PDB-5vj2: Structure of human respiratory syncytial virus non-structural pro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5vj2

タイトル

Structure of human respiratory syncytial virus non-structural protein 1 (NS1)

要素

Non-structural protein 1

キーワード

VIRAL PROTEIN / RSV / immune modulator

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated suppression of host adaptive immune response / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / host cell nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Respiratory syncytial virus type A (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.22 Å

データ登録者

Leung, D.W. / Borek, D.M. / Amarasinghe, G.K.

資金援助

米国, 4件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	R01AI107056 , U191099565 ,	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	R01AI123926	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	R01AI114654	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	U191099565, U19AI109945 , U19AI109664 , U19AI070489 , RO1AI111605 , R01 AI087798, U19 AI095227 T32-CA09547	米国

引用

ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2017
タイトル: Structural basis for human respiratory syncytial virus NS1-mediated modulation of host responses.
著者: Chatterjee, S. / Luthra, P. / Esaulova, E. / Agapov, E. / Yen, B.C. / Borek, D.M. / Edwards, M.R. / Mittal, A. / Jordan, D.S. / Ramanan, P. / Moore, M.L. / Pappu, R.V. / Holtzman, M.J. / ...

履歴

登録	2017年4月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年7月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年7月26日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_assembly ...pdbx_audit_support / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5vj2.cif.gz	125.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5vj2.ent.gz	99.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5vj2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5vj2_validation.pdf.gz	452.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5vj2_full_validation.pdf.gz	453.3 KB	表示
XML形式データ	5vj2_validation.xml.gz	12.3 KB	表示
CIF形式データ	5vj2_validation.cif.gz	16.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vj/5vj2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vj/5vj2	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	1u3l-d 5eyj-d 5eys-d 4o2g-d 1py2-2 1py2-6 1oj6-3 5u2u-1 5eu2-d 4qpw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Non-structural protein 1

B: Non-structural protein 1

ヘテロ分子

32.3 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Non-structural protein 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
16.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Non-structural protein 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	44.977, 100.682, 122.500
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Refine code: _ / Auth seq-ID: 5 - 139 / Label seq-ID: 7 - 141

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	Non-structural protein 1 / Nonstructural protein 1 分子量: 15776.216 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Respiratory syncytial virus type A (ウイルス) 遺伝子: NS1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: X5FN71
#2: 化合物	ChemComp-DIO / 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / 1,4-ジオキサン分子量: 88.105 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₈O₂
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.03 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M MES pH 6.1, 1.5 M ammonium sulfate, and 10% dioxane

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.22→26.27 Å / Num. obs: 13278 / % possible obs: 98.82 % / 冗長度: 5.6 % / Net I/σ(I): 24.12

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0151	精密化
HKL-3000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.22→26.27 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / SU B: 12.509 / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.297 / ESU R Free: 0.219 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23689	691	4.9 %	RANDOM
R_work	0.18566	-	-	-
obs	0.18814	13276	98.82 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.569 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.05 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.03 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.22→26.27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2100	0	46	52	2198

