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- PDB-5vkc: Crystal structure of MCL-1 in complex with a BIM competitive inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vkc
タイトルCrystal structure of MCL-1 in complex with a BIM competitive inhibitor
要素Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
キーワードsignaling protein/inhibitor / MCL-1 / signaling protein-inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / cell fate determination / cellular homeostasis / channel activity / mitochondrial fusion / Bcl-2 family protein complex / BH domain binding / BH3 domain binding / negative regulation of anoikis / protein transmembrane transporter activity ...positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / cell fate determination / cellular homeostasis / channel activity / mitochondrial fusion / Bcl-2 family protein complex / BH domain binding / BH3 domain binding / negative regulation of anoikis / protein transmembrane transporter activity / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / negative regulation of autophagy / release of cytochrome c from mitochondria / response to cytokine / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / regulation of apoptotic process / mitochondrial outer membrane / positive regulation of apoptotic process / protein heterodimerization activity / DNA damage response / negative regulation of apoptotic process / mitochondrion / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Apoptosis regulator, Mcl-1 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions ...Apoptosis regulator, Mcl-1 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl-2 family / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Bcl2-like / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9EA / Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.31 Å
データ登録者Judge, R.A. / Souers, A.J.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2015
タイトル: Structure-guided design of a series of MCL-1 inhibitors with high affinity and selectivity.
著者: Bruncko, M. / Wang, L. / Sheppard, G.S. / Phillips, D.C. / Tahir, S.K. / Xue, J. / Erickson, S. / Fidanze, S. / Fry, E. / Hasvold, L. / Jenkins, G.J. / Jin, S. / Judge, R.A. / Kovar, P.J. / ...著者: Bruncko, M. / Wang, L. / Sheppard, G.S. / Phillips, D.C. / Tahir, S.K. / Xue, J. / Erickson, S. / Fidanze, S. / Fry, E. / Hasvold, L. / Jenkins, G.J. / Jin, S. / Judge, R.A. / Kovar, P.J. / Madar, D. / Nimmer, P. / Park, C. / Petros, A.M. / Rosenberg, S.H. / Smith, M.L. / Song, X. / Sun, C. / Tao, Z.F. / Wang, X. / Xiao, Y. / Zhang, H. / Tse, C. / Leverson, J.D. / Elmore, S.W. / Souers, A.J.
履歴
登録2017年4月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月23日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.type
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
B: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,94514
ポリマ－35,7652
非ポリマー2,18012
水2,234124
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1440 Å2
ΔGint-229 kcal/mol
Surface area16330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.920, 63.920, 91.400
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質 Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 / Bcl-2-like protein 3 / Bcl2-L-3 / Bcl-2-related protein EAT/mcl1 / mcl1/EAT


分子量: 17882.391 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MCL1, BCL2L3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07820
#2: 化合物 ChemComp-9EA / 7-(3-{[4-(4-acetylpiperazin-1-yl)phenoxy]methyl}-1,5-dimethyl-1H-pyrazol-4-yl)-3-{3-[(naphthalen-1-yl)oxy]propyl}-1-[(pyridin-3-yl)methyl]-1H-indole-2-carboxylic acid


分子量: 762.895 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C46H46N6O5
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.47 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.8
詳細: 7%(w/v) PEG 8000, 0.1M Tris-HCl, pH 8.8, 0.2M zinc acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→500 Å / Num. obs: 18293 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 46.53 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Χ2: 1.368 / Net I/σ(I): 11.3 / Num. measured all: 89320
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsΧ2Diffraction-ID% possible all
2.3-2.382.30.4621.602197.1
2.38-2.483.10.4231.26198.7
2.48-2.5940.3881.449199.6
2.59-2.734.80.3411.2131100
2.73-2.95.40.2581.4161100
2.9-3.125.70.2041.3821100
3.12-3.445.80.1421.3341100
3.44-3.935.90.1121.3691100
3.93-4.965.90.0961.3371100
4.96-5005.80.081.431199.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
BUSTER2.11.7精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
DENZOデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.31→22.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.267 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.255 / SU Rfree Blow DPI: 0.188 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.193
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 933 5.13 %RANDOM
Rwork0.201 ---
obs0.202 18180 99.4 %-
原子変位パラメータBiso max: 148.89 Å2 / Biso mean: 49.95 Å2 / Biso min: 25.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.5755 Å20 Å20 Å2
2---3.5755 Å20 Å2
3---7.1509 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.3 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.31→22.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2324 0 124 124 2572
Biso mean--41.09 55.52 -
残基数----288
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d898SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes58HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes418HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2526HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd5SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion304SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2908SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2526HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3426HARMONIC21.08
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.34
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.45
LS精密化 シェル解像度: 2.31→2.45 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.237 141 4.88 %
Rwork0.215 2750 -
all0.216 2891 -
obs--97.34 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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