PDB-5vjf: Class II fructose-1,6-bisphosphate aldolase of Helicobacter pylor...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5vjf

タイトル

Class II fructose-1,6-bisphosphate aldolase of Helicobacter pylori with DHAP

要素

Fructose-bisphosphate aldolase

キーワード

LYASE (リアーゼ) /

Glycolysis (解糖系) /

Metalloenzyme (金属タンパク質)

機能・相同性

機能・相同性情報

tagatose-bisphosphate aldolase activity /

fructose-bisphosphate aldolase /

fructose-bisphosphate aldolase activity / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / glycolytic process / zinc ion binding /

細胞質基質
類似検索 - 分子機能

生物種

Helicobacter pylori (ピロリ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Coincon, M. / Sygusch, J.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Active site remodeling during the catalytic cycle in metal-dependent fructose-1,6-bisphosphate aldolases.
著者: Jacques, B. / Coincon, M. / Sygusch, J.

履歴

登録	2017年4月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年4月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年5月30日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5vjf.cif.gz	352.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5vjf.ent.gz	288.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5vjf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vj/5vjf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vj/5vjf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5uckC 5ucnC 5ucpC 5ucsC 5uczC 5ud0C 5ud1C 5ud2C 5ud3C 5ud4C 5vjdC 5vjeC 3c4uS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3n9r-2 5ud2-d 3n9r-3 3c56-d 5uck-d 3c52-d 5ucs-d 5ucp-d 3n9s-d 3n9r-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Fructose-bisphosphate aldolase

B: Fructose-bisphosphate aldolase

ヘテロ分子

68.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.518, 88.046, 90.811
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.39, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Fructose-bisphosphate aldolase / / FBPA / Fructose-1 / 6-bisphosphate aldolase 分子量: 33800.812 Da / 分子数: 2 / 変異: T48A, T67I / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Helicobacter pylori (strain ATCC 700392 / 26695) (ピロリ菌) 株: ATCC 700392 / 26695 / 遺伝子: fba, HP_0176 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56109, fructose-bisphosphate aldolase

#1: タンパク質

Fructose-bisphosphate aldolase /

/ FBPA / Fructose-1 / 6-bisphosphate aldolase

分子量: 33800.812 Da / 分子数: 2 / 変異: T48A, T67I / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Helicobacter pylori (strain ATCC 700392 / 26695) (ピロリ菌)
株: ATCC 700392 / 26695 / 遺伝子: fba, HP_0176 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56109,

fructose-bisphosphate aldolase

-
非ポリマー , 6種, 849分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-13P / 1,3-DIHYDROXYACETONEPHOSPHATE / ジヒドロキシアセトンリン酸 / ジヒドロキシアセトンリン酸分子量: 170.058 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₇O₆P
#7: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 840 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.49 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: PEG 8000, PEG 1000, Calcium acetate, Tris-Acetic acid buffer

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 1.0809 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2002年3月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0809 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→39.488 Å / Num. obs: 50194 / % possible obs: 91.9 % / 冗長度: 2.6 % / B_iso Wilson estimate: 15.1 Å² / R_sym value: 0.06 / Net I/σ(I): 16.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_1134	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3C4U

3c4u

解像度: 1.85→39.488 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.39

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1743	5111	10.18 %
R_work	0.1366	-	-
obs	0.1404	50194	91.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→39.488 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4552	0	32	840	5424

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	4655
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.924	6255
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.559	1750
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	694
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	812

