PDB-5vjj: Crystal structure of the flax-rust effector AvrP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5vjj

タイトル

Crystal structure of the flax-rust effector AvrP

要素

Avirulence protein AvrP123

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / flax rust (Melampsora lini) effector / nuclear localisation / plant disease resistance / zinc finger

機能・相同性

Avirulence protein AvrP123

機能・相同性情報

生物種

Melampsora lini (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.52 Å

データ登録者

Zhang, X. / Ericsson, D.J. / Williams, S.J. / Kobe, B.

資金援助

オーストラリア, 1件

引用

ジャーナル: Mol. Plant Pathol. / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of the Melampsora lini effector AvrP reveals insights into a possible nuclear function and recognition by the flax disease resistance protein P.
著者: Zhang, X. / Farah, N. / Rolston, L. / Ericsson, D.J. / Catanzariti, A.M. / Bernoux, M. / Ve, T. / Bendak, K. / Chen, C. / Mackay, J.P. / Lawrence, G.J. / Hardham, A. / Ellis, J.G. / Williams, ...

履歴

登録	2017年4月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年8月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年4月25日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.2	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5vjj.cif.gz	97.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5vjj.ent.gz	75.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5vjj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5vjj_validation.pdf.gz	430.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5vjj_full_validation.pdf.gz	430.6 KB	表示
XML形式データ	5vjj_validation.xml.gz	7.2 KB	表示
CIF形式データ	5vjj_validation.cif.gz	8.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vj/5vjj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vj/5vjj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6jza-d 6i31-1 5tx2-1 1rly-d 3wmq-d 1u5m-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#87 - 2007年3月ジンクフィンガー (Zinc Fingers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Avirulence protein AvrP123

B: Avirulence protein AvrP123

ヘテロ分子

20 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Avirulence protein AvrP123

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
10 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Avirulence protein AvrP123

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
10 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.937, 88.937, 45.782
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Avirulence protein AvrP123 分子量: 9804.060 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 23-111 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Melampsora lini (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B2ZCS6
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.72 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 7.0, 22% (w/v) PEG 3350 and 0.2 M NaCl

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Australian Synchrotron

/ ビームライン: MX1 / 波長: 1.282, 1.262

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月3日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.282	1
2	1.262	1

反射

解像度: 2.52→37.01 Å / Num. obs: 6602 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.2 % / R_pim(I) all: 0.049 / R_rim(I) all: 0.182 / Net I/σ(I): 16.6

反射シェル

解像度: 2.52→2.65 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / R_rim(I) all: 0.891

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
Blu-Ice		データ収集
CRANK		位相決定
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.52→37.01 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 25.7

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2642	555	4.69 %
R_work	0.2215	-	-
obs	0.2235	6594	99.65 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.52→37.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1147	0	6	0	1153

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1202
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.761	1643
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.539	725
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	168
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	224

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5185-2.7718	0.3109	136	0.2539	2791	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7718-3.1727	0.2725	138	0.2419	2822	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1727-3.9965	0.2717	138	0.2143	2831	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9965-37.0168	0.2404	143	0.2068	2826	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6631	-0.5796	1.1846	0.4853	-0.8484	2.5379	0.0783	0.6744	0.6688	0.3831	-0.1868	0.0537	-0.3782	0.2214	-0.0267	0.3544	-0.002	0.039	0.3715	0.0652	0.2616	-17.4179	27.3276	-0.6286
2	3.809	-1.3682	-2.2556	1.7931	0.4301	1.4601	-0.4839	-0.6305	-0.6221	0.7375	0.3531	-0.3799	-0.0223	-0.278	-0.2268	0.3713	-0.0357	-0.1198	0.3908	-0.0982	0.3776	-0.893	29.9017	13.4329
3	0.9047	-0.487	-0.579	1.2703	-0.0767	0.4085	0.0128	0.1371	-0.1947	0.1116	-0.1364	-0.0611	0.1848	-0.1534	0.0176	0.1774	-0.0307	-0.0179	0.1809	-0.014	0.2372	-2.2531	20.9478	3.2798
4	3.9367	0.2991	-0.8412	9.3061	-5.2798	3.1258	-0.5258	0.0329	0.0006	1.1407	0.1917	-0.6247	0.112	0.0098	0.0413	0.4202	0.0853	0.0837	0.1786	-0.0313	0.2749	13.2849	11.1192	10.2365
5	0.9435	-0.7313	0.3016	2.4948	-0.6052	-0.2394	0.0216	-0.3969	0.0145	0.4187	0.1397	0.1099	0.1383	-0.0329	-0.0674	0.3033	0.0003	-0.0233	0.2897	0.0405	0.3068	5.1713	18.1912	7.9638
6	3.1919	-1.6209	1.9689	4.4315	-1.9196	3.7456	-0.5098	0.043	0.433	0.9611	0.6803	0.1072	0.0832	0.0357	0.0392	0.484	0.1264	0.0825	0.4424	0.0717	0.3464	7.9469	7.8937	16.6548
7	0.4914	0.3058	-0.8648	2.489	-1.6017	2.538	-0.1687	-0.7084	-0.3793	0.6385	0.4959	0.6603	-0.3874	-0.445	0.8098	0.2503	0.0988	-0.1149	0.5992	0.5616	0.5462	9.2539	-0.2403	16.5428
8	8.3973	-5.5588	0.5972	3.7761	-0.9852	4.3096	0.4207	-0.4872	0.4572	-0.5722	0.1212	0.31	-1.3006	-0.9169	0.116	0.4071	0.0594	0.1235	0.3399	-0.0352	0.7356	-2.9438	35.7428	39.7056
9	1.3367	-0.4595	0.0393	1.0921	0.2289	0.6507	-0.1835	0.2254	-0.1492	0.1129	0.3632	0.5212	-0.2088	0.0437	-0.0149	0.2156	-0.0578	0.0348	0.2918	-0.0433	0.283	7.2317	25.9353	41.0258
10	1.5397	-1.0792	-2.1117	0.7907	1.4408	2.6222	0.3915	-0.2124	0.184	-0.6983	0.0277	-0.091	-0.5558	0.2481	-0.1153	0.408	-0.021	0.0717	0.2145	-0.0284	0.2861	19.6524	30.3766	20.5416
11	1.6723	-0.9924	-1.517	0.5985	0.657	1.1222	0.0437	0.2617	-0.3162	-0.0694	-0.2012	0.1633	-0.2557	-0.098	-0.0134	0.2593	-0.0294	0.0195	0.2634	-0.0601	0.2753	13.1056	27.2787	30.337

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 26 through 32 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 33 through 40 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 41 through 53 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 54 through 58 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 59 through 89 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 90 through 96 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 97 through 102 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 28 through 32 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 33 through 58 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 59 through 70 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 71 through 102 )

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