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- PDB-5vji: Crystal structure of the CLOCK Transcription Domain Exon19 in Com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vji
タイトルCrystal structure of the CLOCK Transcription Domain Exon19 in Complex with a Repressor
要素
  • CLOCK-interacting pacemaker
  • Circadian locomoter output cycles protein kaput
キーワードTRANSCRIPTION / circadian rhythm / CLOCK protein / transcription activation / repressor / coiled coil / CIPC / circadian clock
機能・相同性
機能・相同性情報


CLOCK-BMAL transcription complex / regulation of hair cycle / negative regulation of glucocorticoid receptor signaling pathway / regulation of type B pancreatic cell development / negative regulation of circadian rhythm / perichromatin fibrils / chromatoid body / E-box binding / positive regulation of circadian rhythm / response to redox state ...CLOCK-BMAL transcription complex / regulation of hair cycle / negative regulation of glucocorticoid receptor signaling pathway / regulation of type B pancreatic cell development / negative regulation of circadian rhythm / perichromatin fibrils / chromatoid body / E-box binding / positive regulation of circadian rhythm / response to redox state / protein acetylation / regulation of insulin secretion / histone acetyltransferase activity / histone acetyltransferase / DNA damage checkpoint signaling / regulation of circadian rhythm / cellular response to ionizing radiation / circadian regulation of gene expression / circadian rhythm / chromatin DNA binding / positive regulation of inflammatory response / rhythmic process / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / spermatogenesis / transcription regulator complex / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein dimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Clock-interacting pacemaker / Clock interacting protein circadian / : / Nuclear translocator / Helix-loop-helix DNA-binding domain / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / helix loop helix domain ...Clock-interacting pacemaker / Clock interacting protein circadian / : / Nuclear translocator / Helix-loop-helix DNA-binding domain / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Circadian locomoter output cycles protein kaput / CLOCK-interacting pacemaker
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Hou, Z. / Su, L. / Pei, J. / Grishin, N.V. / Zhang, H.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM104496 米国
Welch FoundationI1505 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Crystal Structure of the CLOCK Transactivation Domain Exon19 in Complex with a Repressor.
著者: Hou, Z. / Su, L. / Pei, J. / Grishin, N.V. / Zhang, H.
履歴
登録2017年4月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22017年8月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32017年9月6日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Circadian locomoter output cycles protein kaput
B: Circadian locomoter output cycles protein kaput
C: CLOCK-interacting pacemaker
D: Circadian locomoter output cycles protein kaput
E: Circadian locomoter output cycles protein kaput
F: CLOCK-interacting pacemaker


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1966
ポリマ－39,1966
非ポリマー00
水2,126118
1
A: Circadian locomoter output cycles protein kaput
B: Circadian locomoter output cycles protein kaput
C: CLOCK-interacting pacemaker


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5983
ポリマ－19,5983
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4680 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area9870 Å2
手法PISA
2
D: Circadian locomoter output cycles protein kaput
E: Circadian locomoter output cycles protein kaput
F: CLOCK-interacting pacemaker


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5983
ポリマ－19,5983
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5010 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area9580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)24.339, 77.585, 150.363
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Circadian locomoter output cycles protein kaput / mCLOCK


分子量: 6196.404 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP Residues 516-560 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Clock / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O08785, histone acetyltransferase
#2: タンパク質 CLOCK-interacting pacemaker / CLOCK-interacting circadian protein


分子量: 7205.107 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 352-414 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cipc, Kiaa1737 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8R0W1
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.63 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.3 / 詳細: 100mM Bis-tris pH7.3 27% PEG2000MME 1% beat-DDM

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97929 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→50 Å / Num. obs: 24841 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 9.2 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 28.6
反射 シェル解像度: 1.86→1.89 Å / 冗長度: 4.9 % / % possible all: 90.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.86→28.04 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.03 / 位相誤差: 29.82
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2802 2128 5.05 %
Rwork0.2139 --
obs0.2174 22684 91.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.86→28.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2409 0 0 118 2527
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0122461
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1693289
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.5421591
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057377
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007432
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.86-1.90330.2767860.29721488X-RAY DIFFRACTION52
1.9033-1.95090.4149790.27141898X-RAY DIFFRACTION65
1.9509-2.00360.31861300.23762224X-RAY DIFFRACTION75
2.0036-2.06250.32261500.22912520X-RAY DIFFRACTION88
2.0625-2.12910.31811320.23422865X-RAY DIFFRACTION98
2.1291-2.20510.29611420.21872959X-RAY DIFFRACTION99
2.2051-2.29340.28411580.21452841X-RAY DIFFRACTION99
2.2934-2.39770.29981250.19972960X-RAY DIFFRACTION99
2.3977-2.52410.27821440.20422873X-RAY DIFFRACTION99
2.5241-2.68210.26711390.21242941X-RAY DIFFRACTION99
2.6821-2.8890.28641430.22732887X-RAY DIFFRACTION99
2.889-3.17930.27691720.21292887X-RAY DIFFRACTION99
3.1793-3.63860.23831960.19582872X-RAY DIFFRACTION100
3.6386-4.5810.25491740.17412912X-RAY DIFFRACTION100
4.581-28.04310.31691580.24812870X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6426-1.2077-2.03232.76213.4014.8788-0.04-0.0508-0.07640.058-0.10870.13010.0662-0.20390.16930.0027-0.0105-0.00270.0431-0.03040.182515.262926.842490.0955
21.1175-0.01461.22711.2442-0.25821.4286-0.0222-0.04840.1185-0.2412-0.0426-0.1305-0.03590.507-0.1205-0.024-0.01360.00830.1385-0.04690.15623.181329.275373.3161
30.46240.2131-0.0631.59391.94633.7174-0.01480.0058-0.0684-0.304-0.10170.0902-0.2273-0.27930.2243-0.0812-0.0433-0.06310.0628-0.06890.167313.402333.310677.9561
40.63460.3294-0.11340.86030.52540.6743-0.06470.01070.0068-0.28780.0611-0.0343-0.27580.2134-0.09450.3565-0.1036-0.0290.0659-0.02370.177821.483848.995978.3312
50.98560.38760.39591.73022.58474.1739-0.11370.23670.0930.35620.12320.0985-0.3566-0.06810.1160.5150.110.02560.11980.01440.206213.271549.413161.4016
60.9945-0.574-1.32820.92851.63893.4122-0.1168-0.08980.04910.1059-0.07570.1227-0.0603-0.32890.20540.1930.0164-0.00380.1241-0.03590.149412.713543.843675.2434
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resseq 1:50)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resseq 7:48)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain C and resseq 2:63)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain D and resseq 8:49)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain E and resseq 1:49)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain F and resseq 2:63)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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