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- PDB-6jza: Structure of Fstl1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jza
タイトルStructure of Fstl1
要素Follistatin-related protein 1
キーワードANTITUMOR PROTEIN / TGF / development / signaling / dimer
機能・相同性
機能・相同性情報


Signaling by BMP / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Post-translational protein phosphorylation / hematopoietic stem cell homeostasis / regulation of BMP signaling pathway / endothelial cell differentiation / endothelial cell migration / heparin binding / cell differentiation / calcium ion binding ...Signaling by BMP / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Post-translational protein phosphorylation / hematopoietic stem cell homeostasis / regulation of BMP signaling pathway / endothelial cell differentiation / endothelial cell migration / heparin binding / cell differentiation / calcium ion binding / negative regulation of apoptotic process / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Follistatin/Osteonectin EGF domain / Follistatin/Osteonectin-like EGF domain / Follistatin-like, N-terminal / Follistatin-N-terminal domain-like / Kazal-type serine protease inhibitor domain / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #30 / Kazal type serine protease inhibitors / Kazal domain superfamily / Kazal domain ...: / Follistatin/Osteonectin EGF domain / Follistatin/Osteonectin-like EGF domain / Follistatin-like, N-terminal / Follistatin-N-terminal domain-like / Kazal-type serine protease inhibitor domain / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #30 / Kazal type serine protease inhibitors / Kazal domain superfamily / Kazal domain / Kazal domain profile. / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Follistatin-related protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Liu, X. / Ning, W.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31870730 中国
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2019
タイトル: Structural and functional study of FK domain of Fstl1.
著者: Li, X. / Li, L. / Chang, Y. / Ning, W. / Liu, X.
履歴
登録2019年4月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Follistatin-related protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,0111
ポリマ－9,0111
非ポリマー00
水61334
1
A: Follistatin-related protein 1

A: Follistatin-related protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0232
ポリマ－18,0232
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555-x,-y,z1
Buried area2860 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area9930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.731, 45.731, 68.966
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number171
Space group name H-MP62
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-128-

HOH

21A-129-

HOH

31A-132-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Follistatin-related protein 1 / Follistatin-like protein 1 / TGF-beta-inducible protein TSC-36


分子量: 9011.317 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Fstl1, Frp, Fstl, Tsc36 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q62356
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.5, 1.2 M Sodium citrate tribasic dihydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年8月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 3669 / % possible obs: 99.89 % / 冗長度: 9.95 % / Net I/σ(I): 25.3
反射 シェル解像度: 2.3→2.37 Å / Num. unique obs: 465 / % possible all: 99.98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→26.007 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.42 / 位相誤差: 33.12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2357 159 4.33 %
Rwork0.202 --
obs0.2036 3669 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 104.57 Å2 / Biso mean: 35.12 Å2 / Biso min: 23.68 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→26.007 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数618 0 0 34 652
Biso mean---40.77 -
残基数----81
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01636
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.253848
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08389
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005111
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.845240
LS精密化 シェル解像度: 2.3003→2.37 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 1
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2357 159 -
Rwork0.202 3510 -
all-3669 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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