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- PDB-5vis: 1.73 Angstrom Resolution Crystal Structure of Dihydropteroate Syn... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vis
タイトル1.73 Angstrom Resolution Crystal Structure of Dihydropteroate Synthase (folP-SMZ_B27) from Soil Uncultured Bacterium.
要素Dihydropteroate Synthase
キーワードHYDROLASE / OXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Dihydropteroate Synthase
機能・相同性Dihydropteroate synthase-like / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta / : / MALONIC ACID / D(-)-TARTARIC ACID
機能・相同性情報
生物種soil metagenome (メタゲノム)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.73 Å
データ登録者Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Di Leo, R. / Skarina, T. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: 1.73 Angstrom Resolution Crystal Structure of Dihydropteroate Synthase (folP-SMZ_B27) from Soil Uncultured Bacterium.
著者: Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Di Leo, R. / Skarina, T. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2017年4月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月17日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_special_symmetry
改定 1.22019年4月3日Group: Data collection / Other / Structure summary
カテゴリ: audit_author / pdbx_SG_project / struct_keywords
Item: _pdbx_SG_project.full_name_of_center / _pdbx_SG_project.initial_of_center / _struct_keywords.text
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydropteroate Synthase
B: Dihydropteroate Synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,8747
ポリマ－59,4542
非ポリマー4215
水11,349630
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology, 1AJ2
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2580 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area23470 Å2
手法PISA
2
A: Dihydropteroate Synthase
B: Dihydropteroate Synthase
ヘテロ分子

A: Dihydropteroate Synthase
B: Dihydropteroate Synthase
ヘテロ分子

A: Dihydropteroate Synthase
B: Dihydropteroate Synthase
ヘテロ分子

A: Dihydropteroate Synthase
B: Dihydropteroate Synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)239,49728
ポリマ－237,8148
非ポリマー1,68320
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation8_556x-y,-y,-z+11
crystal symmetry operation11_556-x+y,y,-z+11
Buried area26560 Å2
ΔGint-151 kcal/mol
Surface area77620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.822, 101.822, 206.137
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-301-

CL

21A-657-

HOH

31B-533-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Dihydropteroate Synthase


分子量: 29726.762 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) soil metagenome (メタゲノム) / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 Gold

-
非ポリマー , 6種, 635分子

#2: 化合物 ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID / マロン酸


分子量: 104.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物 ChemComp-TAR / D(-)-TARTARIC ACID / D-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 630 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.59 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Protein: 30.0 mg/ml, 0.25M Sodium chloride, 0.25M Potassium chloride, 0.01M HEPES (pH 7.5); Screen: 0.2M Potassium citrate, 0.1M MES (pH 6.5), 20% (w/v) PEG 3350; Cryo: 5% (v/v) PEG 200, paratone.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年2月16日 / 詳細: C(111)
放射モノクロメーター: Be / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.73→30 Å / Num. obs: 66663 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 21.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.031 / Rsym value: 0.072 / Χ2: 1.027 / Net I/σ(I): 20.7
反射 シェル解像度: 1.73→1.76 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.752 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 3260 / CC1/2: 0.737 / Rpim(I) all: 0.325 / Rsym value: 0.752 / Χ2: 1.032 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1AJ2

1aj2


解像度: 1.73→29.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 3.612 / SU ML: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.095 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19091 3346 5 %RANDOM
Rwork0.15661 ---
obs0.1583 63061 99.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 24.277 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.23 Å2-0.12 Å20 Å2
2---0.23 Å20 Å2
3---0.75 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.73→29.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4113 0 25 630 4768
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0194456
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024244
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4711.9746068
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.87939831
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.6455592
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.24923.505194
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg8.30215769
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.2791542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2699
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0230.0215133
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.020.02901
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1581.4082299
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1561.4072298
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9152.0982914
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.9152.12915
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6311.6682157
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.6291.6672157
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.6072.4223155
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.18819.7175278
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.83618.3475072
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.73→1.775 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.232 243 -
Rwork0.237 4548 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.5121-7.6487-1.76159.21891.89561.6541-0.0469-0.17840.00340.02810.08550.12910.0297-0.052-0.03850.05550.0203-0.01570.06540.00320.029525.27386.7411119.2775
21.445-0.1201-0.63691.21890.45351.8674-0.08330.04950.11420.11460.01510.2196-0.1527-0.3370.06820.1180.08130.00530.1994-0.0010.075316.205512.6649122.3374
30.8710.1782-0.15750.965-0.36540.88940.0057-0.18160.07610.21480.0206-0.062-0.13370.105-0.02630.10290.0295-0.03370.077-0.01930.044632.678516.4524118.1228
41.56540.2067-0.01761.34670.22951.1408-0.0618-0.0744-0.15630.10220.0574-0.09350.10750.07010.00450.05260.0242-0.01030.0260.0080.027932.1828-1.6175110.9116
58.6181-8.1434-2.11538.34381.58111.7662-0.00180.2539-0.11250.022-0.10110.11680.1166-0.17160.10290.0786-0.01880.00210.0676-0.0050.03753.807225.26786.9658
69.3226-2.7533-4.03625.23292.52276.2239-0.0773-0.0964-0.4154-0.0584-0.0215-0.33750.66450.37350.09880.24370.04780.06530.04540.00070.08989.0859.532581.4057
70.77480.47970.42781.05180.80861.307-0.06980.1225-0.0429-0.17930.084-0.0845-0.04460.0912-0.01430.052-0.01210.02130.05230.00610.015316.493330.187284.0747
81.16490.0944-0.68220.7299-0.04981.9167-0.0930.0017-0.02050.0030.01910.02810.15230.01570.07390.0250.00770.00650.01930.0010.00414.30729.56697.2285
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-2 - 17
2X-RAY DIFFRACTION2A18 - 57
3X-RAY DIFFRACTION3A58 - 233
4X-RAY DIFFRACTION4A234 - 272
5X-RAY DIFFRACTION5B-1 - 21
6X-RAY DIFFRACTION6B22 - 36
7X-RAY DIFFRACTION7B37 - 195
8X-RAY DIFFRACTION8B196 - 271

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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