PDB-5vjd: Class II fructose-1,6-bisphosphate aldolase of Escherichia coli w...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5vjd

タイトル

Class II fructose-1,6-bisphosphate aldolase of Escherichia coli with DHAP

要素

Fructose-bisphosphate aldolase class 2

キーワード

LYASE (リアーゼ) /

Glycolysis (解糖系)

機能・相同性

機能・相同性情報

fructose-bisphosphate aldolase /

fructose-bisphosphate aldolase activity /

糖新生 / glycolytic process / protein homodimerization activity / zinc ion binding / identical protein binding /

細胞質基質
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.701 Å

データ登録者

Sygusch, J. / Coincon, M.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Active site remodeling during the catalytic cycle in metal-dependent fructose-1,6-bisphosphate aldolases.
著者: Jacques, B. / Coincon, M. / Sygusch, J.

履歴

登録	2017年4月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年4月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年5月30日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5vjd.cif.gz	405.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5vjd.ent.gz	336.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5vjd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vj/5vjd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vj/5vjd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5uckC 5ucnC 5ucpC 5ucsC 5uczC 5ud0C 5ud1C 5ud2C 5ud3C 5ud4C 5vjeC 5vjfC 1b57S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5vje-d 5gk7-d 1gyn-1 5gk3-d 1b57-d 5y7p-2 2iuc-d 3sni-d 3v98-2 5hke-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Fructose-bisphosphate aldolase class 2

B: Fructose-bisphosphate aldolase class 2

ヘテロ分子

78.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.174, 71.454, 88.185
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 108.94, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Fructose-bisphosphate aldolase class 2 / FBPA / Fructose-1 / 6-bisphosphate aldolase / Fructose-bisphosphate aldolase class II 分子量: 39059.957 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: fbaA, fba, fda, b2925, JW2892 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AB71, fructose-bisphosphate aldolase
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-13P / 1,3-DIHYDROXYACETONEPHOSPHATE / ジヒドロキシアセトンリン酸 / ジヒドロキシアセトンリン酸分子量: 170.058 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₇O₆P
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 971 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.6 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: PEG 4000, MgCl2, Hepes buffer

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 1.0809 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2002年3月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0809 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.701→39.871 Å / Num. obs: 72711 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 14.9 Å² / R_sym value: 0.08 / Net I/σ(I): 19

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1B57

1b57

解像度: 1.701→39.871 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.65 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1725	2977	4.1 %
R_work	0.1475	-	-
obs	0.1485	72643	98.5 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.701→39.871 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5284	0	26	971	6281

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	5457
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.715	7407
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.304	3237
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	818
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	959

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7012-1.7291	0.3336	119	0.3261	2762	X-RAY DIFFRACTION	82
1.7291-1.7589	0.2917	138	0.3021	3276	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7589-1.7909	0.295	139	0.2571	3303	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7909-1.8253	0.2377	138	0.2387	3289	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8253-1.8626	0.2622	141	0.2263	3325	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8626-1.9031	0.2249	143	0.2052	3347	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9031-1.9474	0.2251	141	0.1935	3299	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9474-1.9961	0.1774	141	0.1715	3341	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9961-2.05	0.1884	146	0.1579	3340	X-RAY DIFFRACTION	99
2.05-2.1104	0.192	142	0.1451	3307	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1104-2.1785	0.1697	142	0.1342	3371	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1785-2.2563	0.1628	141	0.1341	3310	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2563-2.3467	0.1452	147	0.1254	3337	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3467-2.4534	0.1477	144	0.1226	3386	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4534-2.5828	0.1509	146	0.1263	3372	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5828-2.7445	0.1756	140	0.1335	3347	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7445-2.9564	0.1608	145	0.1329	3378	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9564-3.2538	0.1605	147	0.1274	3381	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2538-3.7243	0.1382	149	0.1217	3367	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7243-4.6911	0.1326	142	0.1132	3406	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6911-39.8823	0.1766	146	0.1499	3422	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6048	0.4463	-0.1238	0.4708	-0.0933	0.4683	0.0692	-0.0846	0.0191	0.1181	-0.0905	0.0105	-0.033	0.06	-0.0074	0.114	-0.0207	-0.0069	0.1174	0.0072	0.1125	9.6107	-10.9061	21.6874
2	0.0841	-0.0332	-0.0928	0.0944	0.0036	0.1817	0.0245	-0.0582	0.0882	-0.0323	0.0476	0.1363	-0.1479	-0.016	0.0067	0.1646	-0.0317	-0.0199	0.1801	0.0916	0.3016	12.7647	4.7446	8.501
3	0.3419	0.0254	0.0966	-0.0308	-0.0058	0.088	-0.0247	0.0935	0.0352	-0.0285	-0.0033	0.0055	-0.009	0.0207	-0.0134	0.1049	-0.0052	0.0005	0.1382	0.0111	0.1277	-3.2704	-15.3241	5.2644
4	0.1734	0.0803	0.0071	0.4591	-0.2608	0.1027	0.0133	-0.0392	-0.0264	0.0263	-0.0069	-0.0319	0.0119	-0.0075	0	0.1226	0	0.0032	0.1118	0.0101	0.1051	-14.5244	-31.6205	29.8378
5	0.1282	0.058	-0.1422	0.1263	-0.2223	0.1891	-0.003	-0.0382	-0.0229	-0.0201	-0.0046	-0.0862	0.0245	0.0405	0	0.1305	0.0035	0.0004	0.1121	0.011	0.1247	-5.3401	-35.4871	27.0264
6	0.1098	0.0097	-0.0552	0.0746	-0.1006	0.0635	-0.0415	0.0072	-0.0615	-0.0923	-0.0117	-0.0677	0.1276	0.076	-0.0058	0.1964	0.0029	0.01	0.1132	0.0101	0.1521	-9.1522	-49.1347	27.7064
7	0.0806	0.0082	-0.1174	0.1149	0.0218	0.0957	0.0053	-0.0417	-0.0661	-0.1033	-0.0623	-0.0583	0.1254	-0.0472	-0.0088	0.2004	-0.0293	-0.0183	0.1407	0.0141	0.145	-19.1293	-51.5506	29.5965
8	0.1918	-0.0936	-0.1018	0.1511	0.1298	0.0844	-0.0832	0.199	-0.0597	-0.2106	0.1108	0.1727	0.1296	-0.1001	-0.0567	0.2472	-0.1034	-0.0718	0.2783	0.0457	0.1637	-30.9615	-47.1232	25.0875
9	0.0326	-0.0181	0.0119	0.0364	-0.0549	0.1161	0.0037	-0.027	0.0397	-0.0177	0.0562	0.1032	0.041	-0.1134	-0.0001	0.1214	-0.0118	-0.0018	0.1488	0.0175	0.1186	-26.1122	-31.5296	22.2131
10	0.0256	0.016	0.004	0.0593	0.0226	0.0066	0.0989	0.1435	0.3418	0.0555	-0.176	-0.123	-0.0665	0.0032	-0.0013	0.1567	0.0231	-0.0051	0.1565	0.0837	0.219	-13.9613	-2.1577	5.2787
11	0.0757	-0.0942	0.0719	0.0465	-0.0936	0.0626	-0.0199	-0.0026	0.0172	0.0297	0.0124	0.0067	-0.04	-0.0654	-0	0.1137	0.0059	0.0136	0.116	0.0068	0.1196	-22.8443	-21.7381	24.9968

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 220 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 221 through 252 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 253 through 358 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 1 through 79 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 80 through 133 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 134 through 167 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 168 through 220 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 221 through 252 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 253 through 309 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 310 through 329 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 330 through 358 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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