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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5vku | |||||||||||||||||||||
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タイトル | An atomic structure of the human cytomegalovirus (HCMV) capsid with its securing layer of pp150 tegument protein | |||||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | VIRUS / icosahedral / capsid / tegument / Herpesvirus | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell viral assembly compartment / T=16 icosahedral viral capsid / viral tegument / viral capsid assembly / host cell cytoplasmic vesicle / viral process / viral capsid / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell nucleus / structural molecule activity / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | Human cytomegalovirus (ヘルペスウイルス) | |||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Yu, X. / Jih, J. / Jiang, J. / Zhou, H. | |||||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 6件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2017 タイトル: Atomic structure of the human cytomegalovirus capsid with its securing tegument layer of pp150. 著者: Xuekui Yu / Jonathan Jih / Jiansen Jiang / Z Hong Zhou / 要旨: Herpesviruses possess a genome-pressurized capsid. The 235-kilobase genome of human cytomegalovirus (HCMV) is by far the largest of any herpesvirus, yet it has been unclear how its capsid, which is ...Herpesviruses possess a genome-pressurized capsid. The 235-kilobase genome of human cytomegalovirus (HCMV) is by far the largest of any herpesvirus, yet it has been unclear how its capsid, which is similar in size to those of other herpesviruses, is stabilized. Here we report a HCMV atomic structure consisting of the herpesvirus-conserved capsid proteins MCP, Tri1, Tri2, and SCP and the HCMV-specific tegument protein pp150-totaling ~4000 molecules and 62 different conformers. MCPs manifest as a complex of insertions around a bacteriophage HK97 gp5-like domain, which gives rise to three classes of capsid floor-defining interactions; triplexes, composed of two "embracing" Tri2 conformers and a "third-wheeling" Tri1, fasten the capsid floor. HCMV-specific strategies include using hexon channels to accommodate the genome and pp150 helix bundles to secure the capsid via cysteine tetrad-to-SCP interactions. Our structure should inform rational design of countermeasures against HCMV, other herpesviruses, and even HIV/AIDS. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5vku.cif.gz | 5.9 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5vku.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 5vku.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5vku_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5vku_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5vku_validation.xml.gz | 637.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5vku_validation.cif.gz | 1023.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/5vku ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/5vku | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 60
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| x 5
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| x 6
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33232.418 Da / 分子数: 15 / 断片: UNP residues 1-285 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Human cytomegalovirus (strain AD169) (ヘルペスウイルス) 株: AD169 / 参照: UniProt: P08318 #2: タンパク質 | 分子量: 154048.906 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Human cytomegalovirus (strain AD169) (ヘルペスウイルス) 株: AD169 / 参照: UniProt: P16729 #3: タンパク質 | 分子量: 8495.924 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Human cytomegalovirus (strain AD169) (ヘルペスウイルス) 株: AD169 / 参照: UniProt: Q7M6N6 #4: タンパク質 | 分子量: 33071.270 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Human cytomegalovirus (strain AD169) (ヘルペスウイルス) 株: AD169 / 参照: UniProt: P16783 #5: タンパク質 | 分子量: 34635.750 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Human cytomegalovirus (strain AD169) (ヘルペスウイルス) 株: AD169 / 参照: UniProt: P16728 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Human herpesvirus 5 strain AD169 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Human cytomegalovirus (strain AD169) (ヘルペスウイルス) |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION |
ウイルス殻 | 直径: 1320 nm / 三角数 (T数): 16 |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 2.7 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) |
3次元再構成 | 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 39600 / 対称性のタイプ: POINT |