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万見
- PDB-5vjs: De Novo Photosynthetic Reaction Center Protein Equipped with Heme... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vjs
タイトルDe Novo Photosynthetic Reaction Center Protein Equipped with Heme B, a synthetic Zn porphyrin, and Zn(II) cations
要素Reaction Center Maquette
キーワードDE NOVO PROTEIN / maquette / protein design / charge separation / artificial photosynthesis
機能・相同性Chem-9D7 / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Ennist, N.M. / Dutton, P.L. / Stayrook, S.E. / Moser, C.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)DESC0001035 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: De novo protein design of photochemical reaction centers.
著者: Ennist, N.M. / Zhao, Z. / Stayrook, S.E. / Discher, B.M. / Dutton, P.L. / Moser, C.C.
履歴
登録2017年4月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月16日Group: Author supporting evidence / Data collection / Database references
カテゴリ: database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22022年8月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Reaction Center Maquette
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9548
ポリマ－22,5301
非ポリマー1,4247
水70339
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.749, 43.749, 245.737
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Reaction Center Maquette


分子量: 22530.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: de novo designed protein / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 遺伝子: designed / プラスミド: pJ414 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)

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非ポリマー , 5種, 46分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-9D7 / [4-(15-phenylporphyrin-5-yl-kappa~4~N~21~,N~22~,N~23~,N~24~)benzoato(2-)]zinc


分子量: 569.946 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H20N4O2Zn
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.86 % / 解説: octahedron
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.4 / 詳細: 3.4 M NaCl, 100 mM Na acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 1.0781, 1.2824, 1.2831
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月20日 / 詳細: Oxford Danfysik toroidal focusing mirror
放射モノクロメーター: channel cut monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.07811
21.28241
31.28311
反射解像度: 2→61.43 Å / Num. obs: 17105 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.603 % / Biso Wilson estimate: 37.05 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rrim(I) all: 0.091 / Χ2: 1.014 / Net I/σ(I): 16.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2-2.057.4090.972.5211940.8881.04198.8
2.05-2.117.8130.7413.4411960.9060.793100
2.11-2.177.8110.624.1911860.940.663100
2.17-2.247.7860.5025.1511360.970.537100
2.24-2.317.8150.4545.6511300.9710.486100
2.31-2.397.7990.35710670.9810.37599.8
2.39-2.487.7870.298.3210290.9820.3199.8
2.48-2.587.7210.21110.3510340.990.22699.9
2.58-2.77.830.19211.439390.9920.20699.8
2.7-2.837.6730.16113.169240.9940.17299.9
2.83-2.987.7670.10817.738790.9970.11699.7
2.98-3.167.6460.08821.098560.9980.09599.3
3.16-3.387.5720.06727.217920.9990.07299.2
3.38-3.657.5250.04735.837490.9990.05199.1
3.65-47.3630.03941.456810.9990.04299
4-4.477.3150.03444.56350.9990.03698.6
4.47-5.167.210.0344.645630.9990.03298.4
5.16-6.337.0160.03739.774880.9990.0497.6
6.33-8.946.8020.02747.6938810.02996
8.94-61.435.770.02749.6123910.0395.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0131精密化
XDSVERSION March 30, 2013データ削減
XSCALEVERSION July 4, 2012 BUILT=20130706データスケーリング
AutoSol位相決定
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→61.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 6.099 / SU ML: 0.163 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.205 / ESU R Free: 0.185
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2779 830 4.9 %RANDOM
Rwork0.2345 ---
obs0.2366 16280 99.33 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 103.99 Å2 / Biso mean: 40.772 Å2 / Biso min: 20.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.38 Å2-0 Å2-0 Å2
2--2.38 Å2-0 Å2
3----4.76 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→61.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1585 0 88 39 1712
Biso mean--37.31 39.72 -
残基数----196
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0191728
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.021687
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8292.0612332
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.09533881
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9475201
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.58527.592
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.18515354
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.471157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.2236
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022004
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0090.02391
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.377 52 -
Rwork0.337 1131 -
all-1183 -
obs--98.09 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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