PDB-5vid: Receptor binding domain of BoNT/B in complex with mini-protein bi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5vid

タイトル

Receptor binding domain of BoNT/B in complex with mini-protein binder Bot.0671.2

要素

Bot.0671.2
Botulinum neurotoxin type B

キーワード

TOXIN / mini-protein binder / inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

Toxicity of botulinum toxin type B (botB) / bontoxilysin / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / lipid binding / host cell plasma membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
unidentified (未定義)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.75 Å

データ登録者

Jin, R. / Lam, K. / Yao, G.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2017
タイトル: Massively parallel de novo protein design for targeted therapeutics.
著者: Chevalier, A. / Silva, D.A. / Rocklin, G.J. / Hicks, D.R. / Vergara, R. / Murapa, P. / Bernard, S.M. / Zhang, L. / Lam, K.H. / Yao, G. / Bahl, C.D. / Miyashita, S.I. / Goreshnik, I. / Fuller, ...

履歴

登録	2017年4月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年9月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年10月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	5vid_full_validation.pdf.gz	532.8 KB	表示
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CIF形式データ	5vid_validation.cif.gz	102.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vi/5vid ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vi/5vid	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5vliC 5vmrC 2nm1S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1owr-1 5ocm-1 3duv-d 6hdr-d 3sf4-1 5k0s-2 5k0t-2 4mvy-2 4lq1-2 5xet-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

D: Botulinum neurotoxin type B

B: Botulinum neurotoxin type B

C: Botulinum neurotoxin type B

A: Botulinum neurotoxin type B

E: Botulinum neurotoxin type B

F: Bot.0671.2

G: Bot.0671.2

H: Bot.0671.2

I: Bot.0671.2

293 kDa, 9 ポリマー
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1

D: Botulinum neurotoxin type B

G: Bot.0671.2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
60.1 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Botulinum neurotoxin type B

H: Bot.0671.2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
60.1 kDa, 2 ポリマー
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3

C: Botulinum neurotoxin type B

I: Bot.0671.2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
60.1 kDa, 2 ポリマー
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4

A: Botulinum neurotoxin type B

F: Bot.0671.2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
60.1 kDa, 2 ポリマー
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5

E: Botulinum neurotoxin type B

ソフトウェアが定義した集合体
52.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	140.887, 87.314, 148.455
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 114.53, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Botulinum neurotoxin type B / BoNT/B / Bontoxilysin-B 分子量: 52534.145 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌) 遺伝子: botB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10844, bontoxilysin
#2: タンパク質	Bot.0671.2 分子量: 7601.563 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) unidentified (未定義) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.6 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 100 mM Tris, pH 8.0, 25 % PEG 400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年8月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.75→87.31 Å / Num. obs: 85598 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.143 / Net I/σ(I): 8.1
反射シェル	解像度: 2.75→2.8 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.803 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 4495 / CC_1/2: 0.701 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2NM1

2nm1

解像度: 2.75→67.529 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.37

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.232	4279	5 %
R_work	0.2187	-	-
obs	0.2194	85554	99.94 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.75→67.529 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18903	0	0	74	18977

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	19429
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.267	26174
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.659	7283
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.062	2696
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	3335

