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万見
- PDB-1u5m: Structure of a Chordin-like Cysteine-rich Repeat (VWC module) fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1u5m
タイトルStructure of a Chordin-like Cysteine-rich Repeat (VWC module) from Collagen IIA
要素alpha 1 type II collagen isoform 1
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / 5 disulfide bonds / two sub-domain architecture / beta-sheet
機能・相同性
機能・相同性情報


collagen type II trimer / collagen type XI trimer / anterior head development / embryonic skeletal joint morphogenesis / otic vesicle development / Collagen chain trimerization / extracellular matrix structural constituent conferring tensile strength / platelet-derived growth factor binding / Extracellular matrix organization / notochord development ...collagen type II trimer / collagen type XI trimer / anterior head development / embryonic skeletal joint morphogenesis / otic vesicle development / Collagen chain trimerization / extracellular matrix structural constituent conferring tensile strength / platelet-derived growth factor binding / Extracellular matrix organization / notochord development / limb bud formation / proteoglycan metabolic process / cartilage development involved in endochondral bone morphogenesis / Collagen biosynthesis and modifying enzymes / Signaling by PDGF / MHC class II protein binding / cellular response to BMP stimulus / tissue homeostasis / endochondral ossification / NCAM1 interactions / collagen fibril organization / proteoglycan binding / cartilage development / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / MET activates PTK2 signaling / inner ear morphogenesis / cartilage condensation / roof of mouth development / Collagen degradation / basement membrane / Non-integrin membrane-ECM interactions / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / ECM proteoglycans / chondrocyte differentiation / Integrin cell surface interactions / heart morphogenesis / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / visual perception / central nervous system development / skeletal system development / sensory perception of sound / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / regulation of gene expression / : / endoplasmic reticulum lumen / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Fibrillar collagen, C-terminal / Fibrillar collagen C-terminal domain / Fibrillar collagen C-terminal non-collagenous (NC1) domain profile. / Fibrillar collagens C-terminal domain / : / von Willebrand factor type C domain / Complement Module, domain 1 / VWFC domain signature. / VWFC domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type C domain ...Fibrillar collagen, C-terminal / Fibrillar collagen C-terminal domain / Fibrillar collagen C-terminal non-collagenous (NC1) domain profile. / Fibrillar collagens C-terminal domain / : / von Willebrand factor type C domain / Complement Module, domain 1 / VWFC domain signature. / VWFC domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type C domain / VWFC domain / Complement Module; domain 1 / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Collagen alpha-1(II) chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / semi-automated assignment, torsion angle dynamics
データ登録者O'Leary, J.M. / Hamilton, J.m. / Deane, C.M. / Valeyev, N.V. / Sandell, L.J. / Downing, A.K.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Solution structure and dynamics of a prototypical chordin-like cysteine-rich repeat (von Willebrand Factor type C module) from collagen IIA
著者: O'Leary, J.M. / Hamilton, J.M. / Deane, C.M. / Valeyev, N.V. / Sandell, L.J. / Downing, A.K.
#1: ジャーナル: PROTEIN EXPR.PURIF. / 年: 2004
タイトル: Identification and removal of O-linked and non-covalently linked sugars from recombinant protein produced using Pichia pastoris
著者: O'Leary, J.M. / Radcliffe, C.M. / Willis, A.C. / Dwek, R.A. / Rudd, P.M. / Downing, A.K.
履歴
登録2004年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: alpha 1 type II collagen isoform 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,9811
ポリマ－7,9811
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 600target function
代表モデルモデル #1,2closest to the average

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要素

#1: タンパク質 alpha 1 type II collagen isoform 1 / collagen II / alpha-1 polypeptide / cartilage collagen / chondrocalcin / included / COL11A3 / formerly


分子量: 7981.009 Da / 分子数: 1 / 断片: Exon2 / 変異: T67A, T71A, S73A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: COL2A1 / プラスミド: pPICK9K-CRcolIIA / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): GS115 / 参照: UniProt: P02458
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
121HMQC-J
1312D NOESY
NMR実験の詳細Text: Sequential assignments were made using triple resonance techniques. Disulfide bond connectivity was determined using NOESY data acquired at different temperatures.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.8mM U-15N exon2; 50mM phosphate buffer; 0.02% NaN3; 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
20.8mM U-15N exon2; 50mM phosphate buffer; 0.02% NaN3; 99.9% D2O99.9% D2O
30.8mM U-15N,13C exon2; 50mM phosphate buffer; 0.02% NaN3; 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 50 mM potassium phosphate / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
GE OMEGAGEOMEGA6001
GE OMEGAGEOMEGA7502

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA1.0.6Guntert, P.構造決定
CYANA1.0.6Guntert, P.精密化
精密化手法: semi-automated assignment, torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 600 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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