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.871	0.2696	135	0.1892	1276	X-RAY DIFFRACTION	82
1.871-1.8931	0.2101	148	0.1845	1394	X-RAY DIFFRACTION	89
1.8931-1.9161	0.2285	173	0.1656	1418	X-RAY DIFFRACTION	91
1.9161-1.9404	0.1979	155	0.1549	1417	X-RAY DIFFRACTION	92
1.9404-1.9659	0.2023	185	0.1527	1463	X-RAY DIFFRACTION	93
1.9659-1.9929	0.2144	169	0.1557	1439	X-RAY DIFFRACTION	94
1.9929-2.0213	0.1917	168	0.1516	1418	X-RAY DIFFRACTION	93
2.0213-2.0515	0.209	157	0.1469	1504	X-RAY DIFFRACTION	94
2.0515-2.0836	0.1965	151	0.1429	1496	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0836-2.1177	0.1756	147	0.1401	1487	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1177-2.1542	0.1801	201	0.1402	1481	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1542-2.1934	0.1611	190	0.1276	1532	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1934-2.2356	0.1833	150	0.128	1498	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2356-2.2812	0.168	191	0.1358	1519	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2812-2.3308	0.1736	187	0.1323	1560	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3308-2.385	0.2009	178	0.1321	1525	X-RAY DIFFRACTION	99
2.385-2.4446	0.2048	187	0.128	1515	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4446-2.5107	0.1784	167	0.1325	1582	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5107-2.5846	0.1894	186	0.135	1538	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5846-2.668	0.1805	190	0.1317	1548	X-RAY DIFFRACTION	99
2.668-2.7633	0.1719	180	0.1323	1541	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7633-2.874	0.1735	185	0.132	1553	X-RAY DIFFRACTION	99
2.874-3.0047	0.1601	166	0.1287	1569	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0047-3.1631	0.1757	166	0.1385	1529	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1631-3.3611	0.1764	153	0.1288	1583	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3611-3.6205	0.1523	157	0.1198	1562	X-RAY DIFFRACTION	98
3.6205-3.9845	0.1313	199	0.1252	1528	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9845-4.5604	0.1437	170	0.116	1529	X-RAY DIFFRACTION	98
4.5604-5.7427	0.1406	159	0.1308	1557	X-RAY DIFFRACTION	97
5.7427-39.4965	0.2054	161	0.1831	1522	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1086	-0.0354	0.1263	0.1812	0.047	0.1937	0.0004	0.0323	-0.1759	-0.02	0.0087	0.0626	0.0572	-0.1424	0.0037	0.0207	-0.0164	0.0086	0.0713	-0.0361	0.1005	-7.9944	-13.1367	2.4407
2	0.1593	-0.0168	0.0255	0.1558	0.081	0.3124	-0.0206	-0.0182	0.0028	0.036	0.0031	0.0355	-0.0362	-0.0629	-0.2461	-0.0546	-0.0189	-0.0427	-0.0513	-0.0465	-0.0318	-2.8395	-2.3723	13.811
3	0.032	-0.009	0.0113	0.2436	0.1095	0.2198	-0.0114	-0.0086	-0.0197	0.0533	-0.0061	0.0337	0.048	-0.0435	-0.095	-0.0626	-0.0831	-0.0237	-0.0622	-0.0393	0.0134	-0.0171	-8.9775	15.1756
4	0.1759	-0.0589	-0.119	0.0791	-0.0462	0.204	0.0305	0.016	-0.0829	0.0264	0.013	-0.0775	0.0151	0.0803	-0.0223	-0.0247	-0.0419	-0.0305	0.0143	-0.0608	0.0496	13.4495	-13.2227	7.9503
5	0.609	-0.0317	0.4095	0.4495	0.0337	0.6687	-0.0533	0.0972	0.0768	-0.0555	0.0337	-0.0906	-0.0798	0.1317	-0.1469	0.0134	-0.0229	-0.0038	0.0339	0.0033	0.0431	9.5634	-6.0143	0.6228
6	0.8814	-0.3454	0.1415	0.6148	-0.0336	0.3767	0.0507	0.1173	0.0699	-0.0839	0.0125	-0.2306	-0.0183	0.1284	0.1808	0.0071	0.0018	0.0582	0.0247	-0.0766	0.0445	12.1872	-13.3137	-4.6144
7	0.9927	-0.5698	0.1582	0.37	0.1245	1.1067	0.0205	0.0353	0.179	-0.082	0.0142	-0.0506	-0.154	-0.0271	-0.2951	0.0079	-0.004	0.0431	0.0159	-0.0553	0.0481	6.2949	-3.0691	-3.4083
