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- PDB-5vkh: Closed conformation of KcsA Y82A-F103A mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vkh
タイトルClosed conformation of KcsA Y82A-F103A mutant
要素
  • Antibody Heavy Chain
  • Antibody Light Chain
  • pH-gated potassium channel KcsA
キーワードIMMUNE SYSTEM/TRANSPORT PROTEIN / KcsA / closed / Y82A-F103A / potassium channel / IMMUNE SYSTEM-TRANSPORT PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


voltage-gated potassium channel activity / action potential / voltage-gated potassium channel complex / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Voltage-gated potassium channel / Helix Hairpins - #70 / Potassium channel domain / Ion channel / Helix Hairpins / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1EM / NONAN-1-OL / : / pH-gated potassium channel KcsA
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces lividans (バクテリア)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Cuello, L.G. / Perozo, E. / Cortes, D.M.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U54 GM087519 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1RO1GM097159-01A1 米国
Welch FoundationBI-1757 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: The gating cycle of a K+ channel at atomic resolution.
著者: Cuello, L.G. / Cortes, D.M. / Perozo, E.
履歴
登録2017年4月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.22018年4月18日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antibody Heavy Chain
B: Antibody Light Chain
C: pH-gated potassium channel KcsA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,47911
ポリマ－57,6583
非ポリマー8228
水5,459303
1
A: Antibody Heavy Chain
B: Antibody Light Chain
C: pH-gated potassium channel KcsA
ヘテロ分子

A: Antibody Heavy Chain
B: Antibody Light Chain
C: pH-gated potassium channel KcsA
ヘテロ分子

A: Antibody Heavy Chain
B: Antibody Light Chain
C: pH-gated potassium channel KcsA
ヘテロ分子

A: Antibody Heavy Chain
B: Antibody Light Chain
C: pH-gated potassium channel KcsA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)233,91644
ポリマ－230,63012
非ポリマー3,28632
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_775-x+2,-y+2,z1
crystal symmetry operation3_755-y+2,x,z1
crystal symmetry operation4_575y,-x+2,z1
Buried area36390 Å2
ΔGint-214 kcal/mol
Surface area86600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)155.737, 155.737, 76.225
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-1002-

K

21C-1003-

K

31C-1004-

K

41C-1005-

K

51C-1006-

K

61C-1007-

K

71C-1120-

HOH

81C-1135-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質 pH-gated potassium channel KcsA / Streptomyces lividans K+ channel / SKC1


分子量: 10810.544 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces lividans (バクテリア)
遺伝子: kcsA, skc1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A334

-
抗体 , 2種, 2分子 AB

#1: 抗体 Antibody Heavy Chain


分子量: 23411.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 Antibody Light Chain


分子量: 23435.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)

-
非ポリマー , 4種, 311分子

#4: 化合物 ChemComp-F09 / NONAN-1-OL / 1-ノナノ-ル


分子量: 144.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H20O
#5: 化合物 ChemComp-1EM / (1S)-2-HYDROXY-1-[(NONANOYLOXY)METHYL]ETHYL MYRISTATE


分子量: 442.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H50O5
#6: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 303 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: PEG400 , 50 mM magnesium acetate, 50 mM sodium acetate
PH範囲: 5.4-6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-ID-B / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2009年6月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→42.91 Å / Num. obs: 42773 / % possible obs: 98.43 % / 冗長度: 4.7 % / Net I/σ(I): 5.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.25→42.907 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.74
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2031 1532 3.58 %
Rwork0.1742 --
obs0.1752 42766 98.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→42.907 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4036 0 47 303 4386
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014177
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0545694
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.7572460
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058649
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006718
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.25-2.32260.23641330.21763462X-RAY DIFFRACTION91
2.3226-2.40560.24331370.20643695X-RAY DIFFRACTION98
2.4056-2.50190.25341370.18753726X-RAY DIFFRACTION99
2.5019-2.61580.22511410.18133762X-RAY DIFFRACTION99
2.6158-2.75370.20151390.17563754X-RAY DIFFRACTION99
2.7537-2.92620.23821360.17763772X-RAY DIFFRACTION99
2.9262-3.1520.19831430.17413807X-RAY DIFFRACTION100
3.152-3.46910.18971380.1763769X-RAY DIFFRACTION99
3.4691-3.97080.18591420.16333789X-RAY DIFFRACTION100
3.9708-5.00160.20311430.15123811X-RAY DIFFRACTION100
5.0016-42.91470.18041430.18213887X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 135.9144 Å / Origin y: 128.0215 Å / Origin z: -8.8606 Å
111213212223313233
T0.274 Å2-0.0945 Å2-0.028 Å2-0.2813 Å20.0198 Å2--0.2611 Å2
L0.9404 °20.6091 °2-1.134 °2-0.8306 °2-0.8752 °2--1.8589 °2
S-0.0385 Å °-0.0999 Å °-0.1835 Å °0.0365 Å °-0.0178 Å °0.0208 Å °0.2744 Å °-0.1784 Å °0.0568 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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