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.75-2.7813	0.3239	159	0.3291	2625	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7813-2.814	0.3084	151	0.3186	2742	X-RAY DIFFRACTION	100
2.814-2.8483	0.3261	133	0.3051	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8483-2.8844	0.2811	136	0.298	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8844-2.9223	0.2815	142	0.287	2719	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9223-2.9623	0.2613	140	0.2863	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9623-3.0047	0.274	140	0.2759	2719	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0047-3.0495	0.2664	151	0.2723	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0495-3.0972	0.3012	138	0.2656	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0972-3.1479	0.3212	134	0.2822	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1479-3.2022	0.3059	152	0.2691	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2022-3.2604	0.2517	137	0.2619	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2604-3.3232	0.3173	143	0.2653	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3232-3.391	0.241	138	0.2581	2702	X-RAY DIFFRACTION	100
3.391-3.4647	0.2387	142	0.2477	2702	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4647-3.5453	0.2744	134	0.2371	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5453-3.634	0.2549	153	0.2258	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
3.634-3.7322	0.2605	168	0.2265	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7322-3.842	0.2155	113	0.2212	2715	X-RAY DIFFRACTION	100
3.842-3.966	0.2212	133	0.2019	2740	X-RAY DIFFRACTION	100
3.966-4.1077	0.2135	140	0.2052	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1077-4.2722	0.221	138	0.187	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2722-4.4666	0.1891	142	0.176	2707	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4666-4.702	0.1677	139	0.1593	2738	X-RAY DIFFRACTION	100
4.702-4.9965	0.1576	137	0.1631	2720	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9965-5.3822	0.1876	144	0.1782	2731	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3822-5.9235	0.2022	142	0.1868	2747	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9235-6.78	0.2082	149	0.193	2739	X-RAY DIFFRACTION	100
6.78-8.5393	0.2241	161	0.1969	2741	X-RAY DIFFRACTION	100
8.5393-67.5494	0.2015	150	0.1938	2816	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0254	-1.1101	-0.1426	1.323	-0.074	1.635	0.1624	0.1295	-0.0145	-0.6917	-0.0432	0.385	-0.0588	-0.2887	0	0.4111	0.1172	-0.1325	0.4385	-0.0337	0.4612	3.6633	18.8512	49.4135
2	0.3499	0.2974	0.3195	0.4909	-0.6662	1.1808	0.1504	-0.3699	-0.0251	-0.4681	-0.0154	0.5677	-0.1208	-0.3625	0.0055	0.114	0.0535	-0.0983	0.4142	-0.0152	0.4771	4.713	18.879	59.5068
3	2.7457	-0.6826	0.0869	1.1015	-0.6851	1.1248	0.0435	-0.2719	-0.3242	-0.0324	0.0734	0.3547	-0.0132	-0.3355	0.019	0.0976	0.0175	0.0158	0.4025	0.0029	0.3961	8.4785	13.0777	66.7082
4	1.0955	-0.7691	-0.4354	1.8648	0.7827	1.7735	0.0235	0.053	0.088	-0.1499	0.0064	-0.2718	0.0324	0.1777	0.0016	0.135	0.0017	-0.0129	0.2322	0.0164	0.2735	35.6652	5.545	59.7221
5	1.7392	-0.6428	-0.0623	0.9191	0.33	1.2554	-0.1298	0.4316	0.7314	-0.5587	-0.1046	0.1316	-0.5323	-0.2496	-0.0636	0.4651	0.0961	-0.0316	0.4069	0.062	0.4447	34.9039	2.708	42.4141
6	0.4773	0.2816	0.4018	1.6911	0.6015	1.0036	-0.1866	0.3488	-0.3073	-0.1601	0.0905	-0.0567	0.2968	-0.0423	-0.0013	0.2758	0.0787	-0.0031	0.3271	-0.0367	0.3277	36.0218	-9.1639	47.6043
7	2.1979	-0.9014	-0.1231	1.4099	0.3968	-0.417	0.1471	0.0164	-0.3206	-0.1567	-0.0875	0.0799	0.0578	-0.0887	0.0222	0.2614	0.019	0.0343	0.297	0.004	0.3183	34.0785	-8.3281	55.8291
8	0.6691	-0.1949	-0.2054	0.2921	-0.0875	0.3145	0.1252	0.6707	-0.1305	-0.4126	-0.1386	-0.5466	0.0235	0.7831	-0	0.7477	0.2749	0.0644	0.9637	0.0397	0.6132	41.7442	-18.48	-1.936
9	0.4549	0.1789	-0.3745	0.1896	-0.4516	0.9273	0.1923	0.2936	-0.2538	0.0923	-0.1554	-0.3109	0.4366	1.0378	-0.0021	0.7435	0.1648	0.02	0.6383	0.0064	0.5081	35.4995	-20.1686	5.3227
10	0.6173	-0.0148	-0.7492	0.4598	-0.0261	1.5233	0.4039	-0.3956	-0.15	0.2579	-0.3045	-0.1484	0.5764	0.1692	0.0016	0.7153	0.0632	-0.0835	0.3596	0.0009	0.4495	22.0196	-24.1002	12.1922
11	1.2688	0.5508	-0.3965	1.1733	-0.1404	0.6326	-0.1055	-0.3312	0.1034	0.37	-0.0658	-0.2668	0.0545	0.1929	0	0.6153	0.0677	-0.0334	0.4611	0.0621	0.3724	28.8323	-12.6406	15.7647
12	0.422	-0.2802	-0.3208	0.7346	-0.1935	0.4802	0.1177	-0.3269	-0.3241	0.6524	-0.0896	-0.0842	0.3011	0.3473	0.0005	0.9239	0.1902	-0.1674	0.7272	0.0423	0.6721	34.6179	-22.888	14.1861
13	0.8356	-0.4816	0.1939	1.653	-0.4432	1.6128	-0.0322	0.1757	0.0368	0.0514	-0.1112	-0.2751	0.0133	0.472	-0	0.6004	0.0597	0.006	0.3818	0.0306	0.3534	24.8184	-6.8254	-1.9524
14	0.5552	0.3153	1.1519	1.1061	-0.0435	0.6075	0.0585	0.1499	0.0719	-0.1093	-0.0514	0.2947	0.3564	-0.1708	0.0012	0.6104	0.0841	-0.0239	0.3153	0.0091	0.3842	4.0066	-10.8746	-3.667
15	1.0917	-1.0185	-0.2532	0.6548	0.3062	0.8811	0.0551	0.5634	-0.267	-0.3995	0.023	0.0866	0.3047	0.3307	0.0004	0.6699	0.0774	0.0107	0.5258	0.039	0.3437	14.7767	-6.0388	-21.3691
