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- PDB-5vj9: Guanidine-II riboswitch P2 hairpin dimer from Pseudomonas aeruginosa -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vj9
タイトルGuanidine-II riboswitch P2 hairpin dimer from Pseudomonas aeruginosa
要素RNA (5'-R(*GP*CP*GP*GP*GP*GP*AP*CP*GP*AP*CP*CP*CP*UP*GP*C)-3')
キーワードRNA / Kissing stem-loop / hairpin / dimer / guanidine
機能・相同性GUANIDINE / : / SPERMINE / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.57 Å
データ登録者Reiss, C.W. / Strobel, S.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM022778 米国
引用ジャーナル: RNA / 年: 2017
タイトル: Structural basis for ligand binding to the guanidine-II riboswitch.
著者: Reiss, C.W. / Strobel, S.A.
履歴
登録2017年4月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月30日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (5'-R(*GP*CP*GP*GP*GP*GP*AP*CP*GP*AP*CP*CP*CP*UP*GP*C)-3')
B: RNA (5'-R(*GP*CP*GP*GP*GP*GP*AP*CP*GP*AP*CP*CP*CP*UP*GP*C)-3')
C: RNA (5'-R(*GP*CP*GP*GP*GP*GP*AP*CP*GP*AP*CP*CP*CP*UP*GP*C)-3')
D: RNA (5'-R(*GP*CP*GP*GP*GP*GP*AP*CP*GP*AP*CP*CP*CP*UP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,98015
ポリマ－20,6694
非ポリマー1,31111
水5,062281
1
A: RNA (5'-R(*GP*CP*GP*GP*GP*GP*AP*CP*GP*AP*CP*CP*CP*UP*GP*C)-3')
B: RNA (5'-R(*GP*CP*GP*GP*GP*GP*AP*CP*GP*AP*CP*CP*CP*UP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0848
ポリマ－10,3342
非ポリマー7496
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: RNA (5'-R(*GP*CP*GP*GP*GP*GP*AP*CP*GP*AP*CP*CP*CP*UP*GP*C)-3')
D: RNA (5'-R(*GP*CP*GP*GP*GP*GP*AP*CP*GP*AP*CP*CP*CP*UP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,8967
ポリマ－10,3342
非ポリマー5625
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.252, 60.664, 72.308
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
RNA鎖 , 1種, 4分子 ABCD

#1: RNA鎖
RNA (5'-R(*GP*CP*GP*GP*GP*GP*AP*CP*GP*AP*CP*CP*CP*UP*GP*C)-3')


分子量: 5167.151 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

-
非ポリマー , 5種, 292分子

#2: 化合物
ChemComp-GAI / GUANIDINE / グアニジン


分子量: 59.070 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH5N3
#3: 化合物
ChemComp-SPM / SPERMINE / スペルミン


分子量: 202.340 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H26N4
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 281 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.87 % / 解説: Crystals grew as rectangular prisms
結晶化温度: 296.15 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5
詳細: 40% MPD, 50 mM Na-acetate, pH 5.0, 12 mM NaCl, 80 mM KCl, and 12 mM spermine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9193 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9193 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.57→40 Å / Num. obs: 31438 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 11.5 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rpim(I) all: 0.016 / Rrim(I) all: 0.055 / Χ2: 0.977 / Net I/σ(I): 7.6 / Num. measured all: 361260
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.57-1.66.91.01615140.5650.4021.0971.05298.8
1.6-1.6380.95515350.7280.3511.0211.05798.8
1.63-1.669.30.76715440.8780.2610.8121.00599.8
1.66-1.6911.50.68815510.9170.210.720.99199.9
1.69-1.7312.40.61815430.9390.1810.6440.972100
1.73-1.7712.40.61215420.890.180.6390.913100
1.77-1.8112.40.53615680.9080.1580.560.88799.9
1.81-1.8612.10.47615600.9210.1420.4970.87399.9
1.86-1.92110.37115560.9450.1160.3890.85699.9
1.92-1.9812.10.31115470.9710.0920.3240.822100
1.98-2.0512.70.22715660.9880.0660.2360.81699.9
2.05-2.1312.50.18115670.9910.0530.1890.837100
2.13-2.2312.30.13815530.9940.0410.1440.82199.8
2.23-2.3510.90.10515900.9960.0330.110.86699.8
2.35-2.4912.80.08115760.9980.0230.0840.869100
2.49-2.6812.70.06715830.9980.0190.0690.93100
2.68-2.95120.046159110.0140.0481.01899.8
2.95-3.3812.10.034160210.010.0361.26899.8
3.38-4.2612.20.031162710.0090.0331.40599.9
4.26-4011.20.03117230.9990.010.0331.32299.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation5.37 Å34.12 Å
Translation5.37 Å34.12 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
Cootモデル構築
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.57→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / WRfactor Rfree: 0.2322 / WRfactor Rwork: 0.1891 / FOM work R set: 0.7925 / SU B: 2.252 / SU ML: 0.075 / SU R Cruickshank DPI: 0.0843 / SU Rfree: 0.0901 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.084 / ESU R Free: 0.09 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2344 1495 4.8 %RANDOM
Rwork0.1924 ---
obs0.1943 29890 99.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 78.27 Å2 / Biso mean: 30.604 Å2 / Biso min: 19.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2---1 Å20 Å2
3---1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.57→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1368 78 281 1727
Biso mean--44.96 43.1 -
残基数----64
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0111595
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.02770
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8451.3032442
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.71131816
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2256
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0190.02820
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02400
LS精密化 シェル解像度: 1.571→1.612 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.417 108 -
Rwork0.399 2095 -
all-2203 -
obs--96.79 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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