8	0.0495	0.0102	0.0514	0.0242	-0.02	0.1548	0.0127	0.0915	-0.0081	-0.1196	-0.0268	-0.0475	-0.0323	0.0567	-0.0834	0.1368	-0.0159	0.0444	0.1396	-0.0501	0.0814	5.3695	-6.0167	-14.3652
9	0.0969	-0.0373	-0.1342	0.1853	0.1218	0.2149	0.0427	0.0127	0.0437	-0.0732	0.0149	-0.0244	-0.1048	0.0207	0.0617	0.0558	0.0091	-0.0077	-0.0326	-0.0162	0.0359	1.6613	-5.636	-5.9101
10	0.0636	0.0223	0.0135	0.0128	-0.0181	0.0979	0.0799	0.0317	0.1451	-0.058	0.0104	-0.0006	-0.0737	-0.0113	0.1029	0.4216	0.0396	0.0502	0.0929	-0.0068	0.2268	-0.3769	13.4187	-3.6542
11	0.0622	0.004	-0.0329	0.0062	-0.0143	0.0435	0.0582	0.0758	0.0363	-0.1021	-0.0138	0.0104	-0.1563	-0.0377	0.0537	0.1674	0.0531	0.0029	0.1421	-0.0067	0.0002	-4.874	-1.1926	-14.3444
12	0.0673	-0.0491	0.0574	0.1105	-0.1065	0.1672	-0.0339	0.0054	0.0186	0.0402	0.0051	0.0128	-0.0735	-0.0228	0.0147	0.035	0.0192	-0.0121	0.0042	-0.0255	0.0229	-3.4191	1.4573	-1.1829
13	0.0077	-0.0365	0.0092	0.1716	-0.041	0.0095	-0.0242	0.0249	0.0566	-0.0403	0.0171	0.0711	-0.0615	-0.0319	-0.0637	0.1584	0.0842	-0.0119	0.0277	0.0342	0.0566	-7.2749	19.1063	12.8674
14	0.0186	-0.0026	0.017	0.0001	-0.0013	0.0144	-0.0012	0.0719	0.0926	-0.023	-0.0247	-0.088	-0.1645	0.0447	0.0004	0.2732	0.0092	0.0062	0.0967	-0.0014	0.1486	-1.8458	19.1659	6.926
15	0.0598	-0.0232	0.0059	0.0389	-0.0328	0.032	-0.0069	0.0308	0.027	-0.0525	0.0098	0.0605	-0.0664	-0.0729	0.0445	0.1278	0.081	-0.0245	0.1872	0.0211	0.0788	-11.6742	5.9056	-4.1393
16	0.1288	-0.0335	0.0789	0.1061	-0.1359	0.1915	-0.0214	0.0066	0.0732	0.0409	0.0082	0.0458	-0.0968	-0.0203	0.07	-0.0014	0.0882	-0.0137	-0.1569	0.0108	0.0136	-2.9549	9.8058	13.9201
17	0.1192	-0.0658	-0.002	0.1635	-0.0104	0.1108	-0.0095	0.0225	-0.0045	0.0293	0.0073	0.0256	-0.0432	-0.0907	0.029	0.0263	0.0422	-0.0289	0.0303	-0.0131	0.0509	-8.6714	6.124	19.2083
18	0.1396	0.0794	0.0374	0.0459	0.0214	0.0583	0.0685	-0.0294	-0.0824	0.0041	-0.0409	-0.0455	0.1485	0.0724	-0.0431	0.0497	0.0389	-0.0072	0.1033	0.0769	0.0821	12.971	-12.9658	47.1264
19	0.2054	-0.0183	0.1494	0.1702	-0.0173	0.4284	-0.0343	0.0149	-0.0143	-0.0536	-0.0129	-0.0415	-0.0202	0.1171	0.1564	-0.0151	0.0028	0.0064	0.0268	0.0195	-0.024	11.0171	-2.3872	36.2078
20	0.0219	0.0236	-0.0172	0.0717	0.0114	0.0572	-0.0068	-0.0134	0.0216	0.0041	0.011	0.0355	-0.0144	-0.0517	-0.0101	-0.0018	0.0125	-0.0374	0.0221	0.0513	0.0054	-5.8024	-1.7767	33.4216
21	0.3605	0.1284	0.0253	0.2039	-0.0877	0.2943	-0.0288	0.0437	-0.0094	-0.045	-0.0011	-0.0473	0.0271	0.0609	-0.0478	-0.0564	0.0082	0.0156	-0.0279	0.0296	0.003	7.1685	-9.9843	32.2646
22	0.0184	-0.0093	-0.0067	0.0075	-0.0056	0.028	0.0244	-0.0523	-0.0596	-0.0345	-0.0148	0.1029	-0.0106	-0.0755	-0	0.0465	-0.0053	-0.0138	0.0989	0.0269	0.0996	-7.6196	-9.8868	42.8958
23	0.5395	0.2234	0.5231	0.4334	0.1526	0.5191	-0.0206	-0.1219	0.0391	0.0565	-0.0028	0.1073	-0.0261	-0.127	-0.2224	-0.0259	0.0295	0.0048	0.0404	0.0171	0.0395	-4.5039	-5.875	48.9469
24	0.3329	0.1459	0.0963	0.7241	0.2851	0.2849	0.0559	-0.1409	0.0414	0.134	-0.0634	0.1717	0.0199	-0.1037	-0.0181	-0.0104	-0.0464	0.0657	0.0926	0.0957	0.0644	-7.0494	-13.1381	54.2393
25	1.4615	0.1609	0.1545	0.1	-0.0286	1.0549	0.0091	-0.1556	0.3031	0.0754	-0.0156	0.0824	-0.1348	-0.0365	-0.1827	0.0232	0.0142	0.0329	0.0931	0.0195	0.1196	-1.4002	-2.8975	52.882
26	0.6252	0.3786	-0.1002	0.9823	-0.1011	0.0842	0.0588	-0.3056	0.03	0.3083	0.05	0.1206	-0.0533	-0.1617	0.045	0.0822	0.0355	0.0001	0.2358	0.0708	0.0625	1.1564	-5.6675	60.7024