16	1.0424	0.3313	0.0339	0.3341	-0.0233	0.1882	0.1783	0.4377	0.3637	-0.1793	-0.0643	-0.023	0.0027	-0.0334	-0	0.5959	0.0248	-0.0272	0.4179	0.0649	0.3678	6.1492	6.3121	-21.6049
17	1.5325	-0.7045	1.4664	2.3689	-0.1545	1.8925	0.1872	-0.1444	0.341	-0.0935	-0.1257	-0.001	0.0983	0.3299	0.0002	0.5292	0.0691	0.0146	0.3322	0.0244	0.3405	10.8921	6.252	-11.4926
18	1.4865	-0.1818	-0.3731	0.2297	-0.5377	0.7011	-0.2347	0.0406	0.1525	0.1705	0.1538	-0.1399	-0.0715	0.0761	0	0.5736	0.0813	-0.0138	0.3351	0.0015	0.285	14.695	1.2662	-4.4471
19	2.5385	-0.024	0.0801	2.1073	0.3835	2.4472	0.0789	-0.0549	0.3078	-0.4377	-0.0278	-0.4459	-0.4749	0.2993	0.0022	0.6375	-0.0101	0.1011	0.2801	0.0097	0.4801	22.4514	20.329	20.5283
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'D' and (resid 863 through 897 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'D' and (resid 898 through 934 )
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4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'D' and (resid 1090 through 1149 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'D' and (resid 1150 through 1181 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'D' and (resid 1182 through 1221 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'D' and (resid 1222 through 1291 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 862 through 897 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 898 through 934 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 935 through 957 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 958 through 1027 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 1028 through 1053 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 1054 through 1112 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 1113 through 1149 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 1150 through 1181 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 1182 through 1211 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 1212 through 1260 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 1261 through 1291 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 862 through 1027 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 1028 through 1089 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 1090 through 1149 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 1150 through 1211 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 1212 through 1260 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resid 1261 through 1291 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'A' and (resid 863 through 957 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'A' and (resid 958 through 988 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'A' and (resid 989 through 1027 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'A' and (resid 1028 through 1053 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'A' and (resid 1054 through 1089 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'A' and (resid 1090 through 1149 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'A' and (resid 1150 through 1181 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'A' and (resid 1182 through 1221 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'A' and (resid 1222 through 1260 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'A' and (resid 1261 through 1291 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'E' and (resid 863 through 957 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'E' and (resid 958 through 988 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'E' and (resid 989 through 1089 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'E' and (resid 1090 through 1148 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'E' and (resid 1149 through 1221 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'E' and (resid 1222 through 1260 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'E' and (resid 1261 through 1291 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'F' and (resid 1 through 12 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'F' and (resid 13 through 29 )
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'F' and (resid 30 through 40 )
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'G' and (resid 2 through 25 )
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'G' and (resid 26 through 40 )
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'H' and (resid 1 through 12 )
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'H' and (resid 13 through 24 )
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'H' and (resid 25 through 40 )
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'I' and (resid 2 through 12 )
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'I' and (resid 13 through 25 )
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'I' and (resid 26 through 31 )
53	X-RAY DIFFRACTION	53	chain 'I' and (resid 32 through 40 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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