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- PDB-5vil: Crystal structure of ASK1 kinase domain with a potent inhibitor (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vil
タイトルCrystal structure of ASK1 kinase domain with a potent inhibitor (analog 6)
要素Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / kinase drug discovery / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to reactive nitrogen species / neuron intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / IRE1-TRAF2-ASK1 complex / protein kinase complex / mitogen-activated protein kinase kinase kinase / programmed necrotic cell death / JUN kinase kinase kinase activity / endothelial cell apoptotic process / positive regulation of p38MAPK cascade / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress ...cellular response to reactive nitrogen species / neuron intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / IRE1-TRAF2-ASK1 complex / protein kinase complex / mitogen-activated protein kinase kinase kinase / programmed necrotic cell death / JUN kinase kinase kinase activity / endothelial cell apoptotic process / positive regulation of p38MAPK cascade / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / : / positive regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / p38MAPK cascade / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / MAP kinase kinase kinase activity / positive regulation of protein kinase activity / positive regulation of myoblast differentiation / stress-activated MAPK cascade / positive regulation of JUN kinase activity / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / JNK cascade / response to endoplasmic reticulum stress / cellular response to amino acid starvation / apoptotic signaling pathway / response to ischemia / positive regulation of JNK cascade / cellular response to hydrogen peroxide / cellular senescence / MAPK cascade / cellular response to tumor necrosis factor / protein phosphatase binding / Oxidative Stress Induced Senescence / neuron apoptotic process / protein kinase activity / positive regulation of apoptotic process / protein phosphorylation / protein domain specific binding / external side of plasma membrane / innate immune response / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / protein kinase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / protein-containing complex / ATP binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
MAP3K, TRAFs-binding domain / MAP3K, PH domain / MAP3K, deoxyribohydrolase domain / MAP3K, HisK-N-like globin domain / MAP3K TRAFs-binding domain / ASK kinase PH domain / HisK-N-like globin domain of the ASK signalosome / Deoxyribohydrolase (DRHyd) domain of the ASK signalosome / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 ...MAP3K, TRAFs-binding domain / MAP3K, PH domain / MAP3K, deoxyribohydrolase domain / MAP3K, HisK-N-like globin domain / MAP3K TRAFs-binding domain / ASK kinase PH domain / HisK-N-like globin domain of the ASK signalosome / Deoxyribohydrolase (DRHyd) domain of the ASK signalosome / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9E1 / Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.64 Å
データ登録者Jasti, J. / Chang, J. / Kurumbail, R.
引用ジャーナル: Eur J Med Chem / 年: 2017
タイトル: Rational approach to highly potent and selective apoptosis signal-regulating kinase 1 (ASK1) inhibitors.
著者: Lovering, F. / Morgan, P. / Allais, C. / Aulabaugh, A. / Brodfuehrer, J. / Chang, J. / Coe, J. / Ding, W. / Dowty, H. / Fleming, M. / Frisbie, R. / Guzova, J. / Hepworth, D. / Jasti, J. / ...著者: Lovering, F. / Morgan, P. / Allais, C. / Aulabaugh, A. / Brodfuehrer, J. / Chang, J. / Coe, J. / Ding, W. / Dowty, H. / Fleming, M. / Frisbie, R. / Guzova, J. / Hepworth, D. / Jasti, J. / Kortum, S. / Kurumbail, R. / Mohan, S. / Papaioannou, N. / Strohbach, J.W. / Vincent, F. / Lee, K. / Zapf, C.W.
履歴
登録2017年4月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5
B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5
C: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5
D: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,89712
ポリマ－131,9184
非ポリマー1,9788
水2,486138
1
A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4743
ポリマ－32,9801
非ポリマー4952
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6305
ポリマ－32,9801
非ポリマー6514
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3962
ポリマ－32,9801
非ポリマー4161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3962
ポリマ－32,9801
非ポリマー4161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.540, 132.090, 135.220
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.82, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5 / Apoptosis signal-regulating kinase 1 / ASK-1 / MAPK/ERK kinase kinase 5 / MEKK 5


分子量: 32979.617 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 659-951 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP3K5, ASK1, MAPKKK5, MEKK5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q99683, mitogen-activated protein kinase kinase kinase
#2: 化合物
ChemComp-9E1 / 2-methoxy-N-{6-[4-(propan-2-yl)-4H-1,2,4-triazol-3-yl]pyridin-2-yl}-5-sulfamoylbenzamide


分子量: 416.454 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H20N6O4S
#3: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.13 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20% PEG 3350, 0.2M ammonium chloride, 0.1M Bis-Tris (pH 6.1-6.6), and 10% glycerol.
PH範囲: 6.1-6.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.64→135 Å / Num. obs: 34591 / % possible obs: 82.5 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 76.18 Å2 / Rsym value: 0.031 / Net I/σ(I): 23.9
反射 シェル解像度: 2.64→3.73 Å / 冗長度: 2.9 % / Mean I/σ(I) obs: 9 / Num. unique obs: 19830 / Rsym value: 0.109 / % possible all: 73.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4BF2

4bf2


解像度: 2.64→135 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / Rfactor Rfree error: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 2.327 / SU Rfree Blow DPI: 0.292
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.213 1773 5.13 %RANDOM
Rwork0.18 ---
obs0.182 34567 82.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 122.72 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--11.1184 Å20 Å2-0.2685 Å2
2--17.3541 Å20 Å2
3----6.2357 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.32 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.64→135 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8584 0 132 138 8854
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.019020HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1712252HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3144SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes224HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1396HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it9020HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.77
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.64
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1120SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact10562SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.64→2.72 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 17
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 -5.05 %
Rwork0.215 714 -
all0.218 752 -
obs--20.68 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.74750.87070.71577.72561.64584.27240.06320.1803-0.4310.12850.0808-0.67010.62870.1743-0.144-0.25620.08260.1103-0.37430.0274-0.00283.763315.964466.2127
21.82310.10720.88024.35060.92213.2332-0.0407-0.18950.18670.8006-0.0106-0.4373-0.04540.41310.0514-0.12820.011-0.0041-0.21240.0398-0.04648.185449.559484.7247
34.3683-1.42042.150111.413-7.261610.6521-0.4852-0.5209-1.2953-0.09551.14981.23040.8344-0.8958-0.6646-0.5872-0.06150.194-0.42310.603-0.206217.309620.350216.6425
44.4422-2.15133.69087.1078-4.29079.1542-1.2244-0.31250.71850.72550.53340.0268-2.6759-0.93410.69110.4898-0.0728-0.4717-0.46460.2316-0.617916.567254.4507-1.505
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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