27	0.0021	-0.0051	0.0054	0.0071	-0.0093	0.01	0.06	-0.1233	0.1791	0.041	-0.0153	-0.0094	-0.1048	0.0494	0	0.4128	0.048	-0.0322	0.2824	-0.031	0.2082	5.3952	13.8025	52.8622
28	0.4378	-0.1142	0.1546	0.4325	-0.3119	0.3989	-0.0131	-0.2981	0.0251	0.2677	-0.0774	-0.0472	-0.2656	0.0796	-0.0324	0.1169	-0.0112	-0.0292	0.1681	0.0134	-0.0069	9.2037	0.3923	57.5297
29	0.2014	-0.0452	0.0757	0.1335	-0.1649	0.2059	-0.0134	-0.1033	0.1242	0.1172	-0.0272	0.0446	-0.137	-0.0031	0.0647	0.1876	-0.0457	-0.0723	0.0493	-0.0769	0.1202	9.5141	19.3527	39.4425
30	0.0403	0.0311	-0.0086	0.1018	0.0248	0.0147	-0.0195	-0.0439	0.0503	0.0645	-0.0155	-0.0673	-0.0569	0.0558	0.0533	0.0901	-0.0416	-0.0493	0.219	-0.0157	0.1043	16.6757	6.2225	53.6355
31	0.1374	0.1313	-0.0025	0.207	0.1134	0.1542	-0.0226	-0.0645	0.0362	-0.0891	0.0052	-0.0463	-0.1089	0.0878	0.0159	0.0204	-0.0486	-0.0295	-0.0554	0.017	0.0582	11.337	7.7153	32.3682

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 15 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 16 through 57 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 58 through 86 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 87 through 96 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 97 through 109 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 110 through 127 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 128 through 139 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 153 through 167 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 168 through 177 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 178 through 192 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 193 through 203 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 204 through 216 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 217 through 225 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'A' and (resid 226 through 237 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'A' and (resid 238 through 247 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'A' and (resid 248 through 272 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'A' and (resid 273 through 307 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 1 through 15 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 16 through 49 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resid 50 through 57 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'B' and (resid 58 through 81 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'B' and (resid 82 through 96 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'B' and (resid 97 through 109 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'B' and (resid 110 through 127 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'B' and (resid 128 through 139 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'B' and (resid 153 through 177 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'B' and (resid 178 through 192 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'B' and (resid 193 through 216 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'B' and (resid 217 through 237 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'B' and (resid 238 through 247 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'B' and (resid 248 through 307 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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