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.019	2186
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2154
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.202	1.978	2949
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.794	3	4979
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.25	5	272
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.83	26.552	87
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.477	15	400
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.728	15	2
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	354
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	2396
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	454
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.46	2.8	1082
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.415	2.794	1081
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.889	4.176	1350
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.908	4.18	1351
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.16	3.331	1104
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.159	3.331	1104
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.486	4.755	1598
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	9.696	34.157	2203
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	9.71	34.081	2193
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 7866 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.09 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 2.221→2.279 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.307	55	-
R_work	0.236	936	-
obs	-	-	96.49 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.2122	-7.3089	7.8547	11.6106	-10.1612	12.9903	-0.0111	0.4177	-0.0897	0.5157	-0.064	0.309	0.2191	0.761	0.0751	0.2948	0.1474	0.0284	0.3264	0.0497	0.0968	13.156	-11.899	76.684
2	0.078	0.0266	-0.1896	11.2609	0.3482	0.6089	0.0333	-0.0089	-0.0963	-0.2686	-0.322	-0.1366	-0.0163	-0.0687	0.2886	0.0701	-0.0188	-0.0038	0.118	-0.015	0.1459	6.899	2.277	69.105
3	5.9362	0.0063	1.8327	3.6581	7.3028	15.176	0.0869	0.0914	0.0198	-0.1764	-0.2424	0.0934	-0.2907	-0.4183	0.1554	0.1141	0.011	-0.0415	0.0859	-0.0186	0.0655	5.697	11.791	66.361
4	1.9742	-4.3388	4.1904	9.7934	-8.8395	10.1998	0.0751	-0.0044	-0.1325	-0.1073	0.0689	0.2971	-0.109	0.1899	-0.1439	0.1699	-0.0387	-0.0266	0.0748	0.0117	0.1155	12.921	-2.629	71.087
5	14.808	5.9313	3.8339	4.9904	-0.1491	2.0782	0.3144	0.1922	-0.1757	0.402	-0.3465	-0.19	-0.0973	0.3229	0.0321	0.1277	-0.0092	0.0061	0.1063	0.0565	0.0544	13.617	-12.217	85.787
6	9.2412	-6.68	-5.7968	11.9837	-0.7754	7.6245	-0.3497	-0.1147	-0.209	0.4322	0.1793	0.1342	0.1975	-0.0955	0.1704	0.1221	-0.0342	-0.0014	0.0544	0.0232	0.04	7.981	-4.98	84.751
7	7.633	6.7294	-6.1612	6.9076	-5.4009	6.0918	-0.0004	-0.1737	0.1319	-0.0485	-0.059	0.1627	0.0724	-0.0403	0.0594	0.0857	-0.0287	-0.0119	0.1235	0.0091	0.0803	8.304	5.545	79.65
8	3.3561	-0.1342	-2.1575	1.1196	-1.9889	8.8992	-0.0983	-0.0431	-0.1193	-0.0607	0.0093	-0.1141	0.0292	0.1741	0.089	0.0873	-0.0098	0.0158	0.0793	-0.0038	0.1238	22.807	7.73	72.077
9	7.4254	4.5221	-3.9072	3.4839	-3.0379	2.6638	0.0583	-0.3049	0.2412	0.2263	-0.0824	0.0035	-0.1841	0.0978	0.0241	0.1588	-0.0061	-0.0085	0.1456	0.012	0.0653	9.9	5.044	84.885
10	10.8773	0.6189	1.9449	7.425	1.1179	2.3969	-0.8484	-0.8061	0.3817	0.8813	0.6678	-0.0996	0.0936	-0.0382	0.1807	0.4618	0.1041	-0.1071	0.208	0.0223	0.0763	15.248	-1.58	89.21
11	0.2245	-0.086	0.4746	2.9296	-2.4304	3.6726	-0.0322	0.0907	-0.0933	0.0399	-0.1131	-0.2892	-0.0194	0.1935	0.1453	0.1115	-0.0165	0.0038	0.1049	-0.0002	0.1055	17.39	-0.905	70.772
12	5.5034	-0.661	-1.993	2.9426	2.4056	2.3612	0.1983	0.3396	0.2862	-0.28	-0.0337	-0.1135	-0.2678	-0.1235	-0.1646	0.1126	0.0085	-0.0327	0.097	0.0537	0.0761	15.972	12.638	69.084
13	4.8084	1.7129	-2.3573	10.3431	-1.456	1.196	0.1252	0.1022	-0.1366	0.0651	-0.1675	0.1892	-0.0615	-0.033	0.0423	0.0651	-0.0292	-0.0297	0.0812	-0.013	0.0758	5.084	1.512	72.125
14	24.0917	-11.9427	-1.6323	9.3148	2.1376	0.6346	0.0011	0.1189	-0.9552	-0.1715	-0.0799	0.5187	-0.0444	-0.0233	0.0787	0.1357	-0.0384	-0.0064	0.014	-0.0027	0.0981	11.356	-14.626	74.018
