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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5vj9 | ||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Guanidine-II riboswitch P2 hairpin dimer from Pseudomonas aeruginosa | ||||||||||||||||||||||||||||
![]() | RNA (5'-R(*![]() RNA / Kissing stem-loop / hairpin / dimer / guanidine | 機能・相同性 | GUANIDINE / : / SPERMINE / RNA / RNA (> 10) | ![]() 生物種 | ![]() ![]() 手法 | ![]() ![]() ![]() ![]() Reiss, C.W. / Strobel, S.A. | 資金援助 | | ![]()
![]() ![]() タイトル: Structural basis for ligand binding to the guanidine-II riboswitch. 著者: Reiss, C.W. / Strobel, S.A. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 56.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 39.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-RNA鎖 , 1種, 4分子 ABCD
#1: RNA鎖 | 分子量: 5167.151 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 292分子 ![](data/chem/img/GAI.gif)
![](data/chem/img/SPM.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SPM.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-GAI / #3: 化合物 | ChemComp-SPM / #4: 化合物 | ChemComp-MG / | #5: 化合物 | ChemComp-K / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.87 % / 解説: Crystals grew as rectangular prisms |
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結晶化 | 温度: 296.15 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5 詳細: 40% MPD, 50 mM Na-acetate, pH 5.0, 12 mM NaCl, 80 mM KCl, and 12 mM spermine |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月7日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9193 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.57→40 Å / Num. obs: 31438 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 11.5 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rpim(I) all: 0.016 / Rrim(I) all: 0.055 / Χ2: 0.977 / Net I/σ(I): 7.6 / Num. measured all: 361260 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 78.27 Å2 / Biso mean: 30.604 Å2 / Biso min: 19.39 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.57→40 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.571→1.612 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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