. / Kirchhofer, D.
履歴
登録2017年4月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32017年10月18日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42019年12月4日Group: Author supporting evidence / Source and taxonomy / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_entity_src_syn
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.62023年11月15日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9
H: Fab7G7 heavy chain
L: Fab7G7 light chain
Z: LDLR antagonist peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,3196
ポリマ－125,2734
非ポリマー462
水1086
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7730 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area43120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.865, 142.168, 239.365
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#2: 抗体 Fab7G7 heavy chain


分子量: 24117.857 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell (発現宿主): hybridoma / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体 Fab7G7 light chain


分子量: 23659.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: LC / Cell (発現宿主): hybridoma / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: A0A0U5BC76

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AZ

#1: タンパク質 Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9 / Neural apoptosis-regulated convertase 1 / NARC-1 / Proprotein convertase 9 / PC9 / Subtilisin/kexin- ...Neural apoptosis-regulated convertase 1 / NARC-1 / Proprotein convertase 9 / PC9 / Subtilisin/kexin-like protease PC9


分子量: 75566.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PCSK9, NARC1, PSEC0052 / 器官 (発現宿主): ovary
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: Q8NBP7, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#4: タンパク質・ペプチド LDLR antagonist peptide


分子量: 1929.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 2種, 8分子

#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.8 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: ammonium acetate, 1,8diaminooctane

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月29日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→70.6 Å / Num. obs: 42267 / Biso Wilson estimate: 63.48 Å2
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 6.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Rsym value: 0.781 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.6精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2QTW

2qtw


解像度: 2.9→70.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.897 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.416 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.394 / SU Rfree Blow DPI: 0.253 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.26
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.209 2164 5.12 %RANDOM
Rwork0.171 ---
obs0.173 42267 99.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 53.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--16.4194 Å20 Å20 Å2
2--4.7849 Å20 Å2
3---11.6344 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.32 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.9→70.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7791 0 17 6 7814
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0097992HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1710862HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2667SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes163HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1183HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7992HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.99
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.33
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1055SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8719SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 167 5.44 %
Rwork0.226 2904 -
all0.229 3071 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8775-0.21920.59972.31660.09413.58620.05820.0454-0.1171-0.31480.0250.12920.12080.2284-0.0832-0.0888-0.0486-0.0144-0.069-0.0246-0.1613-13.0359-13.3103-90.1176
21.6406-0.70560.52552.96211.0864.2249-0.06750.00720.24190.1692-0.0937-0.0617-0.0011-0.29620.16120.0146-0.0816-0.152-0.1046-0.0193-0.1988-21.7584-23.457-122.53
32.61731.70390.53626.41632.89124.3951-0.08810.1669-0.0103-0.2021-0.12810.3463-0.06060.07360.2162-0.10090.03240.0843-0.1055-0.0148-0.048-33.1944-53.4354-55.0852
40.82820.2959-0.56822.0151-0.14911.97910.0568-0.14920.07910.3632-0.11330.1913-0.0713-0.01810.0565-0.0323-0.02870.0842-0.06080.0338-0.0864-30.8477-31.6681-36.6186
53.8520.5542-1.3713.65770.65314.9567-0.01750.2849-0.2973-0.1351-0.10620.01840.1570.10870.1237-0.0925-0.05180.0333-0.07760.0432-0.0945-14.0207-23.0118-58.2793
62.6527-1.03610.35343.3923-0.0071.4995-0.0298-0.02890.00280.1502-0.0071-0.0629-0.04460.03320.037-0.0144-0.0416-0.0030.0353-0.0109-0.1217-8.6596-10.9117-68.2915
71.51510.29261.33182.6678-1.70814.88920.0207-0.0340.16280.2234-0.0185-0.3153-0.26570.32-0.00220.0344-0.10530.0254-0.0792-0.0272-0.1158-8.8545-9.2607-51.4256
81.73670.66991.5540.20540.39220.81420.0023-0.0750.08530.0541-0.0114-0.0624-0.05540.11440.00910.1867-0.06890.1030.0304-0.1129-0.1985-26.0227-17.3295-24.398
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{L|1 - L|106 H|1 - H|123}
2X-RAY DIFFRACTION2{L|107 - L|214 H|124 - H|222}
3X-RAY DIFFRACTION3{A|61 - A|145}
4X-RAY DIFFRACTION4{A|146 - A|446}
5X-RAY DIFFRACTION5{A|453 - A|530}
6X-RAY DIFFRACTION6{A|531 - A|604}
7X-RAY DIFFRACTION7{A|605 - A|682}
8X-RAY DIFFRACTION8{Z|-6 - Z|10}

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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