15	9.8075	10.1617	-0.5043	11.1974	-1.841	10.2619	-0.1802	0.3989	-0.5399	-0.3216	0.2816	-0.8822	0.6868	0.4902	-0.1014	0.0908	0.0451	0.0226	0.1007	0.0111	0.2657	22.163	-7.737	70.411
16	7.1028	-3.755	-8.881	5.1679	2.8327	12.1961	-0.1612	-0.293	0.1051	0.1827	0.1534	-0.2843	0.153	0.37	0.0079	0.0727	0.0026	-0.0435	0.0914	0.0052	0.0823	18.48	2.413	81.247
17	8.5561	-9.1068	-0.467	25.1668	0.8507	0.0648	0.0716	0.3607	-0.3542	0.6568	-0.1256	0.4157	0.032	-0.0453	0.0541	0.0797	-0.0049	0.0203	0.1311	-0.0369	0.0531	8.7	12.028	89.662
18	0.9516	0.7129	3.3472	4.415	3.1447	11.8807	-0.0185	-0.0042	0.0759	0.2165	-0.314	0.4595	-0.0213	-0.0484	0.3325	0.0836	-0.019	0.0345	0.138	-0.0197	0.0581	6.04	19.295	84.534
19	4.941	0.0626	2.4673	0.2008	-1.9523	20.9216	-0.409	0.065	0.2806	-0.0181	0.0105	-0.0198	-0.0675	-0.0555	0.3985	0.0716	0.0103	-0.0151	0.0563	-0.0041	0.0939	2.036	18.797	75.309
20	11.1603	-1.3912	12.1098	10.084	-7.4087	16.6608	0.0176	-0.3782	-0.0547	0.4509	0.0983	0.1642	-0.2623	-0.4374	-0.1159	0.05	0.004	-0.0135	0.1125	0.0172	0.1321	0.221	11.349	78.84
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29	15.7764	-3.3541	10.3458	2.8778	-1.1727	7.2999	-0.4599	-0.8133	0.0546	0.2747	0.3712	0.0516	-0.2412	-0.4837	0.0887	0.1265	0.0529	-0.0094	0.1371	-0.0339	0.0219	10.618	36.19	85.975
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33	6.9696	1.9007	2.5867	4.6788	-0.2343	2.284	-0.2132	-0.0312	-0.1269	-0.0082	0.0811	-0.1416	-0.1216	-0.0191	0.132	0.0757	-0.0006	0.006	0.0996	0.0054	0.0682	21.71	25.229	71.935
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39	12.1136	6.751	-1.6242	9.3092	3.3985	3.5572	0.1002	0.1739	0.0407	0.1547	0.0112	-0.1218	0.0648	-0.0891	-0.1115	0.0811	-0.0192	-0.0117	0.1048	0.0297	0.0535	26.791	15.06	77.492
40	3.4879	-2.2374	-4.6117	5.9119	-3.7034	16.1377	0.0741	0.0013	-0.1048	0.3411	-0.1792	0.1095	-0.7919	0.1969	0.1051	0.1577	0.0138	-0.0461	0.1102	0.0096	0.0536	26.974	22.469	81.603

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	5 - 10
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	11 - 15
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	16 - 20
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	21 - 29
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	30 - 34
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	35 - 41
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	42 - 48
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	49 - 57
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	58 - 64
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	65 - 70
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	71 - 83
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	84 - 89
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	90 - 95
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	96 - 103
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	104 - 108
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	109 - 114
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	115 - 119
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	120 - 127
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	128 - 133
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	134 - 139
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	5 - 13
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	14 - 19
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	20 - 26
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	27 - 32
25	X-RAY DIFFRACTION	25	B	33 - 38
26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	39 - 44
27	X-RAY DIFFRACTION	27	B	45 - 57
28	X-RAY DIFFRACTION	28	B	58 - 64
29	X-RAY DIFFRACTION	29	B	65 - 70
30	X-RAY DIFFRACTION	30	B	71 - 76
31	X-RAY DIFFRACTION	31	B	77 - 81
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38	X-RAY DIFFRACTION	38	B	120 - 128
39	X-RAY DIFFRACTION	39	B	129 - 134
40	X-RAY DIFFRACTION	40	B	135 - 139

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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